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- PDB-4r02: yCP in complex with BSc4999 (alpha-Keto Phenylamide) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r02
タイトルyCP in complex with BSc4999 (alpha-Keto Phenylamide)
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 6
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 7
  • Probable proteasome subunit alpha type-7
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cancer / Proteasome / Drug Development / Binding Analysis / Reversible Covalent Ligand / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-L-LEUCYL-N-{(2S,3S)-1-[(2,4-DIMETHYLPHENYL)AMINO]-2-HYDROXY-5-METHYL-1-OXOHEXAN-3-YL}-L-LEUCINAMIDE / Chem-3E5 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 ...N-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-L-LEUCYL-N-{(2S,3S)-1-[(2,4-DIMETHYLPHENYL)AMINO]-2-HYDROXY-5-METHYL-1-OXOHEXAN-3-YL}-L-LEUCINAMIDE / Chem-3E5 / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Voss, C. / Scholz, C. / Knorr, S. / Beck, P. / Stein, M. / Zall, A. / Kuckelkorn, U. / Kloetzel, P.-M. / Groll, M. / Hamacher, K. / Schmidt, B.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2014
タイトル: alpha-Keto Phenylamides as P1'-Extended Proteasome Inhibitors.
著者: Voss, C. / Scholz, C. / Knorr, S. / Beck, P. / Stein, M.L. / Zall, A. / Kuckelkorn, U. / Kloetzel, P.M. / Groll, M. / Hamacher, K. / Schmidt, B.
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-2
B: Proteasome subunit alpha type-3
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-5
E: Proteasome subunit alpha type-6
F: Probable proteasome subunit alpha type-7
G: Proteasome subunit alpha type-1
H: Proteasome subunit beta type-2
I: Proteasome subunit beta type-3
J: Proteasome subunit beta type-4
K: Proteasome subunit beta type-5
L: Proteasome subunit beta type-6
M: Proteasome subunit beta type-7
N: Proteasome subunit beta type-1
O: Proteasome subunit alpha type-2
P: Proteasome subunit alpha type-3
Q: Proteasome subunit alpha type-4
R: Proteasome subunit alpha type-5
S: Proteasome subunit alpha type-6
T: Probable proteasome subunit alpha type-7
U: Proteasome subunit alpha type-1
V: Proteasome subunit beta type-2
W: Proteasome subunit beta type-3
X: Proteasome subunit beta type-4
Y: Proteasome subunit beta type-5
Z: Proteasome subunit beta type-6
a: Proteasome subunit beta type-7
b: Proteasome subunit beta type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,56841
ポリマ－731,05128
非ポリマー1,51713
水48,7492706
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area119360 Å2
ΔGint-459 kcal/mol
Surface area216790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.240, 300.870, 146.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999691, -2.5E-5, 0.024844), (-0.004283, -0.984853, -0.173337), (0.024472, -0.17339, 0.984549)68.81651, -289.50333, -25.80285
詳細AU contains one biological assembly

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要素

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Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 変異: A49S / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FT

#6: タンパク質 Probable proteasome subunit alpha type-7


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#8: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRE2, DOA3, PRG1, YPR103W, P8283.10 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): 4932 / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7


分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 3種, 2719分子

#15: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-3E5 / N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-{(2S,3S)-1-[(2,4-dimethylphenyl)amino]-2-hydroxy-5-methyl-1-oxohexan-3-yl}-L-leucinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 624.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H52N4O6
参照: N-[(BENZYLOXY)CARBONYL]-L-LEUCYL-N-{(2S,3S)-1-[(2,4-DIMETHYLPHENYL)AMINO]-2-HYDROXY-5-METHYL-1-OXOHEXAN-3-YL}-L-LEUCINAMIDE
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2706 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 20 MM MGAC2, 13% MPD, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月22日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 374723 / Num. obs: 363107 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RYP

