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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qqb | ||||||
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タイトル | Structural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regulatory complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANLATION/RNA / RNA binding domains / RNA recognition motif / RRM / cold shock domain / CSD / RNA binding / translation regulation / dosage compensation / TRANSCRIPTION-RNA complex / TRANLATION-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / dosage compensation complex assembly / protein-RNA adaptor activity ...sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / dosage compensation complex assembly / protein-RNA adaptor activity / regulation of stem cell division / sex determination / negative regulation of RNA export from nucleus / poly-pyrimidine tract binding / RISC complex binding / sex-chromosome dosage compensation / sex differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / poly(A) binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / pre-mRNA binding / reciprocal meiotic recombination / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / poly(U) RNA binding / lncRNA binding / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / oogenesis / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / cell differentiation / protein stabilization / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hennig, J. / Popowicz, G.M. / Sattler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Structural basis for the assembly of the Sxl-Unr translation regulatory complex. 著者: Hennig, J. / Militti, C. / Popowicz, G.M. / Wang, I. / Sonntag, M. / Geerlof, A. / Gabel, F. / Gebauer, F. / Sattler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qqb.cif.gz | 124.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qqb.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qqb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1b7fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | monomeric complex of three different entities (heterotrimer) |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5712.380 Da / 分子数: 2 / 断片: site F 18-mer / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic RNA (purchased from IBA) #2: タンパク質 | 分子量: 19797.510 Da / 分子数: 2 / 断片: RRM1-RRM2, UNP residues 122-294 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Sxl, Sx1, CG43770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19339 #3: タンパク質 | 分子量: 8205.391 Da / 分子数: 2 / 断片: CSD1, UNP residues 185-252 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Unr, CG7015, Dmel_CG7015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VSK3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.23 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 36389 / Num. obs: 36315 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1B7F 解像度: 2.8→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 13.59 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 99.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
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