PDB-4qko: The Crystal Structure of the Pyocin S2 Nuclease Domain, Immunity ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qko

タイトル

The Crystal Structure of the Pyocin S2 Nuclease Domain, Immunity Protein Complex at 1.8 Angstroms

要素

Pyocin-S2
Pyocin-S2 immunity protein

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / HNH Nuclease Domain / Colicin Nuclease Immunity Protein Complex / Bacteriocin / Bacterial Cytotoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

bacteriocin immunity / cytolysis / toxic substance binding / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / signaling receptor binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Grinter, R. / Josts, I. / Roszak, A.W. / Cogdell, C.J. / Walker, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Insights into pyocin S2
著者: Grinter, R. / Josts, I. / McCaughey, L.C. / Roszak, A.W. / Walen, K.I. / Kelly, S. / Byron, O. / Walker, D.

履歴

登録	2014年6月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qko.cif.gz	365.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qko.ent.gz	298.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qko.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qko_validation.pdf.gz	478.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qko_full_validation.pdf.gz	486.1 KB	表示
XML形式データ	4qko_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	4qko_validation.cif.gz	62.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/4qko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/4qko	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u43S 7cei S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gyk-2 2gzj-2 1fr2-d 2gzj-1 2gyk-1 3lte-7 5tuj-d 7kjo-d 2vlg-2 1znv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyocin-S2 immunity protein

B: Pyocin-S2

C: Pyocin-S2 immunity protein

D: Pyocin-S2

E: Pyocin-S2 immunity protein

F: Pyocin-S2

G: Pyocin-S2 immunity protein

H: Pyocin-S2

ヘテロ分子

105 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyocin-S2 immunity protein

B: Pyocin-S2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Pyocin-S2 immunity protein

D: Pyocin-S2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Pyocin-S2 immunity protein

F: Pyocin-S2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Pyocin-S2 immunity protein

H: Pyocin-S2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.390, 114.420, 120.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pyocin-S2 immunity protein 分子量: 11127.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: imm2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q06579
#2: タンパク質	Pyocin-S2 / Killer protein 分子量: 14517.398 Da / 分子数: 4 Fragment: Nuclease Domain, C-terminal fragement residues 556-689 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: pys2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 参照: UniProt: Q06584, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物	... ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium Bromide, 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris propane, 0.1% chymotrypsin, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月30日
放射	モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→82.88 Å / Num. all: 83310 / Num. obs: 83310 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 33.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4379 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
EDNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U43

3u43

解像度: 1.8→82.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 6.209 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.3 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21514	4150	5 %	RANDOM
R_work	0.17155	-	-	-
all	0.17372	83310	-	-
obs	0.17372	79092	98.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.45 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→82.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6856	0	39	815	7710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	7155
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.773	1.951	9657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3	15809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.96	5	895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.183	24.064	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.688	15	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.315	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	8198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.991	2	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.989	2	3543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.967	2.975	4436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.967	2.976	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.963	2.395	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.963	2.396	3612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.666	3.403	5217
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.682	17.719	9121
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.452	16.968	8779
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	304	-
R_work	0.239	5628	-
obs	-	-	96.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1069	-0.3609	0.0329	2.1807	-0.3002	0.1671	-0.0734	-0.0073	-0.0244	0.1459	0.0922	0.0088	-0.0436	-0.0329	-0.0189	0.0639	0.0083	0.0253	0.0181	0.0029	0.0597	16.1476	117.0068	26.7827
2	0.2276	0.0772	-0.0903	0.9438	0.1041	0.0623	0.0187	0.0015	0.0059	0.0003	-0.0057	-0.0157	-0.0116	0.0088	-0.013	0.0393	0.0048	-0.011	0.0232	-0.0004	0.0558	-3.8409	92.866	0.2323
3	0.0132	-0.1058	0.0469	1.724	-0.1189	0.389	-0.0099	-0.0015	-0.0226	0.1158	0.0429	0.1402	-0.0794	0.0182	-0.033	0.0498	0.0056	0.0355	0.0043	0.012	0.0759	31.6242	131.0213	-1.9459
4	0.3027	0.0125	-0.1915	2.6114	0.3488	0.1897	-0.0141	0.002	0.107	-0.1017	0.0972	0.0825	0.0203	0.0248	-0.0831	0.0475	0.0172	-0.0308	0.0155	-0.0035	0.0735	-17.3162	112.4859	31.7042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	556 - 686
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	2 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	556 - 686
5	X-RAY DIFFRACTION	3	E	2 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	3	F	556 - 686
7	X-RAY DIFFRACTION	4	G	2 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	4	H	556 - 686

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関連情報:EMDBヘッダ

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