1ryp


解像度: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 15.532 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20686 18156 5 %RANDOM
Rwork0.17016 ---
all0.176 363107 --
obs0.17199 344951 96.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.67 Å20 Å2-0.55 Å2
2---3.36 Å2-0 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49366 0 101 2706 52173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01950366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0248156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9681.96568134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7073110882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75356314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69724.4232252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.493158758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.91215284
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.27676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0257196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0211302
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.434398522
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.9235905
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.785599435
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 1338 -
Rwork0.271 25413 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1401-0.03870.03590.10720.00750.082-0.0060.00930.01390.00620.0013-0.0374-0.01730.01110.00470.0273-0.01170.00840.0098-0.00720.044467.607-92.19646.564
20.10020.0004-0.01760.11850.02910.1124-0.00250.01170.0146-0.0434-0.0017-0.0231-0.03020.02670.00430.0318-0.01170.01780.01470.00480.039960.357-87.88816.786
30.12670.07780.05270.12610.05790.1491-0.01390.01970.0101-0.07340.02270.0008-0.04760.0186-0.00890.0688-0.00410.00520.01170.00840.045732.986-87.2941.353
40.05720.0219-0.03850.1302-0.00420.0941-0.00570.00670.0249-0.02280.00440.0711-0.0367-0.01190.00130.04390.0156-0.01410.01370.01710.07553.617-89.93313.868
50.09430.03460.06850.0868-0.02330.222-0.0089-0.01470.02110.01470.00750.0751-0.0376-0.04190.00140.02070.01990.00990.02150.00010.0764-2.708-94.2146.045
60.1260.00510.00290.14160.06090.10640.0095-0.0230.01750.0429-0.01780.0339-0.0103-0.02280.00820.0380.00710.0220.0165-0.00890.042115.71-95.0570.352
70.04630.00290.02770.13480.03710.1317-0.0017-0.00770.00590.0456-0.0104-0.0193-0.01180.00210.0120.0539-0.00540.00370.0069-0.00840.034948.262-93.66371.683
80.03520.01240.0110.08090.0050.00530.0040.00450.00660.02240.0002-0.0452-0.00270.0058-0.00430.0231-0.00540.00040.0139-0.01190.048268.391-129.77247.962
90.1529-0.04230.0140.19980.01380.06290.00320.0230.0007-0.0197-0.0037-0.047-0.02460.02580.00050.0181-0.00820.01660.0202-0.00160.040468.963-127.58821.303
100.08970.0880.00950.29530.00270.1251-0.00070.01830.0204-0.06620.0032-0.0026-0.00440.0132-0.00250.0440.00090.01070.00820.00390.025645.358-126.656-0.367
110.09150.0979-0.08480.3062-0.07150.0810.00270.01270.0198-0.05980.00710.0808-0.0107-0.0127-0.00980.03090.0098-0.02010.01090.01060.053311.432-130.7922.512
120.0388-0.04610.02980.19730.05290.11280.0099-0.0028-0.0125-0.0136-0.00270.0681-0.0111-0.0182-0.00720.01880.0084-0.00120.020.01360.0745-4.133-134.33228.797
130.0399-0.02160.02290.249-0.01120.0409-0.0049-0.02450.00090.04390.0050.04820.0042-0.0233-00.01920.00110.02020.01920.00350.04698.138-137.97760.713
140.0456-0.0075-0.04540.25540.02990.17140.0105-0.0190.00350.0546-0.0006-0.004-0.00170.0069-0.010.0368-0.00480.00120.0109-0.00690.026940.266-134.28371.277
150.1959-0.0848-0.06280.13420.04630.0926-0.01240.0235-0.01650.0107-0.00210.0460.0314-0.02140.01450.0332-0.0184-0.00860.01290.00570.05942.136-206.86437.018
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170.08930.0404-0.00170.1722-0.06260.13550.00520.0362-0.03-0.10240.00970.04920.0546-0.0009-0.01490.10250.0021-0.01910.0158-0.0190.055736.052-203.898-9.067
