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- PDB-4qyz: Crystal structure of a CRISPR RNA-guided surveillance complex, Ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qyz
タイトルCrystal structure of a CRISPR RNA-guided surveillance complex, Cascade, bound to a ssDNA target
要素
  • (CRISPR system Cascade subunit ...) x 5
  • DNA (33-MER)
  • RNA (55-MER)
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA/RNA / CRISPR-Associated / Bacterial Immunity / Cas3 / IMMUNE SYSTEM-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein-containing complex / DNA binding ...CRISPR-cas system / DNA/RNA hybrid binding / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA processing / RNA endonuclease activity / defense response to virus / nucleic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cse2 / Crispr-associated protein; domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #2660 / CRISPR-associated protein, CT1975 / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 ...CRISPR-associated protein Cse2 / Crispr-associated protein; domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #2660 / CRISPR-associated protein, CT1975 / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR associated protein / CRISPR_assoc / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal / Peroxidase; domain 1 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR system Cascade subunit CasB / CRISPR system Cascade subunit CasE / CRISPR system Cascade subunit CasD / CRISPR system Cascade subunit CasC / CRISPR system Cascade subunit CasA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.0303 Å
データ登録者Mulepati, S. / Bailey, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Structural biology. Crystal structure of a CRISPR RNA-guided surveillance complex bound to a ssDNA target.
著者: Mulepati, S. / Heroux, A. / Bailey, S.
履歴
登録2014年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system Cascade subunit CasA
B: CRISPR system Cascade subunit CasB
C: CRISPR system Cascade subunit CasB
D: CRISPR system Cascade subunit CasC
E: CRISPR system Cascade subunit CasC
F: CRISPR system Cascade subunit CasC
G: CRISPR system Cascade subunit CasC
H: CRISPR system Cascade subunit CasC
I: CRISPR system Cascade subunit CasC
J: CRISPR system Cascade subunit CasD
K: CRISPR system Cascade subunit CasE
L: RNA (55-MER)
M: DNA (33-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,40014
ポリマ－413,33513
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55530 Å2
ΔGint-274 kcal/mol
Surface area125990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.869, 223.869, 290.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
CRISPR system Cascade subunit ... , 5種, 11分子 ABCDEFGHIJK

#1: タンパク質 CRISPR system Cascade subunit CasA / CRISPR type I-E/Ecoli-associated protein CasA/Cse1 / CRISPR-associated protein CasA/Cse1


分子量: 55964.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casA, cse1, ygcL, b2760, JW2730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46901
#2: タンパク質 CRISPR system Cascade subunit CasB


分子量: 18728.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casB, cse2, ygcK, b2759, JW2729 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P76632
#3: タンパク質
CRISPR system Cascade subunit CasC


分子量: 40071.402 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casC, cas4, cse4, ygcJ, b2758, JW2728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46899
#4: タンパク質 CRISPR system Cascade subunit CasD


分子量: 25239.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casD, cas5, ygcI, b2757, JW5844 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46898
#5: タンパク質 CRISPR system Cascade subunit CasE / CasE endoRNase / crRNA endonuclease


分子量: 22324.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: casE, cas6e, ygcH, b2756, JW2726 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q46897, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
RNA鎖 / DNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 3分子 LM

#6: RNA鎖 RNA (55-MER)


分子量: 19734.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: crRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: DNA鎖 DNA (33-MER)


