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- PDB-4r0d: Crystal structure of a eukaryotic group II intron lariat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r0d
タイトルCrystal structure of a eukaryotic group II intron lariat
要素
  • GROUP IIB INTRON LARIAT
  • LIGATED EXONS
キーワードRNA / lariat / ribozyme / 2'-5' phosphodiester
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Pylaiella littoralis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.676 Å
データ登録者Robart, A.R. / Chan, R.T. / Peters, J.K. / Rajashankar, K.R. / Toor, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a eukaryotic group II intron lariat.
著者: Robart, A.R. / Chan, R.T. / Peters, J.K. / Rajashankar, K.R. / Toor, N.
履歴
登録2014年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年10月15日Group: Database references
改定 1.32014年10月29日Group: Source and taxonomy
改定 1.42016年5月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROUP IIB INTRON LARIAT
B: LIGATED EXONS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,496141
ポリマ－207,5192
非ポリマー13,977139
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15770 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area96750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.639, 255.361, 136.786
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-745-

MG

21A-760-

MG

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 GROUP IIB INTRON LARIAT


分子量: 201158.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pylaiella littoralis (真核生物) / 解説: RNA was prepared by in vitro transcription / 発現宿主: cell-free synthesis (未定義)
#2: RNA鎖 LIGATED EXONS


分子量: 6360.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pylaiella littoralis (真核生物) / 解説: RNA was prepared by in vitro transcription / 発現宿主: cell-free synthesis (未定義)

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非ポリマー , 5種, 254分子

#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 化合物...
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#5: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.27 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.4 mM spermine, 21% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 175 mM magnesium acetate tetrahydrate, and 90 mM MES monohydrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.1052, 1.3854, 1.3858
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.10521
21.38541
31.38581
反射解像度: 3.676→81.82 Å / Num. all: 31207 / Num. obs: 31107 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.68→3.74 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.676→81.82 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 1994 6.41 %
Rwork0.2386 --
obs0.2411 31107 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.676→81.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 13472 393 115 13980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01715336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48324103
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4637572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0993148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6761-3.7680.37921160.36831730X-RAY DIFFRACTION83
3.768-3.86990.35111410.35992045X-RAY DIFFRACTION99
3.8699-3.98380.35121430.34812088X-RAY DIFFRACTION100
3.9838-4.11240.37311430.33052088X-RAY DIFFRACTION100
4.1124-4.25940.32331430.3242091X-RAY DIFFRACTION100
4.2594-4.42990.37121430.31542077X-RAY DIFFRACTION100
4.4299-4.63150.30321430.28522083X-RAY DIFFRACTION100
4.6315-4.87560.32021440.28592101X-RAY DIFFRACTION100
4.8756-5.18110.31521420.26172086X-RAY DIFFRACTION100
5.1811-5.5810.24721450.24762108X-RAY DIFFRACTION100
5.581-6.14250.27881460.2362120X-RAY DIFFRACTION100
6.1425-7.03090.26661450.23092132X-RAY DIFFRACTION100
7.0309-8.85650.24381470.22632144X-RAY DIFFRACTION100
8.8565-81.83970.23231530.17462220X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.7416 Å / Origin y: 32.5694 Å / Origin z: -10.463 Å
111213212223313233
T0.4705 Å2-0.2475 Å2-0.2035 Å2-0.767 Å20.0908 Å2--0.6735 Å2
L0.4804 °2-0.084 °2-0.5721 °2-0.3573 °2-0.0009 °2--1.6533 °2
S-0.1017 Å °-0.226 Å °-0.1083 Å °-0.0794 Å °0.099 Å °-0.1781 Å °-0.3313 Å °0.7438 Å °-0.008 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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