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- PDB-4qly: Crystal structure of CLA-ER, a novel enone reductase catalyzing a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qly
タイトルCrystal structure of CLA-ER, a novel enone reductase catalyzing a key step of a gut-bacterial fatty acid saturation metabolism, biohydrogenation
要素Enone reductase CLA-ER
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADH oxidase/flavin reductase family / enone reductase / FMN
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.005 Å
データ登録者Hou, F. / Miyakawa, T. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Structure and reaction mechanism of a novel enone reductase.
著者: Hou, F. / Miyakawa, T. / Kitamura, N. / Takeuchi, M. / Park, S.B. / Kishino, S. / Ogawa, J. / Tanokura, M.
履歴
登録2014年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enone reductase CLA-ER
B: Enone reductase CLA-ER
C: Enone reductase CLA-ER
D: Enone reductase CLA-ER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6298
ポリマ－97,8034
非ポリマー1,8254
水6,449358
1
A: Enone reductase CLA-ER
B: Enone reductase CLA-ER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8144
ポリマ－48,9022
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
2
C: Enone reductase CLA-ER
D: Enone reductase CLA-ER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8144
ポリマ－48,9022
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.710, 60.913, 72.561
Angle α, β, γ (deg.)85.57, 98.92, 111.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Enone reductase CLA-ER


分子量: 24450.818 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
株: AKU 1009a / 遺伝子: cla-er / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U6C5W9
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Bis-Tris, 21%(w/v) PEG monomethyl ether 5000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 50917 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.83 % / Biso Wilson estimate: 25.35 Å2 / Net I/σ(I): 17.52
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 2.28 % / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KQB

1kqb


解像度: 2.005→19.895 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1989 3.91 %
Rwork0.1729 48912 -
obs0.175 50901 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.01 Å2 / Biso mean: 32.2559 Å2 / Biso min: 12.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.005→19.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6624 0 124 358 7106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0419404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7292488
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0053-2.05540.3371300.28073152328288
2.0554-2.11090.28291410.23193462360397
2.1109-2.1730.26811360.21043544368097
2.173-2.2430.33171410.19753457359897
2.243-2.32310.25641500.19153487363797
2.3231-2.41590.26031440.18253510365497
2.4159-2.52570.26231430.18743518366198
2.5257-2.65850.25271390.18813497363698
2.6585-2.82470.25641490.18353507365698
2.8247-3.04210.27781390.1833568370798
3.0421-3.34690.2291500.17533536368699
3.3469-3.82820.20041380.15563563370199
3.8282-4.81180.15781460.13743542368899
4.8118-19.89630.18521430.15193569371299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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