PDB-4qq7: Crystal Structure of Putative stringent starvation protein A from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qq7

タイトル

Crystal Structure of Putative stringent starvation protein A from Burkholderia cenocepacia with bound glutathione

要素

Putative stringent starvation protein A

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Glutaredoxin / Glutathione S-transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Putative stringent starvation protein A from Burkholderia cenocepacia with bound glutathione
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2014年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qq7.cif.gz	180.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qq7.ent.gz	144.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qq7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4qq7_validation.pdf.gz	955.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qq7_full_validation.pdf.gz	947.8 KB	表示
XML形式データ	4qq7_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	4qq7_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qq7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hojS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kbg-2 3mxi-d 6uwp-1 3kmx-2 2z8k-1 5zjg-2 5h4e-d 2giy-d 4rvd-d 3u6a-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.17888.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Putative stringent starvation protein A

B: Putative stringent starvation protein A

ヘテロ分子

49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.700, 95.200, 110.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid
2	1	chain B and segid

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: _ / Label seq-ID: 4

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A and segid	A	A
2	chain B and segid	B	B

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative stringent starvation protein A 分子量: 24039.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAL0331 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E6Q3
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 糖	ChemComp-GLO / D-glucose / D-GLUCOSE IN LINEAR FORM / グルコ-スタイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.76 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus(F5): 10% PEG-20,000, 20% PEG-MME-550, 0.1M MOPS/HEPES-Na, pH7.5, 0.02M each D-glucose, D-galactose, D-mannose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月23日

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 32307 / Num. obs: 32156 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 36.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.85

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.2-2.26		0.554	2.76	1	99.7
2.26-2.32		0.457	3.28	1	99.5
2.32-2.39		0.377	3.97	1	99.7
2.39-2.46		0.325	4.49	1	99.6
2.46-2.54		0.263	5.45	1	99.6
2.54-2.63		0.219	6.29	1	99.8
2.63-2.73		0.195	6.45	1	99.8
2.73-2.84		0.159	7.47	1	99.8
2.84-2.97		0.127	9.23	1	100
2.97-3.11		0.106	11.05	1	99.9
3.11-3.28		0.073	16.5	1	99.8
3.28-3.48		0.056	22.59	1	99.7
3.48-3.72		0.042	29.49	1	99.4
3.72-4.02		0.035	33.56	1	99.1
4.02-4.4		0.031	38.37	1	99.2
4.4-4.92		0.028	43.2	1	99.1
4.92-5.68		0.025	41.01	1	99.6
5.68-6.96		0.023	40.93	1	99.8
6.96-9.84		0.017	50.58	1	98.9
	9.84	0.015	54.76	1	92.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.2 Å	47.85 Å
Translation	2.2 Å	47.85 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	dev_1702	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
JDirector		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HOJ

4hoj

解像度: 2.2→19.7 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2201	1549	4.84 %
R_work	0.1824	-	-
obs	0.1842	32035	99.61 %
all	-	33584	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.9045 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3202	0	60	114	3376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3358
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	4552
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.733	1260
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	591