分子量: 12185.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is from lambda phage
由来: (合成) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 0.1 M calcium acetate, 10% PEG 8,000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.2131 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月20日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2131 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.03→39.473 Å / Num. all: 16404 / Num. obs: 163355 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7
反射 シェル解像度: 3.03→3.05 Å / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.0303→39.473 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 7915 5.05 %
Rwork0.2235 --
obs0.2257 156727 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.0303→39.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24694 1848 1 0 26543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01227209
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.52437157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.09210295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0614183
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0303-3.06470.36182600.3224580X-RAY DIFFRACTION90
3.0647-3.10080.34832840.30985005X-RAY DIFFRACTION99
3.1008-3.13860.35892540.29625085X-RAY DIFFRACTION99
3.1386-3.17830.33132750.28725059X-RAY DIFFRACTION99
3.1783-3.22010.35322520.30455094X-RAY DIFFRACTION99
3.2201-3.26420.38782710.32455090X-RAY DIFFRACTION99
3.2642-3.31080.36422620.31195092X-RAY DIFFRACTION99
3.3108-3.36020.3652660.30385114X-RAY DIFFRACTION100
3.3602-3.41270.51652500.42674415X-RAY DIFFRACTION87
3.4127-3.46860.5622200.48574027X-RAY DIFFRACTION78
3.4686-3.52830.34022860.29235061X-RAY DIFFRACTION99
3.5283-3.59250.28412850.24415074X-RAY DIFFRACTION99
3.5925-3.66150.49922250.41834153X-RAY DIFFRACTION81
3.6615-3.73620.47662300.40964330X-RAY DIFFRACTION84
3.7362-3.81740.2992520.25925109X-RAY DIFFRACTION100
3.8174-3.90610.56212350.44754441X-RAY DIFFRACTION86
3.9061-4.00370.31642430.25454599X-RAY DIFFRACTION90
4.0037-4.11180.22012650.17875103X-RAY DIFFRACTION99
4.1118-4.23270.21712830.16845110X-RAY DIFFRACTION99
4.2327-4.36910.19322840.15545132X-RAY DIFFRACTION100
4.3691-4.52510.18612500.15055136X-RAY DIFFRACTION99
4.5251-4.7060.16942520.13925145X-RAY DIFFRACTION100
4.706-4.91980.16743120.13765115X-RAY DIFFRACTION100
4.9198-5.17860.18722610.15045190X-RAY DIFFRACTION100
5.1786-5.50230.21282880.16285170X-RAY DIFFRACTION100
5.5023-5.92580.23272780.1735207X-RAY DIFFRACTION100
5.9258-6.51980.21222330.17515229X-RAY DIFFRACTION100
6.5198-7.45770.21672730.1755274X-RAY DIFFRACTION100
7.4577-9.37510.17562930.1525250X-RAY DIFFRACTION100
9.3751-39.47660.20512930.19595423X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6274-1.18010.70391.3112-0.51870.91630.03570.2946-0.0551-0.0375-0.1258-0.2366-0.05130.15940.08450.82550.26390.04730.72540.01350.513444.5465126.009110.2749
24.01182.6513-1.03762.8786-1.97492.9896-0.1912-0.12740.35910.34920.2870.5204-0.8869-0.7864-0.10011.5680.6232-0.00771.0499-0.08230.777670.450397.847590.3711
32.8688-0.2078-1.49854.79132.68156.314-0.16740.43180.53290.1453-0.07080.1159-1.6151-0.77520.24041.21450.2362-0.16760.68890.09530.677383.5083105.70853.8509
41.8031-0.0668-0.25542.16740.1870.90750.0184-0.49610.56190.6773-0.0250.184-0.8239-0.19520.01371.94470.29460.03461.1392-0.24460.686286.512793.6726129.5121
51.90090.2824-0.5471.2866-0.43561.965-0.04-0.40060.49210.52070.0166-0.0678-0.77070.2040.00641.51930.1132-0.15550.836-0.15820.5617105.169892.9134104.612
61.44490.1889-0.04780.9476-0.19511.3414-0.0619-0.0270.12970.27110.0133-0.0368-0.40030.35560.05861.00590.109-0.11870.6618-0.00450.3982108.936680.387475.1988
71.43670.31750.56081.15090.32191.27860.03630.2506-0.16610-0.0464-0.05340.03450.15910.030.87090.2976-0.01830.59460.03820.467491.61669.132950.3572
82.2320.46090.79420.8075-0.12141.44690.11990.1858-0.3637-0.02430.08360.18340.24840.0209-0.21770.82680.28080.00430.54830.05840.595362.468370.313737.3141
93.8795-0.1733-0.2232.2777-0.23762.42920.0074-0.3416-0.00730.49170.18530.7043-0.142-0.5829-0.20040.81090.28170.13210.720.20930.650741.47189.887744.6938
103.0429-1.8151-0.22344.8760.75442.282-0.2236-0.04960.45110.44540.35350.6452-0.7549-0.7602-0.13520.94770.39640.15130.8730.20430.725833.5274114.125435.4922
116.4984-0.67620.21037.87421.59175.69620.32120.9215-0.3471-1.9719-0.3950.9252-0.0546-1.1720.06321.31360.1457-0.03621.2698-0.09111.041563.817159.0281117.7887
120.3796-0.20140.93650.0836-0.36331.31030.0346-0.378-0.0020.32060.09960.2903-0.1371-0.6373-0.1741.33890.18160.08560.897-0.01090.827467.79184.690880.257
131.10710.02350.24090.36670.43172.2956-0.15690.01820.09380.4120.22760.2459-0.76090.1774-0.06871.55810.4185-0.05620.56370.16770.66282.666495.466466.4462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9chain I
10X-RAY DIFFRACTION10chain J
11X-RAY DIFFRACTION11chain K
12X-RAY DIFFRACTION12chain L
13X-RAY DIFFRACTION13chain M

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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