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万見
- PDB-4r15: High-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Cr3+ c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r15
タイトルHigh-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Cr3+ cations
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / SELF-COMPLEMENTARY DNA / Z-DNA
機能・相同性CHROMIUM ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2015
タイトル: High-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Cr(3+) cations.
著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Ultrahigh-resolution crystal structures of Z-DNA in complex with Mn(2+) and Zn(2+) ions.
著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Phosphates in the Z-DNA dodecamer are flexible, but their P-SAD signal is sufficient for structure solution.
著者: Luo, Z. / Dauter, M. / Dauter, Z.
#3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: High regularity of Z-DNA revealed by ultra high-resolution crystal structure at 0.55 A.
著者: Brzezinski, K. / Brzuszkiewicz, A. / Dauter, M. / Kubicki, M. / Jaskolski, M. / Dauter, Z.
履歴
登録2014年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7765
ポリマ－3,6202
非ポリマー1563
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area2330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)18.140, 30.440, 42.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Self-complementary dimer of chains A and B

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC CONSTRUCT
#2: 化合物 ChemComp-CR / CHROMIUM ION


分子量: 51.996 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.88 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: A 1.5 MM WATER SOLUTION OF DNA MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE*4HCL, 12 MM NACL, 80 MM KCL AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6. FOR CR3+ SOAKING, THE CRYSTAL WAS PLACED FOR ...詳細: A 1.5 MM WATER SOLUTION OF DNA MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE*4HCL, 12 MM NACL, 80 MM KCL AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6. FOR CR3+ SOAKING, THE CRYSTAL WAS PLACED FOR SEVERAL DAYS IN 0.002 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION MIXED WITH 0.002 ML OF 5 MM [CR(H2O)6]CL3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→24.83 Å / Num. all: 26535 / Num. obs: 26535 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.53 % / Biso Wilson estimate: 13.586 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.016 / Net I/σ(I): 24.85
反射 シェル解像度: 0.973→1 Å / 冗長度: 2.14 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HIF

4hif


解像度: 0.97→24.83 Å / Num. parameters: 3347 / Num. restraintsaints: 6729 / 交差検証法: FREE R
StereochEM target val spec case: PHOSPHATE AND GLYCOSIDIC ANGLES ACCORDING TO PDB MODEL 3P4J
立体化学のターゲット値: CLOWNEY, GELBIN & PARKINSON
詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE USED. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R-FACTOR FROM 0.2585 TO 0.1976. ...詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE USED. ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R-FACTOR FROM 0.2585 TO 0.1976. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITION THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL-MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE AND ALL REFLECTIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1849 1858 7 %RANDOM
Rwork0.1438 ---
all0.1447 26535 --
obs0.1438 -98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.(1975) 91, 201
Refine analyzeNum. disordered residues: 13 / Occupancy sum hydrogen: 136 / Occupancy sum non hydrogen: 280.78
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→24.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 3 67 310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0378
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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