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- PDB-4r2g: Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r2g
タイトルCrystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4
要素
  • PGT124 Heavy Chain
  • PGT124 Light Chain
  • Surface protein gp160
  • T-cell surface glycoprotein CD4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Protein-Protein complex / IgG / Anti-HIV antibodies / gp120
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / response to methamphetamine hydrochloride / IgE immunoglobulin complex / maintenance of protein location in cell / cellular response to ionomycin ...IgD immunoglobulin complex / helper T cell enhancement of adaptive immune response / interleukin-16 binding / interleukin-16 receptor activity / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / response to methamphetamine hydrochloride / IgE immunoglobulin complex / maintenance of protein location in cell / cellular response to ionomycin / T cell selection / MHC class II protein binding / positive regulation of kinase activity / CD22 mediated BCR regulation / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of monocyte differentiation / Nef Mediated CD4 Down-regulation / Alpha-defensins / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / regulation of T cell activation / response to vitamin D / extracellular matrix structural constituent / Classical antibody-mediated complement activation / Other interleukin signaling / Initial triggering of complement / T cell receptor complex / immunoglobulin complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Dectin-2 family / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of protein kinase activity / regulation of calcium ion transport / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / macrophage differentiation / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / immunoglobulin binding / T cell differentiation / Co-inhibition by PD-1 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Binding and entry of HIV virion / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / coreceptor activity / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / host cell endosome membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Vpu mediated degradation of CD4 / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / calcium-mediated signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of protein phosphorylation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / MHC class II protein complex binding / transmembrane signaling receptor activity / Downstream TCR signaling / response to estradiol / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / positive regulation of cell growth / response to ethanol / defense response to Gram-negative bacterium / blood microparticle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of viral entry into host cell / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell adhesion / positive regulation of MAPK cascade / viral protein processing / immune response / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Immunoglobulin ...CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C-terminal region / CD4, extracellular / T cell CD4 receptor C terminal region / T-cell surface antigen CD4 / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD4 / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin lambda constant 3 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.283 Å
データ登録者Garces, F. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structural evolution of glycan recognition by a family of potent HIV antibodies.
著者: Fernando Garces / Devin Sok / Leopold Kong / Ryan McBride / Helen J Kim / Karen F Saye-Francisco / Jean-Philippe Julien / Yuanzi Hua / Albert Cupo / John P Moore / James C Paulson / Andrew B ...著者: Fernando Garces / Devin Sok / Leopold Kong / Ryan McBride / Helen J Kim / Karen F Saye-Francisco / Jean-Philippe Julien / Yuanzi Hua / Albert Cupo / John P Moore / James C Paulson / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Ian A Wilson /
要旨: The HIV envelope glycoprotein (Env) is densely covered with self-glycans that should help shield it from recognition by the human immune system. Here, we examine how a particularly potent family of ...The HIV envelope glycoprotein (Env) is densely covered with self-glycans that should help shield it from recognition by the human immune system. Here, we examine how a particularly potent family of broadly neutralizing antibodies (Abs) has evolved common and distinct structural features to counter the glycan shield and interact with both glycan and protein components of HIV Env. The inferred germline antibody already harbors potential binding pockets for a glycan and a short protein segment. Affinity maturation then leads to divergent evolutionary branches that either focus on a single glycan and protein segment (e.g., Ab PGT124) or engage multiple glycans (e.g., Abs PGT121-123). Furthermore, other surrounding glycans are avoided by selecting an appropriate initial antibody shape that prevents steric hindrance. Such molecular recognition lessons are important for engineering proteins that can recognize or accommodate glycans.
履歴
登録2014年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Derived calculations
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Surface protein gp160
F: T-cell surface glycoprotein CD4
P: PGT124 Light Chain
Q: PGT124 Heavy Chain
B: T-cell surface glycoprotein CD4
C: PGT124 Light Chain
D: PGT124 Heavy Chain
H: T-cell surface glycoprotein CD4
I: PGT124 Light Chain
J: PGT124 Heavy Chain
L: T-cell surface glycoprotein CD4
M: PGT124 Light Chain
N: PGT124 Heavy Chain
O: Surface protein gp160
A: Surface protein gp160
K: Surface protein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)428,76056
ポリマ－414,76416
非ポリマー13,99740
水00
1
E: Surface protein gp160
F: T-cell surface glycoprotein CD4
P: PGT124 Light Chain
Q: PGT124 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,31015
ポリマ－103,6914
非ポリマー3,61911
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: T-cell surface glycoprotein CD4
C: PGT124 Light Chain
D: PGT124 Heavy Chain
O: Surface protein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,08814
ポリマ－103,6914
非ポリマー3,39810
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: T-cell surface glycoprotein CD4
I: PGT124 Light Chain
J: PGT124 Heavy Chain
K: Surface protein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,64612
ポリマ－103,6914
非ポリマー2,9558
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
L: T-cell surface glycoprotein CD4
M: PGT124 Light Chain
N: PGT124 Heavy Chain
A: Surface protein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,71615
ポリマ－103,6914
非ポリマー4,02511
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.406, 165.438, 229.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 EOAKFBHL

