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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r2j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YdaA (Universal Stress Protein E) from Salmonella typhimurium | ||||||
要素 | Universal stress protein E | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / UNKNOWN FUNCTION / Universal stress protein / HUP domain / Internal Symmetry / Stress tolerance / ATP binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å | ||||||
データ登録者 | Bangera, M. / Murthy, M.R.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015 タイトル: Structural and functional analysis of two universal stress proteins YdaA and YnaF from Salmonella typhimurium: possible roles in microbial stress tolerance. 著者: Bangera, M. / Panigrahi, R. / Sagurthi, S.R. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4r2j.cif.gz | 125.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4r2j.ent.gz | 95.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4r2j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/4r2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/4r2j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37288.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: STM1661, uspE, ydaA uspE STM1661 / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8ZP84 |
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#5: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 37分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: under oil, マイクロバッチ法 / pH: 5.8 詳細: 0.2M Magnesium Nitrate hexahydrate, 20% PEG 3350, 10mM Adenosine 5'-(beta,gamma-imido)triphosphate, 0.2% n-dodecyl beta-D-maltoside, pH 5.8, Under oil, Microbatch, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→42.88 Å / Num. obs: 13536 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rsym value: 0.119 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.48 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1929 / Rsym value: 0.642 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 3OLQ 解像度: 2.36→37.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 20.386 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→37.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.356→2.417 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.405 Å / Origin y: 16.474 Å / Origin z: 6.161 Å
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