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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r1o | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Thermophilic Geobacillus kaustophilus L-Arabinose isomerase | ||||||
要素 | L-arabinose isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Hexamer / Thermophile / thermostable / AI fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to xylulose 5-phosphate / manganese ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus kaustophilus HTA426 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å | ||||||
データ登録者 | Choi, J.M. / Lee, Y.J. / Lee, D.W. / Lee, S.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal Structure of Thermophilic apo L-Arabinose Isomerase from Geobacillus kaustophilus 著者: Choi, J.M. / Lee, Y.J. / Lee, D.W. / Lee, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4r1o.cif.gz | 594.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4r1o.ent.gz | 492.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4r1o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4r1o_validation.pdf.gz | 462.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4r1o_full_validation.pdf.gz | 486.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4r1o_validation.xml.gz | 107.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4r1o_validation.cif.gz | 153.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/4r1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/4r1o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56304.891 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus HTA426 (バクテリア) 遺伝子: araA, GK1904 / プラスミド: pET28a(+)-GKAI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5KYP7, L-arabinose isomerase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS RESIDUE IS BASED ON YP_147757 OF GENBANK. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 1.8M Na-K phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.0015 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0015 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 133329 / Num. obs: 133329 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 25.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 14.091 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 3.746 / Num. unique all: 6024 / Rsym value: 0.458 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: GKAI with MN 解像度: 2.401→45.323 Å / FOM work R set: 0.8468 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.6 Å2 / Biso mean: 17.04 Å2 / Biso min: 1.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.401→45.323 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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