180.0136-0.03420.01380.23120.00940.11860.00360.005-0.002-0.0687-0.0152-0.05270.02510.02380.01150.04970.01930.0220.0155-0.0090.060665.547-203.3863.323
190.1719-0.0083-0.08310.1721-0.00770.1602-0.00190.0024-0.03120.00970.0179-0.08220.04110.0353-0.0160.02750.0236-0.00150.0211-0.00930.076472.506-204.74335.55
200.14740.04-0.02260.0698-0.05810.10610.0122-0.0398-0.03070.0223-0.0065-0.03190.03040.0132-0.00570.05760.014-0.02240.01850.01260.059654.496-208.27659.848
210.01310.0004-0.03220.1236-0.02560.0848-0.007-0.0025-0.00210.0242-0.00040.01320.00910.00770.00740.0469-0.0021-0.00490.00360.01160.043121.971-210.1161.465
220.0503-0.0173-0.02970.10730.01240.03790.00470.0001-0.00620.02090.00250.06470.0191-0.0151-0.00720.0272-0.0152-0.00030.01130.01150.05651.512-170.20945.003
230.172-0.00210.0160.15060.02870.07050.01310.02420.0028-0.0274-0.01070.05180.0298-0.0298-0.00230.0244-0.0121-0.01780.01850.00250.04860.432-167.62118.333
240.06750.04240.04830.1675-0.01870.08190.00310.0174-0.0152-0.05810.00730.01410.0063-0.0014-0.01040.04750.0055-0.01420.0164-0.00250.03323.655-164.687-3.583
250.15980.14870.08110.2738-0.01020.1135-0.00570.0293-0.0234-0.06830.0217-0.04950.02460.024-0.0160.0450.00940.02550.0196-0.01190.03857.649-161.12-0.563
260.0266-0.0324-0.02170.2278-0.03650.07090.01140.00030.0083-0.01170.0005-0.05950.00770.0187-0.01190.02230.01170.00820.0246-0.01430.062773.673-162.22325.632
270.0333-0.0008-0.00660.28430.03970.0467-0.0005-0.0148-0.0120.0432-0.0015-0.04370.00770.01520.0020.02530.0053-0.01080.01440.0020.041761.986-164.28357.896
280.04010.01770.06320.30550.00260.1960.0106-0.0171-0.01020.04990.00220.0170.0138-0.0034-0.01280.035-0.00330.00630.01450.01010.032730.079-169.84768.253
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 421
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 244
4X-RAY DIFFRACTION2B301 - 384
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 240
6X-RAY DIFFRACTION3C301 - 388
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
8X-RAY DIFFRACTION4D301 - 382
9X-RAY DIFFRACTION5E3 - 233
10X-RAY DIFFRACTION5E301 - 344
11X-RAY DIFFRACTION6F2 - 244
12X-RAY DIFFRACTION6F301 - 393
13X-RAY DIFFRACTION7G2 - 242
14X-RAY DIFFRACTION7G301
15X-RAY DIFFRACTION7G401 - 517
16X-RAY DIFFRACTION8H1 - 226
17X-RAY DIFFRACTION8H301 - 410
18X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
19X-RAY DIFFRACTION9I301 - 302
20X-RAY DIFFRACTION9I401 - 506
21X-RAY DIFFRACTION10J1 - 195
22X-RAY DIFFRACTION10J201
23X-RAY DIFFRACTION10J301 - 401
24X-RAY DIFFRACTION11K1 - 212
25X-RAY DIFFRACTION11K301 - 303
26X-RAY DIFFRACTION11K401 - 519
27X-RAY DIFFRACTION12L1 - 222
28X-RAY DIFFRACTION12L301 - 418
29X-RAY DIFFRACTION13M1 - 233
30X-RAY DIFFRACTION13M301 - 441
31X-RAY DIFFRACTION14N1 - 196
32X-RAY DIFFRACTION14N201 - 202
33X-RAY DIFFRACTION14N301 - 408
34X-RAY DIFFRACTION15O1 - 250
35X-RAY DIFFRACTION15O301 - 379
36X-RAY DIFFRACTION16P1 - 244
37X-RAY DIFFRACTION16P301 - 373
38X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 240
39X-RAY DIFFRACTION17Q301 - 361
40X-RAY DIFFRACTION18R1 - 242
41X-RAY DIFFRACTION18R301 - 374
42X-RAY DIFFRACTION19S3 - 233
43X-RAY DIFFRACTION19S301 - 338
44X-RAY DIFFRACTION20T2 - 244
45X-RAY DIFFRACTION20T301 - 382
46X-RAY DIFFRACTION21U2 - 242
47X-RAY DIFFRACTION21U301 - 409
48X-RAY DIFFRACTION22V1 - 226
49X-RAY DIFFRACTION22V301
50X-RAY DIFFRACTION22V401 - 489
51X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
52X-RAY DIFFRACTION23W301 - 404
53X-RAY DIFFRACTION24X1 - 195
54X-RAY DIFFRACTION24X201 - 292
55X-RAY DIFFRACTION25Y1 - 212
56X-RAY DIFFRACTION25Y301 - 302
57X-RAY DIFFRACTION25Y401 - 514
58X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 222
59X-RAY DIFFRACTION26Z301
60X-RAY DIFFRACTION26Z401 - 526
61X-RAY DIFFRACTION27a1 - 233
62X-RAY DIFFRACTION27a301 - 437
63X-RAY DIFFRACTION28b1 - 196
64X-RAY DIFFRACTION28b201 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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