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- PDB-4qxq: Crystal structure of hSTING(S162A/Q266I) in complex with DMXAA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qxq
タイトルCrystal structure of hSTING(S162A/Q266I) in complex with DMXAA
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / innate immunity / cGAMP Binding / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway ...STING complex / STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / serine/threonine protein kinase complex / protein localization to endoplasmic reticulum / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / proton channel activity / cyclic-di-GMP binding / pattern recognition receptor signaling pathway / cGAS/STING signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / reticulophagy / cellular response to exogenous dsRNA / cellular response to organic cyclic compound / protein complex oligomerization / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of macroautophagy / autophagosome membrane / autophagosome assembly / cellular response to interferon-beta / positive regulation of defense response to virus by host / signaling adaptor activity / activation of innate immune response / antiviral innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / secretory granule membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cytoplasmic vesicle membrane / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / peroxisome / regulation of inflammatory response / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #5200 / Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(5,6-dimethyl-9-oxo-9H-xanthen-4-yl)acetic acid / Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Gao, P. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Binding-Pocket and Lid-Region Substitutions Render Human STING Sensitive to the Species-Specific Drug DMXAA.
著者: Gao, P. / Zillinger, T. / Wang, W. / Ascano, M. / Dai, P. / Hartmann, G. / Tuschl, T. / Deng, L. / Barchet, W. / Patel, D.J.
履歴
登録2014年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6855
ポリマ－43,0242
非ポリマー6613
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.954, 147.954, 36.122
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Stimulator of interferon genes protein / hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / ...hSTING / Endoplasmic reticulum interferon stimulator / ERIS / Mediator of IRF3 activation / hMITA / Transmembrane protein 173


分子量: 21512.234 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 155-341) / 変異: S162A, H232R, Q266I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM173, ERIS, MITA, STING / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86WV6
#2: 化合物 ChemComp-1YE / (5,6-dimethyl-9-oxo-9H-xanthen-4-yl)acetic acid / 5,6-ジメチル-9-オキソ-9H-キサンテン-4-酢酸


分子量: 282.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.2 M Ca(Ac)2, 15% PEG3000, 0.01 M L-Proline, 0.1 M NaAc, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.55 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.55 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→128.132 Å / Num. all: 17687 / Num. obs: 17687 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
RAPDデータ削減
RAPDデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→50 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 900 5.09 %RANDOM
Rwork0.1826 ---
obs0.1849 17687 99.92 %-
all-17687 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2920 0 47 64 3031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6134116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5671134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.57170.38131510.32092749X-RAY DIFFRACTION100
2.5717-2.77030.29561240.25082785X-RAY DIFFRACTION100
2.7703-3.04910.25721630.21252762X-RAY DIFFRACTION100
3.0491-3.49040.23931520.17842768X-RAY DIFFRACTION100
3.4904-4.39750.18921570.15162807X-RAY DIFFRACTION100
4.3975-128.31180.20931530.16662916X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9722-1.1178-0.38221.33490.20161.75680.21280.9436-0.0733-0.3067-0.3874-0.1726-0.04680.16170.18830.25340.07350.07550.31030.08180.2519172.72147.3865-5.866
20.63280.9561-1.12381.455-1.70241.99660.22362.50990.48770.32430.4937-0.6010.40140.9611-0.3780.34330.06250.01450.7278-0.18840.9942190.798442.0205-3.5854
35.78951.5375-1.12853.3168-0.39834.01960.2141-1.2485-0.38780.49350.0116-0.06760.02210.3522-0.05480.2740.0404-0.0470.45440.07140.404170.708839.76537.4402
41.44670.34580.89447.9564-3.19192.3372-0.2837-0.09880.19040.63460.1878-0.8066-0.67480.1563-0.03330.4807-0.08330.00090.3883-0.00420.4005183.475640.920810.1738
52.4041-1.6704-0.65791.14610.40711.207-0.08710.22810.3173-0.0231-0.0117-0.3709-0.02170.0440.03480.2443-0.0185-0.0020.27040.02990.3434172.842446.4354.7085
64.67750.9648-3.43622.9261-1.51272.9523-0.3680.2443-0.47110.1364-0.057-0.30940.9835-0.66840.36250.3605-0.0224-0.07330.3488-0.05960.2887158.808737.12742.4555
75.8148-0.50640.32363.1473-1.42447.20830.51281.6665-0.3026-0.71580.08370.16670.4492-0.0973-0.34370.5190.064-0.09260.6208-0.06040.44170.256238.6578-7.1494
87.5278-3.5637-3.71981.6871.74989.81410.0458-2.027-1.43291.337-0.02391.79062.43610.3927-0.14441.2692-0.07440.10420.69240.26041.1103170.627627.341514.5534
99.0488-5.04522.04943.3618-2.39993.41680.23040.952-0.912-0.7421-0.49661.99281.4968-0.7976-0.12780.4443-0.014-0.06480.4647-0.040.6744178.503429.51172.0047
101.18151.2374-0.98985.4982-2.27451.28850.1075-0.04590.15790.277-0.1307-0.1873-0.25850.12170.04290.3109-0.005-0.03420.2744-0.0250.2894164.578368.61375.2563
111.57530.3661-0.3174.4695-0.10730.97590.0602-0.23720.04590.2045-0.0996-0.32660.0274-0.00580.06860.26750.0012-0.03090.34430.00410.2681159.742261.6690.7515
123.54630.1756-0.69826.1072-1.5252.9035-0.0905-0.1850.21650.21760.01140.3911-0.4021-0.26210.09310.30160.0023-0.02310.2782-0.0370.3329153.194871.0163.256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 154:185)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 186:197)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 198:211)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 212:224)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 225:280)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 281:300)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 301:314)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 315:324)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 325:335)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 154:224)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 225:300)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 301:335)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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