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- PDB-6qd5: X-ray Structure of the Human Urea Channel SLC14A1/UT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qd5
タイトルX-ray Structure of the Human Urea Channel SLC14A1/UT1
要素Urea transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / urea / SLC / transport / integral membrane protein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


urea channel activity / water transmembrane transporter activity / urea transport / Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / urea transmembrane transporter activity / urea transmembrane transport / establishment of localization in cell / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Urea transporter / Urea transporter / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Urea transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Dietz, L. / Chi, G. / Pike, A.C.W. / Moreau, C. / Man, H. / Snee, M. / Scacioc, A. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Mckinley, G. ...Dietz, L. / Chi, G. / Pike, A.C.W. / Moreau, C. / Man, H. / Snee, M. / Scacioc, A. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Mckinley, G. / Ellis, K. / Kliszcak, M. / Chalk, R. / Borkowska, O. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Durr, K.L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助1件
組織認可番号国
European Commission115766
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray Structure of the Human Urea Channel SLC14A1/UT1
著者: Dietz, L. / Chi, G. / Pike, A.C.W. / Moreau, C. / Man, H. / Snee, M. / Scacioc, A. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Mckinley, G. / Ellis, K. / Kliszcak, M. / Chalk, R. / Borkowska, O. ...著者: Dietz, L. / Chi, G. / Pike, A.C.W. / Moreau, C. / Man, H. / Snee, M. / Scacioc, A. / Shrestha, L. / Mukhopadhyay, S.M.M. / Mckinley, G. / Ellis, K. / Kliszcak, M. / Chalk, R. / Borkowska, O. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Durr, K.L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2018年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urea transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,09911
ポリマ－40,1771
非ポリマー2,92210
水1,27971
1
A: Urea transporter 1
ヘテロ分子

A: Urea transporter 1
ヘテロ分子

A: Urea transporter 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,29833
ポリマ－120,5323
非ポリマー8,76530
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-y+2,x-y,z1
crystal symmetry operation3_775-x+y+2,-x+2,z1
Buried area16820 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area39630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.331, 112.331, 87.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Urea transporter 1 / Solute carrier family 14 member 1 / Urea transporter / erythrocyte


分子量: 40177.410 Da / 分子数: 1 / 変異: N211Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC14A1, HUT11, JK, RACH1, UT1, UTE / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13336
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 36% PEG400 -- 0.1M tris pH 8.5 -- 0.05M lithium sulfate -- 0.05M sodium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.398→47.335 Å / Num. obs: 24788 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 50.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.04728 / Net I/av σ(I): 9.15 / Net I/σ(I): 9.02
反射 シェル解像度: 2.398→2.484 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 2434 / CC1/2: 0.475 / Rpim(I) all: 0.6137 / % possible all: 98.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EZC

4ezc


解像度: 2.398→47.335 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 1165 4.7 %
Rwork0.1754 --
obs0.1777 24762 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.398→47.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2702 0 201 71 2974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0464055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3641734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007464
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3977-2.50690.31731520.26852880X-RAY DIFFRACTION99
2.5069-2.6390.26551350.22282951X-RAY DIFFRACTION100
2.639-2.80430.27761260.18592953X-RAY DIFFRACTION100
2.8043-3.02080.21461550.16232942X-RAY DIFFRACTION100
3.0208-3.32480.20521690.15832907X-RAY DIFFRACTION100
3.3248-3.80570.2041420.152971X-RAY DIFFRACTION100
3.8057-4.7940.21211410.15442967X-RAY DIFFRACTION100
4.794-47.34410.22831450.19393026X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 133.7854 Å / Origin y: 61.1717 Å / Origin z: -1.3724 Å
111213212223313233
T0.2466 Å20.0217 Å2-0.0092 Å2-0.4557 Å2-0.05 Å2--0.3337 Å2
L2.3788 °2-0.1709 °2-0.1208 °2-3.1428 °2-0.1413 °2--1.8226 °2
S0.0266 Å °-0.0122 Å °-0.0571 Å °-0.0104 Å °0.0167 Å °-0.5005 Å °0.0509 Å °0.4758 Å °-0.0499 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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