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1780	X-RAY DIFFRACTION	3.526	TORSIONAL
1	2	B	1780	X-RAY DIFFRACTION	3.526	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2709	0.301	153	0.2706	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2709-2.352	0.2689	124	0.2341	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.352-2.446	0.2335	133	0.2163	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.446-2.5571	0.3015	136	0.2134	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5571-2.6916	0.2333	122	0.2182	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6916-2.8598	0.3166	138	0.219	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8598-3.0798	0.2723	149	0.2103	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0798-3.3883	0.223	135	0.2026	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3883-3.8754	0.2058	133	0.1672	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8754-4.8703	0.172	150	0.1388	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8703-19.7003	0.1902	176	0.1542	2895	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5127	1.681	-3.2715	2.2958	-3.4205	5.193	0.2198	-0.0672	-0.0302	0.5364	-0.0937	0.5456	0.1434	-0.3827	-0.0952	0.2976	-0.0167	-0.0194	0.3736	-0.0075	0.2354	19.8242	64.5819	18.3581
2	3.1246	0.0896	1.0218	3.6452	0.1409	4.4782	0.1143	-0.3813	-0.1649	0.4573	-0.1452	0.2844	0.4347	-0.3077	0.0585	0.2636	-0.01	0.0373	0.2738	0.0385	0.2372	23.5202	60.7894	15.8682
3	4.3805	1.2286	1.2972	9.0781	7.7757	8.7163	0.0014	0.349	0.1891	-0.4953	-0.1815	-0.3391	0.0611	0.7359	0.2247	0.4365	0.0974	-0.0005	0.356	0.1258	0.3633	39.5214	58.4767	5.7897
4	7.1388	0.5877	2.6692	6.578	-1.4578	6.0013	0.2685	-1.1532	0.0126	1.0361	-0.1506	-0.2537	0.0856	-0.0003	-0.1871	0.3869	-0.0241	-0.0891	0.5552	0.027	0.3003	38.1063	72.0457	21.2019
5	4.5228	0.3035	1.8607	3.566	1.0141	2.0251	0.1332	-0.5032	0.2736	0.4578	-0.0734	-0.485	0.0768	0.4555	-0.1602	0.2797	-0.0537	-0.0728	0.3691	0.05	0.4072	43.8819	76.0749	12.3749
6	8.4895	5.3033	-5.8319	8.3246	-5.5657	4.7653	-0.4682	0.7416	-0.0992	-0.7345	0.5703	0.2777	0.2636	-0.3182	-0.1392	0.283	-0.0097	-0.0266	0.3765	0.0231	0.2767	33.0855	67.0025	-4.2617
7	3.4785	1.0254	-0.3373	3.0735	0.4427	2.2741	0.0686	0.0575	0.3947	0.0048	-0.018	-0.0116	-0.1642	0.0962	-0.0453	0.1796	0.0252	0.0012	0.2343	0.0364	0.2058	34.4817	76.3944	5.7589
8	4.9269	-3.2794	-1.0717	5.6746	3.0709	3.0752	-0.0922	-0.2092	0.5162	0.0057	0.0002	0.2123	-0.8854	-0.2035	0.1706	0.2645	0.0066	-0.0207	0.2066	0.0001	0.2571	22.4972	76.9702	9.1557
9	2.5619	0.3821	0.2429	5.659	-0.4919	2.9004	-0.0755	0.0036	-0.5096	-0.696	-0.204	-1.2666	0.1628	0.5718	0.247	0.5695	0.1763	0.1918	0.5758	0.2545	0.8071	51.8478	45.6613	7.527
10	7.4452	2.5369	-1.3392	4.2426	-0.1872	3.0063	-0.1439	0.3038	-0.4439	-1.0183	-0.104	-0.481	0.3617	0.1864	0.2418	0.571	0.1719	0.0792	0.3428	0.1427	0.4429	40.3959	46.1681	5.1718
11	6.288	3.3461	5.1809	5.6181	3.1247	4.2996	0.2844	-0.3853	-0.2377	0.3748	-0.5077	0.088	0.2835	0.0279	0.1961	0.4593	-0.0193	-0.0089	0.4018	0.122	0.4402	32.6483	50.0275	18.7076
12	1.7645	-0.9673	2.0754	2.3283	-0.313	3.709	0.3016	-0.6613	-0.0932	0.5888	-0.7396	-0.6834	0.3022	0.0643	0.3475	0.5878	-0.113	-0.063	0.5733	0.3048	0.601	43.6262	43.0999	27.2079
13	0.7961	-0.3504	-0.2395	1.106	-0.2789	0.6761	0.0064	-0.1524	-0.1882	-0.02	-0.291	-0.4178	0.3122	0.5193	-0.0519	0.6487	0.2241	-0.0315	0.5925	0.4996	1.0664	51.7616	34.1302	18.0215

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 113 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114 through 139 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 140 through 150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 151 through 185 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 186 through 203 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid -1 through 51 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 52 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 84 through 100 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 101 through 185 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 186 through 202 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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