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- PDB-4qtk: Complex of WOPR domain of Wor1 in Candida albicans with the 17bp dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qtk
タイトルComplex of WOPR domain of Wor1 in Candida albicans with the 17bp dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*T)-3')
  • White-opaque regulator 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Wor1 / WOPR domain / white-opaque switching / protein-DNA recognition / transcriptional regulation / DNA binding domain / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of phenotypic switching / parasexual reproduction with cellular fusion / regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / regulation of phenotypic switching / biological process involved in symbiotic interaction / mating / filamentous growth of a population of unicellular organisms / phenotypic switching / single-species biofilm formation on inanimate substrate / adhesion of symbiont to host ...positive regulation of phenotypic switching / parasexual reproduction with cellular fusion / regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / regulation of phenotypic switching / biological process involved in symbiotic interaction / mating / filamentous growth of a population of unicellular organisms / phenotypic switching / single-species biofilm formation on inanimate substrate / adhesion of symbiont to host / sequence-specific DNA binding / cell adhesion / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Gti1/Pac2 family / Gti1/Pac2 family
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / White-opaque regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans SC5314 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Zhang, S. / Zhang, T. / Ding, J.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the WOPR-DNA complex and implications for Wor1 function in white-opaque switching of Candida albicans.
著者: Zhang, S. / Zhang, T. / Yan, M. / Ding, J. / Chen, J.
履歴
登録2014年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: White-opaque regulator 1
B: White-opaque regulator 1
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4556
ポリマ－82,4556
非ポリマー00
水905
1
A: White-opaque regulator 1
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2283
ポリマ－41,2283
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
2
B: White-opaque regulator 1
E: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2283
ポリマ－41,2283
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.713, 49.910, 84.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.960, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 White-opaque regulator 1


分子量: 30818.729 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 6-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) / 遺伝子: WOR1, EAP2, TOS9, CaO19.12348, CaO19.4884 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q5AP80
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5193.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量: 5215.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.71 % / Mosaicity: 1.254 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.10M Bis-Tris, 0.2M ammonnuim sulfate, 20% PEG 3350, pH 5.7, temperature 289K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 12474 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.943 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3-3.117.40.45612531.14298.5
3.11-3.237.30.24112191.4297.4
3.23-3.387.20.17612451.67797.6
3.38-3.567.30.14112311.96798.6
3.56-3.787.30.13212582.09898.4
3.78-4.077.30.11912372.29198.3
4.07-4.487.20.10212682.38998.7
4.48-5.137.10.0912461.81498.3
5.13-6.467.20.08312542.15996.4
6.46-5070.09312632.49894.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
REFMAC5.7.0029精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.99→38.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 22.974 / SU ML: 0.415 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.469 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2711 609 4.9 %RANDOM
Rwork0.2209 ---
obs0.2232 12453 96.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 207.4 Å2 / Biso mean: 84.634 Å2 / Biso min: 40.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.96 Å2-0 Å25.43 Å2
2---2.42 Å20 Å2
3----6.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→38.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2351 1382 0 5 3738
LS精密化 シェル解像度: 2.994→3.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 38 -
Rwork0.33 786 -
all-824 -
obs--87.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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