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- PDB-4qnr: CRYSTAL STRUCTURE OF PSPF(1-265) E108Q MUTANT bound to ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qnr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PSPF(1-265) E108Q MUTANT bound to ATP
要素Psp operon transcriptional activator
キーワードTRANSCRIPTION / AAA domain / Transcriptional activator for the phage shock protein (psp) operon (pspABCDE) and pspG gene / BACTERIAL SIGMA54 ACTIVATOR / ATP Binding / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to stress / DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription ...regulation of cellular response to stress / DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription activator PspF / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family ...Transcription activator PspF / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Psp operon transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.539 Å
データ登録者Darbari, V.C. / Lawton, E. / Lu, D. / Burrows, P.C. / Wiesler, S. / Joly, N. / Zhang, N. / Zhang, X. / Buck, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Molecular basis of nucleotide-dependent substrate engagement and remodeling by an AAA+ activator.
著者: Darbari, V.C. / Lawton, E. / Lu, D. / Burrows, P.C. / Wiesler, S. / Joly, N. / Zhang, N. / Zhang, X. / Buck, M.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Psp operon transcriptional activator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9406
ポリマ－29,9861
非ポリマー9545
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.555, 113.555, 39.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Psp operon transcriptional activator / Phage shock protein F


分子量: 29986.307 Da / 分子数: 1 / 断片: Phage Shock protein F AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265 / 変異: E108Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1303, JW1296, pspF, ycjB / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P37344

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非ポリマー , 5種, 218分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM Bis-Tris pH 8.0, 12-16% MPD, 2M Ammonium formate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月11日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection数: 426813 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.12 / D res high: 1.54 Å / Num. obs: 84394 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
3.254.56573310.033
2.663.25740710.04
2.32.66878010.048
2.062.3996310.066
1.882.061098010.114
1.741.881197710.219
1.631.741281910.402
1.541.631348810.645
反射解像度: 1.539→28.4 Å / Num. all: 43512 / Num. obs: 43434 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 4.46 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 21.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.05184 / Χ2: 1.119 / Net I/σ(I): 23.88
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.54-1.630.6452.5166357134881348898.8
1.63-1.740.4024.26664341281912819100
1.74-1.880.2197.23590141197711977100
1.88-2.060.11413.27577221098010980100
2.06-2.30.06621.07505899963996399.9
2.3-2.660.04828.684479887808780100
2.66-3.250.0435.59372577407740799.9
3.25-4.560.03341.66283815733573399.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.04 Å28.39 Å
Translation6.04 Å28.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
xia2データ削減
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
GDAデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BJW

2bjw


解像度: 1.539→28.389 Å / FOM work R set: 0.9101 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1785 2182 5.02 %RANDOM
Rwork0.1473 ---
all0.1489 43512 --
obs0.1489 43434 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.44 Å2 / Biso mean: 29.32 Å2 / Biso min: 12.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.539→28.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1898 0 59 213 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0142766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.208771
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.5387-1.57220.26631330.201125152648251598
1.5722-1.60880.25471400.1689253926792539100
1.6088-1.6490.20621250.1418258727122587100
1.649-1.69360.20271260.1309255826842558100
1.6936-1.74340.15071290.1274256826972568100
1.7434-1.79970.17651470.1228256227092562100
1.7997-1.8640.1691240.1271255526792555100
1.864-1.93860.16971410.1266257227132572100
1.9386-2.02680.18021160.1272258727032587100
2.0268-2.13360.17951370.1271258727242587100
2.1336-2.26720.15011270.1247259827252598100
2.2672-2.44220.17951580.1366255127092551100
2.4422-2.68780.1851440.1414257827222578100
2.6878-3.07630.18091590.1476259427532594100
3.0763-3.87430.14831540.147258527392585100
3.8743-28.39360.20221220.1731271628382716100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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