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万見
- PDB-4qzi: Mouse Tdt, F401A mutant, in complex with a DSB substrate and Zn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qzi
タイトルMouse Tdt, F401A mutant, in complex with a DSB substrate and Zn2+
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3'
  • DNA nucleotidylexotransferase
キーワードTRANSFERASE/DNA / Terminal deoxynucleotidyltransferase / nucleus / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / DNA-directed DNA polymerase activity ...DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / breast cancer carboxy-terminal domain / DNA polymerase lambda, fingers domain ...DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / breast cancer carboxy-terminal domain / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA nucleotidylexotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Gouge, J. / Delarue, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for a novel mechanism of DNA bridging and alignment in eukaryotic DSB DNA repair.
著者: Gouge, J. / Rosario, S. / Romain, F. / Poitevin, F. / Beguin, P. / Delarue, M.
履歴
登録2014年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA nucleotidylexotransferase
D: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
T: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3'
U: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3419
ポリマ－51,7124
非ポリマー6295
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area17380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.700, 71.523, 113.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-742-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA nucleotidylexotransferase / Terminal addition enzyme / Terminal deoxynucleotidyltransferase / TDT / Terminal transferase


分子量: 45627.914 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: F401A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dntt, Tdt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09838, DNA nucleotidylexotransferase

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DNA鎖 , 2種, 3分子 DUT

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量: 1810.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*G)-3'


分子量: 2463.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 5種, 75分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ddCTP


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細PROTEIN COMPRISES UNP RESIDUES 132-482 AND 503-530 WITH 483-502 DELETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12-17% PEG4000, 9-12% isopropanol, 100 mM sodium acetate, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9725 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月8日
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→45 Å / Num. obs: 13390 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 87.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1937 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4I2A

4i2a


解像度: 2.65→22.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9487 / SU R Cruickshank DPI: 0.734 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.711 / SU Rfree Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.253 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 660 4.94 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1862 13373 99.52 %-
原子変位パラメータBiso mean: 77.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0061 Å20 Å27.5192 Å2
2---5.9176 Å20 Å2
3---5.9237 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.385 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→22.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2553 371 13 70 3007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013029HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.984175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1284SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes412HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3029HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion402SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3303SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.86 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 128 4.61 %
Rwork0.2187 2648 -
all0.221 2776 -
obs--99.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2805-1.60330.07575.4231-0.0543.71780.0438-0.14950.2454-0.12390.03930.4904-0.2905-0.5566-0.08310.00350.1455-0.0416-0.09430.0941-0.0722-3.93877.219818.1935
23.25450.4773-2.05271.9305-1.23575.5942-0.0354-0.5743-0.30960.1213-0.0667-0.08710.12810.39220.1021-0.30050.0157-0.0281-0.12350.0678-0.18633.8688-3.377542.7491
32.3447-0.4888-0.77541.7101-0.40713.97280.2443-0.31650.0601-0.2164-0.3147-0.2761-0.25130.52260.0704-0.15940.02860.0278-0.04460.0778-0.018916.14360.171528.9021
41.41130.85391.13052.05252.15382.996-0.05340.2739-0.3283-0.34240.2654-0.23240.5569-0.1549-0.21190.25090.079-0.0549-0.07940.0628-0.10283.1111-10.56112.8803
50.8102-1.81690.360201.68080.0697-0.01370.0087-0.2371-0.0642-0.05840.06050.2802-0.07640.0721-0.0491-0.06090.0157-0.03060.03130.09364.0031-11.907535.0717
61.79112.29032.58387.3693-1.27114.9450.01890.13410.003-0.07990.1179-0.2613-0.01460.1478-0.13680.15970.1125-0.0598-0.0143-0.0029-0.16650.4866-4.91537.8437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|148 - 233}A148 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2{A|234 - 382}A234 - 382
3X-RAY DIFFRACTION3{A|401 - 510}A401 - 510
4X-RAY DIFFRACTION4{T|1 - 8}T1 - 8
5X-RAY DIFFRACTION5{U|1 - 6}U1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION6{D|1 - 6}D1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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