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万見
- PDB-4qpj: 2.7 Angstrom Structure of a Phosphotransferase in Complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qpj
タイトル2.7 Angstrom Structure of a Phosphotransferase in Complex with a Receiver Domain
要素
  • Cell cycle response regulator CtrA
  • Phosphotransferase
キーワードSIGNALING PROTEIN/DNA BINDING PROTEIN / ChpT-CtrA complex / Hpt / RR / Response Regulator / ChpT / CtrA / Histidine kinase / Histidine kinase like / catalytic domain / ATP-binding / Phosphotransferase / SIGNALING PROTEIN-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他のキナーゼ / peptidyl-aspartic acid modification / phosphorelay signal transduction system / protein kinase activity / phosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine phosphotransferase ChpT, C-terminal / Histidine phosphotransferase C-terminal domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...Histidine phosphotransferase ChpT, C-terminal / Histidine phosphotransferase C-terminal domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell cycle response regulator CtrA / Protein phosphotransferase ChpT
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.742 Å
データ登録者Willett, J.W. / Herrou, J. / Crosson, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural asymmetry in a conserved signaling system that regulates division, replication, and virulence of an intracellular pathogen.
著者: Willett, J.W. / Herrou, J. / Briegel, A. / Rotskoff, G. / Crosson, S.
履歴
登録2014年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphotransferase
B: Phosphotransferase
C: Cell cycle response regulator CtrA
D: Cell cycle response regulator CtrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,14315
ポリマ－85,4804
非ポリマー66311
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9190 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area27370 Å2
手法PISA
2
A: Phosphotransferase
C: Cell cycle response regulator CtrA
ヘテロ分子

B: Phosphotransferase
D: Cell cycle response regulator CtrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,14315
ポリマ－85,4804
非ポリマー66311
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,x,-z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.951, 124.951, 136.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Phosphotransferase


分子量: 25868.529 Da / 分子数: 2 / 断片: ChpT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1613, BruAb1_1585 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q2YQA5
#2: タンパク質 Cell cycle response regulator CtrA


分子量: 16871.406 Da / 分子数: 2 / 断片: CtrA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1614, BruAb1_1586, ctrA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q2YQA4

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非ポリマー , 6種, 34分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE PROVIDED IS DIFFERENT THAN WHAT IS FOUND IN THE SEQUENCING DATABASE. AUTHORS HAVE ...THE SEQUENCE PROVIDED IS DIFFERENT THAN WHAT IS FOUND IN THE SEQUENCING DATABASE. AUTHORS HAVE SEQUENCED THIS GENE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, 8% (w/v) PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.742→17.879 Å / Num. all: 32553 / Num. obs: 32553 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェルNum. unique all: 32553

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1678)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.742→17.879 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 2007 6.17 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1781 32485 99.79 %-
all-32553 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.742→17.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5017 0 36 23 5076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2186930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0011925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006894
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7418-2.81010.29811400.23342095X-RAY DIFFRACTION97
2.8101-2.88580.31961410.23042165X-RAY DIFFRACTION100
2.8858-2.97030.28411400.22992164X-RAY DIFFRACTION100
2.9703-3.06570.22321370.21422152X-RAY DIFFRACTION100
3.0657-3.17470.26811440.21762164X-RAY DIFFRACTION100
3.1747-3.30110.29551450.2152154X-RAY DIFFRACTION100
3.3011-3.45030.29021440.2112167X-RAY DIFFRACTION100
3.4503-3.63080.22811430.20382193X-RAY DIFFRACTION100
3.6308-3.85610.2641400.19372165X-RAY DIFFRACTION100
3.8561-4.15040.20861400.17362187X-RAY DIFFRACTION100
4.1504-4.56180.19051450.15122201X-RAY DIFFRACTION100
4.5618-5.20750.18031480.1422210X-RAY DIFFRACTION100
5.2075-6.50790.22651490.18442221X-RAY DIFFRACTION100
6.5079-17.87970.17231510.13272308X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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