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- PDB-4r01: Crystal structure of SP1627, a putative NADH-flavin reductase, fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r01
タイトルCrystal structure of SP1627, a putative NADH-flavin reductase, from Streptococcus pneumoniae TIGR4
要素putative NADH-flavin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / NIAID / National Institute for Allergy and Infectious Diseases / alpha/beta fold / NAD(P) dinucleotide-binding Rossmann fold / putative NADH-flavin reductase / putative oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(P)-binding domain-containing protein / NAD(P)-bd_dom domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of SP1627, a putative NADH-flavin reductase, from Streptococcus pneumoniae TIGR4
著者: Stogios, P.J. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative NADH-flavin reductase
B: putative NADH-flavin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4809
ポリマ－46,0502
非ポリマー4307
水2,954164
1
A: putative NADH-flavin reductase
B: putative NADH-flavin reductase
ヘテロ分子

A: putative NADH-flavin reductase
B: putative NADH-flavin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,96018
ポリマ－92,1004
非ポリマー86014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7850 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area34970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.030, 82.960, 43.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-424-

HOH

21B-470-

HOH

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要素

#1: タンパク質 putative NADH-flavin reductase


分子量: 23025.029 Da / 分子数: 2 / 断片: SP1627 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1627 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97PI8, UniProt: A0A0H2UR89*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月10日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 29142 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 25.55
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H2S

3h2s


解像度: 2.4→29.577 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2418 1384 6.83 %random
Rwork0.1855 ---
obs0.1893 20249 93.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3246 0 19 164 3429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7874492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7371222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.48580.34361340.26351804X-RAY DIFFRACTION90
2.4858-2.58520.30781350.26781827X-RAY DIFFRACTION89
2.5852-2.70280.32831320.25471821X-RAY DIFFRACTION93
2.7028-2.84520.33351380.2421865X-RAY DIFFRACTION93
2.8452-3.02330.33221390.23971897X-RAY DIFFRACTION94
3.0233-3.25650.26851410.22841887X-RAY DIFFRACTION95
3.2565-3.58370.25961450.1871936X-RAY DIFFRACTION95
3.5837-4.10110.21451410.15671950X-RAY DIFFRACTION96
4.1011-5.16240.16681430.1371939X-RAY DIFFRACTION96
5.1624-29.57920.20031360.15141939X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7486-1.45780.83025.785-1.4075.72310.2293-0.003-1.0076-0.3233-0.8496-0.50930.23230.70820.56620.32130.07480.06710.39610.11530.579724.5621-3.129215.238
25.8989-0.305-2.62391.3432-1.03826.67420.084-0.1956-0.8059-0.1169-0.17240.02680.16290.50390.15960.40010.12440.03190.35580.08520.631628.6845-2.123415.3993
39.2932-2.66340.43393.944-4.7456.6455-0.55280.37-0.10870.94430.3278-0.3101-0.31330.6480.01180.38380.10460.00920.44-0.01960.42624.25673.681310.0061
44.809-0.8491-0.47741.95330.09912.57830.12220.4443-0.4154-0.2255-0.2656-0.08490.15810.05070.14370.3030.04590.00320.2453-0.02130.325310.00853.822711.1461
58.3536-3.5355-3.11039.73770.43976.1994-0.42950.48970.4544-0.22150.4627-0.2547-0.52140.1907-0.10890.3436-0.127-0.02390.31790.05340.507818.728935.760328.1046
66.82781.2907-0.6086.8429-0.44213.19760.0114-0.05240.5936-0.15360.1596-0.338-0.16910.1637-0.17910.3281-0.1261-0.04270.3565-0.00320.405624.081234.029729.1651
77.10844.90154.93058.08256.13624.60530.0118-0.524-0.18760.4556-0.0108-0.15550.10070.2109-0.07790.3076-0.0306-0.03040.37620.08680.343820.032620.103633.1436
85.45091.59520.47443.83380.14152.23160.0101-0.380.49630.1342-0.05420.1708-0.1047-0.17290.04550.2613-0.010.01280.3429-0.02810.21244.287327.998533.2546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 0:11 )A0 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 12:54 )A12 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 55:71 )A55 - 71
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 72:209 )A72 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 0:16 )B0 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 17:67 )B17 - 67
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 68:91 )B68 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 92:209 )B92 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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