PDB-4qnl: Crystal structure of tail fiber protein gp63.1 from E. coli phage G7C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qnl

タイトル

Crystal structure of tail fiber protein gp63.1 from E. coli phage G7C

要素

Tail fiber protein

キーワード

HYDROLASE / tail fiber / G7C phage / hydrolase-type esterase / SGNH hydrolase-type esterase domain (IPR013831) / Adsorption of the phage on bacterial host / bacterial LPS digestion / tail fiber protein gp66 / selenomethionine derivative / distal end of the baseplate

機能・相同性

機能・相同性情報

Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #80 / NE0471 N-terminal domain-like - #50 / NE0471 N-terminal domain-like / Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Ribbon / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia phage vB_EcoP_G7C (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.411 Å

データ登録者

Riccio, C. / Browning, C. / Prokhorov, N. / Letarov, A. / Leiman, P.G.

引用

ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Function of bacteriophage G7C esterase tailspike in host cell adsorption.
著者: Prokhorov, N.S. / Riccio, C. / Zdorovenko, E.L. / Shneider, M.M. / Browning, C. / Knirel, Y.A. / Leiman, P.G. / Letarov, A.V.

履歴

登録	2014年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月4日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4qnl.ent.gz	286.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4qnl_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qnl_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	4qnl_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	4qnl_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qnl	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2ifn-1 1ql1-1 1hh0-1 1ifp-1 1hgv-1 2xkm-1 4aq5-d 0227 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail fiber protein

ヘテロ分子

95.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tail fiber protein

ヘテロ分子

A: Tail fiber protein

ヘテロ分子

A: Tail fiber protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
287 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.773, 92.773, 551.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-906- ZN
2	1	A-1110- HOH
3	1	A-1185- HOH
4	1	A-1250- HOH
5	1	A-1264- HOH
6	1	A-1328- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Tail fiber protein 分子量: 94838.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage vB_EcoP_G7C (ファージ) 遺伝子: 63.1, gp63.1 / プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: G0XNW5

-
非ポリマー , 6種, 341分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 150 mM Ammonium Sulphate, 34% PEE 797, 100 mM Bis-Tris pH 5.5; 1.5 ul protein @ 14.3 mg/ml + 1.5 ul well solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97969 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月4日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97969 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→92 Å / Num. all: 67757 / Num. obs: 67757 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 57.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.41→2.56 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 10495 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1647)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.411→64.959 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: FREE R / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2207	1790	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1594	-	-	-
obs	0.1624	67728	99.03 %	-
all	-	67757	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.411→64.959 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6509	0	39	330	6878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.801	9173
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.366	2413
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	1000
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1188

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4114-2.4459	0.3136	113	0.2812	2214	X-RAY DIFFRACTION	79
2.4459-2.4824	0.3504	140	0.2415	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4824-2.5212	0.298	140	0.2262	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5212-2.5625	0.2962	138	0.2201	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5625-2.6067	0.2376	139	0.2129	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6067-2.6541	0.3135	143	0.2091	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6541-2.7051	0.2952	141	0.2099	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7051-2.7603	0.2837	141	0.1956	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7603-2.8204	0.2673	142	0.1976	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8204-2.886	0.3079	143	0.2017	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.9581	0.2838	141	0.2025	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9581-3.0381	0.296	145	0.2078	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0381-3.1275	0.2351	140	0.2017	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1275-3.2285	0.2529	143	0.1841	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2285-3.3439	0.2598	145	0.1829	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3439-3.4777	0.2275	137	0.1637	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4777-3.636	0.2242	143	0.1628	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.636-3.8277	0.1899	146	0.1317	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8277-4.0675	0.1987	141	0.1279	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0675-4.3814	0.1657	143	0.1123	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3814-4.8222	0.1653	145	0.1129	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8222-5.5197	0.1866	143	0.1242	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5197-6.953	0.1808	137	0.1514	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
6.953-64.9826	0.2027	146	0.1517	2720	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.643	0.1327	-0.0769	0.4529	0.1777	0.5616	0.002	-0.085	0.0167	-0.022	0.0159	-0.1244	-0.1966	0.054	-0.0001	0.5846	-0.0066	0.0028	0.5418	-0.0235	0.5792	1.5346	13.2901	206.1886
2	0.7391	0.0972	0.1436	0.5763	-0.0361	0.9319	-0.0396	-0.035	-0.0619	-0.0181	0.0487	-0.1483	-0.0449	0.148	-0	0.3914	-0.0082	-0.0025	0.412	-0.0273	0.4174	23.628	7.9332	155.4441
3	0.2103	-0.0171	0.1249	0.0028	-0.0156	0.0922	0.1524	0.0409	-0.1946	0.098	0.0281	0.126	0.1747	-0.1164	0.0002	0.4792	0.0186	-0.0634	0.5182	-0.0189	0.5418	19.8351	-5.4725	154.1412
4	0.0655	0.041	0.0401	0.0581	0.0031	0.0394	0.0429	0.1544	-0.2245	-0.0918	0.1338	-0.1156	0.0866	-0.0293	0.0004	0.471	-0.0155	-0.0155	0.5314	-0.0335	0.4618	16.5879	-6.7044	143.0855
5	0.4931	-0.0581	0.0497	0.3702	-0.2618	0.8072	0.0442	0.0752	0.0092	-0.0316	0.0505	-0.0781	-0.0426	0.1098	-0	0.516	-0.0257	0.0584	0.4889	-0.0121	0.4426	14.0152	13.7361	121.7362
6	0.8531	0.1878	-0.5096	0.6644	-0.058	0.8155	0.0872	0.156	0.0192	-0.0526	0.0367	0.0234	-0.0167	-0.0538	-0.0001	0.5975	0.0257	0.0609	0.6023	0.0708	0.477	0.1932	17.9884	91.9583
7	0.0229	0.003	0.0011	0.0198	-0.0061	0.0026	-0.2892	-0.2122	-0.0285	-0.1398	0.1504	0.0965	0.0832	0.0937	0.0015	0.8899	-0.0959	0.0413	1.1404	-0.231	0.8591	20.4343	11.6152	82.5129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 13:162)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 163:380)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 381:405)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 406:430)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 431:679)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 680:852)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 853:859)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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