PDB-4qpd: Crystal structure of the hydrolase domain of 10-formyltetrahydrof...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qpd

タイトル

Crystal structure of the hydrolase domain of 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase (wild-type) complex with tetrahydrofolate

要素

10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 10-Formyltetrahydrofolate dehydrogenase / hydrolase domain / catalysis

機能・相同性

機能・相同性情報

neuromast deposition / Metabolism of folate and pterines / formyltetrahydrofolate dehydrogenase / formyltetrahydrofolate dehydrogenase activity / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / embryonic viscerocranium morphogenesis / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / neural crest cell migration / biosynthetic process / gastrulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lin, C.C. / Chen, C.J. / Fu, T.F. / Chuankhayan, P. / Kao, T.T. / Chang, W.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structures of the hydrolase domain of zebrafish 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase and its complexes reveal a complete set of key residues for hydrolysis and product inhibition.
著者: Lin, C.C. / Chuankhayan, P. / Chang, W.N. / Kao, T.T. / Guan, H.H. / Fun, H.K. / Nakagawa, A. / Fu, T.F. / Chen, C.J.

履歴

登録	2014年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qpd.cif.gz	262.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qpd.ent.gz	213.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qpd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4qpd_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qpd_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4qpd_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	4qpd_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/4qpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/4qpd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qpcC 4r8vC 4ts4C 4tt8C 4ttsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yev-1 2rg8-d 3tdz-2 1n4m-2 3o0m-d 4ell-1 3tdz-1 6sge-1 4tt8-d 4uf1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase

B: 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.501, 100.415, 122.519
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase 分子量: 35456.438 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-311 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: aldh1l1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E3NZ06, formyltetrahydrofolate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-THG / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / (6S)-テトラヒドロ葉酸分子量: 445.429 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₇O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1~0.2M Bis-Tris, pH 5.5, 25~29%(w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 39592 / Num. obs: 39592 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.373 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	1986	5.03 %
R_work	0.1852	-	-
obs	0.1876	39492	98.69 %
all	-	39592	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4830	0	110	432	5372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	6847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.761	1893
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	891

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1001-2.1526	0.2771	115	0.2267	2295	86
2.1526-2.2108	0.2786	131	0.2152	2595	97
2.2108-2.2759	0.2893	144	0.2204	2694	100
2.2759-2.3493	0.2362	153	0.2007	2641	100
2.3493-2.4332	0.2682	146	0.1923	2679	100
2.4332-2.5306	0.2315	141	0.1897	2690	100
2.5306-2.6457	0.2672	147	0.2026	2684	100
2.6457-2.7851	0.2381	131	0.1941	2715	100
2.7851-2.9594	0.2911	154	0.2045	2670	100
2.9594-3.1877	0.2658	154	0.1958	2711	100
3.1877-3.508	0.2169	140	0.1896	2721	100
3.508-4.0145	0.1974	138	0.1642	2751	100
4.0145-5.0536	0.1906	146	0.1493	2775	100
5.0536-29.3759	0.2104	146	0.1838	2885	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.974	-0.0118	0.2248	1.8819	-0.023	1.9695	-0.1204	-0.1314	0.4237	0.1401	-0.1297	-0.4106	-0.2307	0.4018	0.1864	0.1821	-0.0178	-0.0707	0.2459	0.016	0.3221	32.337	13.2738	51.4423
2	1.4761	-1.2373	0.3138	3.3577	-0.3227	0.6009	0.0529	0.0631	0.0285	-0.2628	-0.0031	0.0328	-0.0563	0.0156	-0.0476	0.1472	-0.0037	0.0052	0.1259	0.0007	0.0969	12.2278	14.1478	43.6906
3	0.7627	-0.9165	0.1135	5.9354	0.6667	5.5831	-0.0763	-0.0329	0.2391	0.1195	-0.1037	0.2152	-0.685	-0.3125	0.1124	0.2865	0.0224	-0.0191	0.176	0.0076	0.2192	0.2518	38.8271	43.1933
4	2.9183	0.021	-0.0359	2.4913	0.5614	2.7956	-0.0338	0.093	-0.459	-0.2561	-0.0617	-0.3421	0.4568	0.3435	0.1156	0.2229	0.0455	0.0864	0.2561	0.0019	0.2481	58.2702	31.7908	3.681
5	1.9982	-0.0553	-0.0785	1.0372	0.2547	1.0791	0.0215	-0.3276	-0.1981	0.0994	-0.1928	-0.4609	0.1108	0.6024	0.1416	0.1423	-0.0334	-0.0173	0.3894	0.094	0.2983	61.8132	37.9154	15.319
6	1.2028	0.7653	-0.2654	2.3	-0.4874	0.7086	0.0937	-0.0717	-0.0227	0.0472	-0.0423	0.0548	0.0232	0.0508	-0.0444	0.1241	-0.0224	-0.0116	0.142	0.006	0.1174	39.6498	34.898	16.3705
7	4.7039	5.7279	0.2587	8.8282	0.4909	0.8985	-0.0955	0.2757	0.3043	-0.271	0.265	0.3806	-0.0818	-0.0567	-0.1525	0.1999	-0.0112	0.0064	0.1423	0.0259	0.1361	45.729	42.1914	4.8505
8	1.5319	1.1011	-0.6636	2.9751	-0.5958	0.8545	0.0239	-0.2463	-0.2356	0.2393	-0.1015	-0.2005	0.1292	0.0785	0.0777	0.1716	-0.0006	-0.0239	0.1791	0.0403	0.143	38.5786	25.2885	22.265
9	0.5513	1.4689	-1.0302	4.6598	-1.4511	4.1494	-0.1371	0.1638	-0.2109	-0.2639	0.1163	0.6438	0.4597	-0.6199	0.074	0.2439	-0.0531	-0.0048	0.2695	-0.0047	0.3585	23.4186	9.727	20.6594
10	3.4205	-0.1921	-0.5278	4.3425	0.6911	4.9211	0.0146	0.312	-0.319	-0.5978	-0.0884	0.0353	0.5082	-0.0861	0.0832	0.2987	-0.0242	0.0236	0.1985	0.0163	0.2449	27.0026	8.4112	16.8103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 227 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 228 through 308 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 59 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 60 through 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 107 through 167 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 168 through 184 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 185 through 239 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 240 through 270 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 271 through 308 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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