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- PDB-6i8k: Dye type peroxidase Aa from Streptomyces lividans: 164 kGy structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i8k
タイトルDye type peroxidase Aa from Streptomyces lividans: 164 kGy structure
要素Deferrochelatase/peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dye type peroxidase / dose series / serial crystallography / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Deferrochelatase / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Deferrochelatase/peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans TK24 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Worrall, J.A.R. / Strange, R.W. / Axford, D. / Sherrell, D.A. / Appleby, M. / Owen, R.L.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Dose-resolved serial synchrotron and XFEL structures of radiation-sensitive metalloproteins.
著者: Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Appleby, M.V. / Chaplin, A.K. / Beale, J.H. / Sherrell, D.A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Owada, S. / Tono, K. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Worrall, J.A.R. / ...著者: Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Appleby, M.V. / Chaplin, A.K. / Beale, J.H. / Sherrell, D.A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Owada, S. / Tono, K. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Worrall, J.A.R. / Axford, D. / Owen, R.L. / Hough, M.A.
履歴
登録2018年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase/peroxidase
B: Deferrochelatase/peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7774
ポリマ－78,5442
非ポリマー1,2332
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area27120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.008, 68.281, 74.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Deferrochelatase/peroxidase


分子量: 39272.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans TK24 (バクテリア)
遺伝子: SLIV_26340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A076MF68, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % / 解説: Microcrystals
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 8
詳細: 7 mg/ml protein mixed with 17% PEG 1500 and 67 mM MIB buffer (comprising imidazole, malonate and boric acid)

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月17日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→44.64 Å / Num. obs: 49513 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 35.5 % / CC1/2: 0.969 / R split: 0.167 / Rmerge(I) obs: 0.705 / Net I/σ(I): 2.16
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 0.66 / CC1/2: 0.602 / R split: 0.627 / % possible all: 99.8
Serial crystallography measurementCollection time total: 0.25 hours / Collimation: 2x Kirkpatrick-Baez mirror pairs
Serial crystallography sample delivery解説: Silicon nitride chips / 手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
cctbx.primeデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I43

6i43


解像度: 1.98→44.63 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 2008 4.06 %
Rwork0.1719 --
obs0.1744 49513 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→44.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5542 0 86 319 5947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8817894
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9323992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061049
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.02950.29791370.24133388X-RAY DIFFRACTION100
2.0295-2.08440.34341460.25593371X-RAY DIFFRACTION100
2.0844-2.14570.31221360.24963353X-RAY DIFFRACTION100
2.1457-2.2150.32071450.24663379X-RAY DIFFRACTION100
2.215-2.29410.30751490.22893368X-RAY DIFFRACTION100
2.2941-2.3860.29521410.22393359X-RAY DIFFRACTION100
2.386-2.49460.28661430.2223409X-RAY DIFFRACTION100
2.4946-2.62610.28841430.21283391X-RAY DIFFRACTION100
2.6261-2.79060.26621430.19853377X-RAY DIFFRACTION100
2.7906-3.0060.24491430.18433375X-RAY DIFFRACTION100
3.006-3.30840.22871430.16793415X-RAY DIFFRACTION100
3.3084-3.78690.19891460.13123402X-RAY DIFFRACTION100
3.7869-4.77030.17041440.11953418X-RAY DIFFRACTION100
4.7703-44.64090.17321490.12833500X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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