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- PDB-4r1u: Crystal structure of Medicago truncatula cinnamoyl-CoA reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1u
タイトルCrystal structure of Medicago truncatula cinnamoyl-CoA reductase
要素Cinnamoyl CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cinnamoyl-CoA reductase / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


cinnamoyl-CoA reductase activity / cinnamoyl-CoA reductase / phenylpropanoid biosynthetic process / lignin biosynthetic process / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cinnamoyl-CoA reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Noel, J.P. / Bomati, E.K. / Louie, G.V. / Bowman, M.E.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Studies of Cinnamoyl-CoA Reductase and Cinnamyl-Alcohol Dehydrogenase, Key Enzymes of Monolignol Biosynthesis.
著者: Pan, H. / Zhou, R. / Louie, G.V. / Muhlemann, J.K. / Bomati, E.K. / Bowman, M.E. / Dudareva, N. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. / Wang, X.
履歴
登録2014年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cinnamoyl CoA reductase
B: Cinnamoyl CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3845
ポリマ－77,2072
非ポリマー1773
水5,441302
1
A: Cinnamoyl CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6632
ポリマ－38,6041
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cinnamoyl CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7223
ポリマ－38,6041
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.795, 96.821, 106.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cinnamoyl CoA reductase


分子量: 38603.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: MtCCR2, MTR_4g006940 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G7JEE5
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 21% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.2 M potassium acetate, 100 mM HEPES, and 2 mM DTT, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9792, 0.9184, 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.91841
30.97941
反射最高解像度: 2.18 Å / Num. all: 38353 / Num. obs: 38353

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.18→19.98 Å / FOM work R set: 0.781 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.49 / 位相誤差: 28.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2424 3835 10 %
Rwork0.1975 --
obs0.2022 38336 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.69 Å2 / Biso mean: 37.13 Å2 / Biso min: 14.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4825 0 12 302 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0996719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d151798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.18-2.20760.34661500.31611239138997
2.2076-2.23660.36421410.30041220136196
2.2366-2.26720.34231500.28881247139797
2.2672-2.29950.29681470.26461228137597
2.2995-2.33380.30481210.24451245136697
2.3338-2.37020.29041450.23861251139697
2.3702-2.4090.27751330.24091237137097
2.409-2.45050.30131350.23181262139796
2.4505-2.4950.29271500.22131217136797
2.495-2.54290.26661330.21261267140098
2.5429-2.59470.27351470.2131256140398
2.5947-2.6510.26681470.20181243139098
2.651-2.71250.27741450.21041283142899
2.7125-2.78010.26041300.20991292142299
2.7801-2.85510.28931450.206612931438100
2.8551-2.93890.27941390.21481287142699
2.9389-3.03340.271350.202612941429100
3.0334-3.14140.24361340.193812991433100
3.1414-3.26670.2661210.205213201441100
3.2667-3.41470.21131310.19841313144499
3.4147-3.59370.25811560.19412731429100
3.5937-3.81740.21141560.17481302145899
3.8174-4.10980.22051590.162612861445100
4.1098-4.51910.16191480.15741302145099
4.5191-5.16310.21541580.15711321147999
5.1631-6.46810.24861440.19911341148599
6.4681-19.98130.1951350.18861383151897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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