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- PDB-4qsd: Crystal structure of atu4361 sugar transporter from Agrobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qsd
タイトルCrystal structure of atu4361 sugar transporter from Agrobacterium Fabrum C58, target efi-510558, with bound sucrose
要素ABC-TYPE SUGAR TRANSPORTER
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / ABC-TYPE / MALTOSE / SUCROSE ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / STRUCTURAL GENOMICS / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / ABC transporter, substrate binding protein (Sugar)
類似検索 - 構成要素
生物種AGROBACTERIUM FABRUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Maltoside Transporter Atu4361 from Agrobacterium Fabrum, Target Efi-510558
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 2.02020年4月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC-TYPE SUGAR TRANSPORTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0314
ポリマ－45,0041
非ポリマー1,0273
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.025, 76.564, 67.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ABC-TYPE SUGAR TRANSPORTER


分子量: 45003.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AGROBACTERIUM FABRUM (バクテリア)
株: C58 / 遺伝子: ATU4361 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9CGI0
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.09 CRYSTALLIZATION CONDITIONS, PROTEIN: 10 MM BIS-TRIS, 500 MM NACL, 5% GLYCEROL, 5 MM DTT, TEV PROTEASE (1:100 RATIO); RESERVOIR: 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5, 30% PEG400; CRYOPROTECTION: ...詳細: 2.09 CRYSTALLIZATION CONDITIONS, PROTEIN: 10 MM BIS-TRIS, 500 MM NACL, 5% GLYCEROL, 5 MM DTT, TEV PROTEASE (1:100 RATIO); RESERVOIR: 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5, 30% PEG400; CRYOPROTECTION: RESERVOIR PLUS 200MM SUCROSE; VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月5日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 80477 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 52.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QSC

4qsc


解像度: 1.34→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.625 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.151 2317 2.9 %RANDOM
Rwork0.121 ---
obs0.122 78001 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20.05 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2965 0 69 491 3525
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.023179
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9361.9854343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04437007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0565399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95825.263133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17915529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4611511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1950.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4982.6611545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4842.6581544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5534.4931934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5644.4961935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3473.0741634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3473.0741634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.994.9872401
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.14211.1024128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.14211.1014128
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.12236194
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.17580
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.73256524
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 165 -
Rwork0.178 4880 -
obs--83.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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