[日本語] English
万見
- PDB-4qwc: Ternary Crystal Structures of a Y-family DNA polymerase DPO4 from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qwc
タイトルTernary Crystal Structures of a Y-family DNA polymerase DPO4 from Sulfobus Solfataricus in Comples with DNA and L-DCDP
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードTRANSFERASE/DNA / Y-FAMILY DNA POLYMERASE / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LTP / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Vyas, R. / Suo, Z.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural and kinetic insights into binding and incorporation of L-nucleotide analogs by a Y-family DNA polymerase.
著者: Gaur, V. / Vyas, R. / Fowler, J.D. / Efthimiopoulos, G. / Feng, J.Y. / Suo, Z.
履歴
登録2014年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 2.02022年4月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / entity_src_gen / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*C)-3')
D: DNA polymerase IV
E: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,52816
ポリマ－97,3766
非ポリマー1,15210
水3,153175
1
A: DNA polymerase IV
B: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2738
ポリマ－48,6883
非ポリマー5855
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase IV
E: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2548
ポリマ－48,6883
非ポリマー5665
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.440, 101.930, 105.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 39219.715 Da / 分子数: 2 / 断片: Dpo4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 3960.600 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量: 5507.565 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 185分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-LTP / 4-amino-1-{2-deoxy-5-O-[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]-beta-L-erythro-pentofuranosyl}pyrimidin-2(1H)-one


タイプ: DNA linking / 分子量: 387.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O10P2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% PEG 3350, 0.1 M HEPES (PH 7.0), 100MM CALCIUM ACETATE, 2.5% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射モノクロメーター: KOHZU HLD-4 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.22 Å / Num. obs: 41845 / % possible obs: 99.3 %
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.892 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FO3

4fo3
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→46.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 23.362 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.42 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27705 2110 5.1 %RANDOM
Rwork0.22728 ---
obs0.22983 39665 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.3 Å2-0 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5504 1108 101 175 6888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0186923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.8419543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.239314720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8355682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81623.689244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.791151130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.171548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1094.4532737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1094.4522735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5876.6713414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1735.1894186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 133 -
Rwork0.327 2906 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7577-0.7932-0.13040.9223-0.45881.31740.0408-0.36410.1075-0.1127-0.018-0.10820.04520.0142-0.02290.02910.00670.00960.220.02480.0344-1.8269-15.821511.9047
21.299-1.2165-0.45341.636-0.07461.67260.127-0.29890.0148-0.19550.0542-0.098-0.09560.0044-0.18120.040.02930.03990.26240.11140.0761-2.385-15.531-40.9103
31.1158-1.11380.05924.35113.47444.06260.2676-0.3293-0.1975-0.72140.1932-0.3633-0.4484-0.1191-0.46080.2726-0.05750.05280.14720.12170.2571-3.0463-30.61620.0622
43.1266-2.7443-3.46992.70813.52474.87580.4826-0.1442-0.0936-0.3991-0.0278-0.2921-0.3688-0.2378-0.45480.1911-0.0661-0.04770.21090.15460.4868-3.8771-31.1524-53.8453
51.14780.05410.35093.21970.82710.50720.1101-0.15280.00390.05-0.2421-0.34350.0978-0.17990.1320.23860.04620.08050.1175-0.03810.2607-6.1424-27.96320.8914
64.1892-3.4122-2.89236.09984.95694.1173-0.2677-0.6646-0.73130.197-0.12610.38360.0955-0.02470.39380.20450.06220.00580.27940.18710.1772-6.6616-27.9874-52.1415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 342
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 405
3X-RAY DIFFRACTION1A501 - 579
4X-RAY DIFFRACTION2D1 - 342
5X-RAY DIFFRACTION2D401 - 405
6X-RAY DIFFRACTION2D501 - 557
7X-RAY DIFFRACTION3B1 - 13
8X-RAY DIFFRACTION3B201 - 209
9X-RAY DIFFRACTION4E1 - 13
10X-RAY DIFFRACTION4E201 - 205
11X-RAY DIFFRACTION5C4 - 18
12X-RAY DIFFRACTION5A580
13X-RAY DIFFRACTION5C101 - 114
14X-RAY DIFFRACTION6F4 - 18
15X-RAY DIFFRACTION6F101 - 110

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る