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- PDB-4r21: Zebra fish cytochrome P450 17A2 with Progesterone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r21
タイトルZebra fish cytochrome P450 17A2 with Progesterone
要素Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 17A2 / progesterone / P450 17A2 / 17 (alpha)-hydroxylation / steroid biosynthesis / enzyme kinetics
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / hormone biosynthetic process / progesterone metabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PROGESTERONE / Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural and Kinetic Basis of Steroid 17 alpha, 20-Lyase Activity in Teleost Fish Cytochrome P450 17A1 and Its Absence in Cytochrome P450 17A2.
著者: Pallan, P.S. / Nagy, L.D. / Lei, L. / Gonzalez, E. / Kramlinger, V.M. / Azumaya, C.M. / Wawrzak, Z. / Waterman, M.R. / Guengerich, F.P. / Egli, M.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
B: Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,1546
ポリマ－108,2922
非ポリマー1,8624
水30617
1
A: Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0773
ポリマ－54,1461
非ポリマー9312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0773
ポリマ－54,1461
非ポリマー9312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.940, 78.630, 95.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 family 17 polypeptide 2


分子量: 54146.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-495 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: A7U483
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-STR / PROGESTERONE / プロゲステロン


分子量: 314.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.48 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 50 mM sodium HEPES buffer, 25 mM MgCl2 and 15% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 3550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月20日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→17.08 Å / Num. obs: 22643 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.73→2.81 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensions)データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→17.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 41.57 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1159 5.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.209 21459 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1 Å2-0 Å2-0.57 Å2
2---1.98 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→17.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6605 0 130 17 6752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6152.0029397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8693.00315268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9065838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77123.446296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.057151132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6951554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21066
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9013.0373373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9013.0373372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2874.5484204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2874.5484205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9413.1613514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.943.1613515
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2244.6535194
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.88924.2528030
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.88924.2548031
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 85 -
Rwork0.285 1556 -
obs--97.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2834-0.51780.46021.4371-0.30471.4289-0.0328-0.0299-0.14090.07190.02840.0760.00980.02240.00440.057-0.0174-0.04720.45340.01390.071712.47160.43961.0003
20.92740.5818-0.05631.72980.652.42820.05850.2871-0.0417-0.1268-0.1594-0.0037-0.2878-0.69880.1010.05350.1454-0.01880.7688-0.04150.009-14.62625.224645.0225
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A53 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B53 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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