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万見
- PDB-4qxh: Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME1 with NOG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qxh
タイトルCrystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME1 with NOG
要素
  • (Lysine-specific demethylase ...) x 2
  • Histone H3.2
キーワードOxidoreductase/Structural Protein / cupin subfamily Fe(II)/2-OG dioxygenase / JmjC domain / Histone demethylase / Oxidoreductase-Structural Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Chromatin modifying enzymes / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / Interleukin-7 signaling / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / HDACs deacetylate histones / PRC2 methylates histones and DNA / HATs acetylate histones ...Chromatin modifying enzymes / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / Interleukin-7 signaling / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / HDACs deacetylate histones / PRC2 methylates histones and DNA / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / neuroepithelial cell differentiation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / unmethylated CpG binding / Estrogen-dependent gene expression / histone H3K36 demethylase activity / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / heart looping / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / epigenetic regulation of gene expression / neural tube closure / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / double-strand break repair via nonhomologous end joining / multicellular organism growth / neuron differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / in utero embryonic development / gene expression / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #250 / PHD-finger / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #250 / PHD-finger / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / F-box domain / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Helix non-globular / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Special / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-OXALYLGLYCINE / Lysine (K)-specific demethylase 2A / Lysine-specific demethylase 2A / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cheng, Z.J. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: A molecular threading mechanism underlies Jumonji lysine demethylase KDM2A regulation of methylated H3K36.
著者: Cheng, Z. / Cheung, P. / Kuo, A.J. / Yukl, E.T. / Wilmot, C.M. / Gozani, O. / Patel, D.J.
履歴
登録2014年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 2A
B: Lysine-specific demethylase 2A
C: Lysine-specific demethylase 2A
D: Lysine-specific demethylase 2A
E: Histone H3.2
F: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,85010
ポリマ－96,4386
非ポリマー4124
水7,152397
1
A: Lysine-specific demethylase 2A
B: Lysine-specific demethylase 2A
E: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4255
ポリマ－48,2193
非ポリマー2062
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA
2
C: Lysine-specific demethylase 2A
D: Lysine-specific demethylase 2A
F: Histone H3.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4255
ポリマ－48,2193
非ポリマー2062
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.594, 86.761, 171.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Lysine-specific demethylase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 2A / F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing ...F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing histone demethylation protein 1A / [Histone-H3]-lysine-36 demethylase 1A


分子量: 39031.324 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 36-364 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kdm2a, Fbxl11, Jhdm1a, Kiaa1004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F6YRW4, UniProt: P59997*PLUS, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: タンパク質 Lysine-specific demethylase 2A / F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing ...F-box and leucine-rich repeat protein 11 / F-box/LRR-repeat protein 11 / JmjC domain-containing histone demethylation protein 1A / [Histone-H3]-lysine-36 demethylase 1A


分子量: 7534.759 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 450-517 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kdm2a, Fbxl11, Jhdm1a, Kiaa1004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F6YRW4, UniProt: P59997*PLUS, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Histone H3.2


分子量: 1652.940 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-44 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: mono-methylated H3 peptide was synthesized / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P84228

-
非ポリマー , 3種, 401分子

#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.15 M CITRATE NA, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→85.43 Å / Num. all: 40070 / Num. obs: 38547 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.54 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.064
反射 シェル解像度: 2.2→2.38 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0093精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→85.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.356 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24324 2047 5 %RANDOM
Rwork0.18727 ---
obs0.1901 38547 96.14 %-
all-34863 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å2-0 Å2
2--4.17 Å2-0 Å2
3----3.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→85.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6711 0 22 397 7130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196935
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.9549399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838314948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4655821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77624.064342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.472151202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1691540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021642
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2223.4513272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2183.453271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.285.1644081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.743.753663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 144 -
Rwork0.325 2875 -
obs--98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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