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万見
- PDB-4quo: Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4quo
タイトルCrystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphinic dipeptide analogue LL-(R,S)-hPheP[CH2]Phe(3-CH2NH2)
要素Aminopeptidase N
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / M1 family aminopeptidase / metalloprotease / APN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane alanyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold ...Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold / Zincin-like - #30 / Zincin-like / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3DZ / IMIDAZOLE / Aminopeptidase N / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Nocek, B. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Vassiliou, S. / Berlicki, L. / Mucha, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-guided, single-point modifications in the phosphinic dipeptide structure yield highly potent and selective inhibitors of neutral aminopeptidases.
著者: Vassiliou, S. / Weglarz-Tomczak, E. / Berlicki, L. / Paweczak, M. / Nocek, B. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Mucha, A.
履歴
登録2014年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32020年5月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,94219
ポリマ－98,6971
非ポリマー2,24418
水18,7541041
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.707, 223.707, 57.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aminopeptidase N / Membrane alanyl aminopeptidase


分子量: 98697.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)
遺伝子: pepN, NMBH4476_0804, NMH_0477 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: E6MUM9, UniProt: Q9JYV4*PLUS, membrane alanyl aminopeptidase

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非ポリマー , 6種, 1059分子

#2: 化合物 ChemComp-3DZ / (2S)-2-[3-(aminomethyl)benzyl]-3-[(R)-[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]propanoic acid


分子量: 390.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N2O4P
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1041 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 129700 / Num. obs: 129700 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
CCP4モデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 2GTQ

2gtq


解像度: 1.65→27.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.942 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18188 5953 5.1 %RANDOM
Rwork0.14813 ---
all0.15 117723 --
obs0.14983 111770 90.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.16 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6847 0 134 1041 8022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0197264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0351.9829874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.938315691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0035897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63924.141355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.145151142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1781550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0218250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021724
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 151 -
Rwork0.196 3042 -
obs--33.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4082-0.0511-0.33870.4227-0.15640.5252-0.0280.0130.01990.02440.00050.0357-0.0252-0.08910.02750.02360.0092-0.00050.0674-0.0360.0551-64.92890.747-24.2494
20.3663-0.0699-0.02570.30880.1710.4123-0.02250.02070.0477-0.02930.00520.0029-0.0262-0.02540.01730.0175-0.00720.00310.0422-0.01170.0497-52.0082-1.4353-34.8512
30.1064-0.00980.02040.10640.0140.3539-0.0016-0.0025-0.00110.0105-0.0102-0.00370.0717-0.00740.01180.0321-0.01110.00810.0313-0.01350.0386-43.0889-21.1329-23.7448
41.3217-0.8683-0.26371.54490.54230.35460.0911-0.101-0.1590.1656-0.1890.00470.1964-0.11350.09790.2028-0.1010.03230.08550.01910.0957-37.9128-41.0859-0.7795
50.92420.21210.17560.2895-0.22260.39410.0457-0.0456-0.1537-0.0272-0.1162-0.10120.14440.06790.07050.1828-0.0220.02890.06740.02710.0756-26.6577-37.3057-4.8331
60.95960.11480.19450.6213-0.0851.30710.0259-0.115-0.12170.0487-0.0614-0.05350.28950.04950.03550.07980.02560.00980.06670.03890.0434-14.3109-27.8368-5.1552
71.5552-1.1347-1.55591.32471.33331.76880.0174-0.0994-0.03770.0627-0.09660.0490.07660.05020.07920.0439-0.01210.01770.08280.00680.0322-20.9582-15.364-0.6599
81.0742-0.24880.55930.0598-0.14290.63190.02630.0622-0.098-0.0106-0.0240.01590.15480.1364-0.00240.05960.04090.01460.0659-0.00150.0562-9.0201-21.7485-21.818
90.4193-0.0218-0.05120.50060.37010.57340.00330.04380.02620.00220.0103-0.0740.00030.0649-0.01360.0064-0.01380.0030.0496-0.00390.0562-16.795-3.4857-22.476
100.5998-0.09910.0950.2706-0.17030.830.0001-0.03210.00330.0121-0.01060.021-0.04430.01990.01050.026-0.0154-0.00190.0378-0.01390.0462-32.61250.3512-4.9772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2A86 - 194
3X-RAY DIFFRACTION3A195 - 444
4X-RAY DIFFRACTION4A445 - 519
5X-RAY DIFFRACTION5A520 - 560
6X-RAY DIFFRACTION6A561 - 611
7X-RAY DIFFRACTION7A612 - 639
8X-RAY DIFFRACTION8A640 - 699
9X-RAY DIFFRACTION9A700 - 780
10X-RAY DIFFRACTION10A781 - 867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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