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万見
- PDB-4quc: Crystal structure of chromodomain of Rhino -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4quc
タイトルCrystal structure of chromodomain of Rhino
要素RE36324p
キーワードPROTEIN BINDING / histone binding
機能・相同性
機能・相同性情報


piRNA transcription / positive regulation of piRNA transcription / Rhino-Deadlock-Cutoff Complex / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / chorion-containing eggshell pattern formation / piRNA processing / chromosome organization / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding ...piRNA transcription / positive regulation of piRNA transcription / Rhino-Deadlock-Cutoff Complex / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / chorion-containing eggshell pattern formation / piRNA processing / chromosome organization / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / transcription antitermination / heterochromatin formation / chromatin binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...: / : / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromo domain-containing protein rhino
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.502 Å
データ登録者Li, S. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Transgenerationally inherited piRNAs trigger piRNA biogenesis by changing the chromatin of piRNA clusters and inducing precursor processing.
著者: Le Thomas, A. / Stuwe, E. / Li, S. / Du, J. / Marinov, G. / Rozhkov, N. / Chen, Y.C. / Luo, Y. / Sachidanandam, R. / Toth, K.F. / Patel, D. / Aravin, A.A.
履歴
登録2014年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE36324p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8861
ポリマ－7,8861
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.480, 36.480, 76.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-125-

HOH

21A-126-

HOH

31A-129-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RE36324p / Rhino


分子量: 7885.945 Da / 分子数: 1 / 断片: chromodomain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG10683, Dmel_CG10683, rhi, rhino / プラスミド: pETsumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q7JXA8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Sodium nitrate and 20%(w/v) PEG3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.029 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 9886 / Num. obs: 9293 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 61.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 811 / Rsym value: 0.653 / % possible all: 85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KNE

1kne


解像度: 1.502→14.589 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2527 441 4.76 %RANDOM
Rwork0.2112 ---
all0.2131 9706 --
obs0.2131 9265 94.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.502→14.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数461 0 0 45 506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.252638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.451176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0867
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5023-1.71940.33131380.24392769X-RAY DIFFRACTION91
1.7194-2.16510.27731570.24962979X-RAY DIFFRACTION97
2.1651-14.59020.23871460.19963076X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9308-2.66851.567.91932.03982.98870.22530.5688-0.0844-0.1837-0.18380.2365-0.5466-0.46590.00140.40390.0945-0.03680.3222-0.00520.226-18.476.365612.5135
26.9603-2.21213.71754.1988-2.83725.5917-0.1568-0.30940.26820.2310.1242-0.2735-0.0496-0.49440.07220.25610.01520.00030.2792-0.06520.232-13.1573.539317.789
32.1529-1.7594-0.82316.51721.60326.8017-0.02520.4273-0.1821-0.48690.2266-0.643-0.36220.3781-0.13720.4070.00480.04740.332-0.1150.3384-7.887467.96535.866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 78 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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