#1: タンパク質
Surface protein gp160 / Env polyprotein


分子量: 34754.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate JRCSF / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): 293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20871
#2: タンパク質
T-cell surface glycoprotein CD4 / T-cell surface antigen T4/Leu-3


分子量: 20419.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01730

-
抗体 , 2種, 8分子 PCIMQDJN

#3: 抗体
PGT124 Light Chain / Ig lambda chain C region DOT / Ig lambda chain C region NEWM / Ig lambda-3 chain C regions


分子量: 23056.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGL@, IGLC3 / 細胞株 (発現宿主): 293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOY3
#4: 抗体
PGT124 Heavy Chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 25460.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGH@ / 細胞株 (発現宿主): 293 FreeStyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5

-
糖 , 3種, 32分子

#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 8分子

#8: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.283→39.647 Å / Num. obs: 94587 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3.283→3.4 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7664 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.283→39.647 Å / SU ML: 0.45 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 4720 4.99 %Random
Rwork0.207 ---
all0.2098 94587 --
obs0.2098 94587 98.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.283→39.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28246 0 912 0 29158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01129813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37340397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.06611109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0784717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.283-3.32030.32671730.28832921X-RAY DIFFRACTION98
3.3203-3.35930.35241520.27942781X-RAY DIFFRACTION93
3.3593-3.40030.36531450.28262979X-RAY DIFFRACTION99
3.4003-3.44330.3741660.31043029X-RAY DIFFRACTION99
3.4433-3.48860.35951550.28772980X-RAY DIFFRACTION100
3.4886-3.53640.29741520.25213006X-RAY DIFFRACTION100
3.5364-3.58680.30011410.24223027X-RAY DIFFRACTION100
3.5868-3.64030.31351600.24822971X-RAY DIFFRACTION100
3.6403-3.69720.30731500.26242973X-RAY DIFFRACTION99
3.6972-3.75780.29391510.22613047X-RAY DIFFRACTION100
3.7578-3.82250.24651640.22113005X-RAY DIFFRACTION100
3.8225-3.8920.29771540.23882982X-RAY DIFFRACTION99
3.892-3.96670.34441510.24272987X-RAY DIFFRACTION99
3.9667-4.04760.26681710.21153013X-RAY DIFFRACTION100
4.0476-4.13560.26341430.19882880X-RAY DIFFRACTION95
4.1356-4.23170.24231590.18382980X-RAY DIFFRACTION98
4.2317-4.33740.2591530.16933026X-RAY DIFFRACTION100
4.3374-4.45450.2291570.16792988X-RAY DIFFRACTION100
4.4545-4.58540.2171620.1623005X-RAY DIFFRACTION99
4.5854-4.73310.21761670.15963024X-RAY DIFFRACTION100
4.7331-4.9020.22881540.1653027X-RAY DIFFRACTION100
4.902-5.09790.21521440.16693035X-RAY DIFFRACTION99
5.0979-5.32940.20921630.1733020X-RAY DIFFRACTION99
5.3294-5.60960.25031570.19342866X-RAY DIFFRACTION94
5.6096-5.960.28131750.20653047X-RAY DIFFRACTION100
5.96-6.41840.26991660.20833052X-RAY DIFFRACTION99
6.4184-7.0610.25241600.20763055X-RAY DIFFRACTION99
7.061-8.07530.24791600.20323001X-RAY DIFFRACTION97
8.0753-10.14570.2141670.183057X-RAY DIFFRACTION97
10.1457-39.64960.28781480.24463103X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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