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- PDB-4qjf: X-ray crystal structure of Thermocuccus kodakarensis RNA polymera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qjf
タイトルX-ray crystal structure of Thermocuccus kodakarensis RNA polymerase Rpp4/Rpo7 (RpoF/RpoE) complex
要素
  • DNA-directed RNA polymerase, subunit E'
  • DNA-directed RNA polymerase, subunit F
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Helix Hairpins / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / S1 domain profile. ...Helix Hairpins - #10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / HRDC domain / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / Helix Hairpins / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / S1 domain profile. / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Nucleic acid-binding proteins / S1 domain / Dna Ligase; domain 1 / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.312 Å
データ登録者Murakami, K.S.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of euryarchaeal RNA polymerase and insight into the evolution of RNA polymerase II structure
著者: Murakami, K.S.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase, subunit E'
B: DNA-directed RNA polymerase, subunit F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4132
ポリマ－36,4132
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.465, 80.942, 97.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit E'


分子量: 21893.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: Rpo7, TK1699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JIY4
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase, subunit F


分子量: 14519.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: Rpo4, TK0901 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JI52
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M NaAcetate and 30 % glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 0.9714 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月12日
放射モノクロメーター: na / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13248 / Num. obs: 12575 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Crystalclearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1626)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.312→25.794 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2608 673 5.08 %5%
Rwork0.1928 ---
obs0.1963 12575 86.63 %-
all-84450 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.312→25.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2527 0 0 137 2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2123462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2641019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006449
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3115-2.48990.34431350.24852391X-RAY DIFFRACTION84
2.4899-2.74020.29091330.22042837X-RAY DIFFRACTION99
2.7402-3.13610.30481690.21232858X-RAY DIFFRACTION100
3.1361-3.94890.3045910.211655X-RAY DIFFRACTION90
3.9489-25.79580.18861450.15262833X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4785-0.0474-0.49330.13630.52051.10190.0420.0754-0.0168-0.0752-0-0.0533-0.3278-0.16760.01750.15730.0139-0.00580.11950.01170.0843-2.92097.2343-42.8383
2-0.0154-0.03890.34160.1088-0.22220.21020.0598-0.1146-0.09520.0294-0.10310.0320.18910.0963-00.19130.0055-0.0260.23390.03730.184310.1436-1.6345-9.7129
30.0312-0.17570.03170.1301-0.08470.22330.080.0840.0106-0.0672-0.1002-0.05990.09260.1163-0.0020.14620.00010.0020.2297-0.01630.20379.24275.4715-24.8502
40.0131-0.0196-0.0490.1479-0.10570.03750.0387-0.36610.19990.2061-0.05460.0948-0.2577-0.04630.00020.2093-0.10290.01250.3609-0.05220.20971.564910.0426-2.7188
50.1817-0.43250.03170.72370.41960.7341-0.06890.03310.0826-0.7709-0.1570.7448-0.2941-0.1132-0.03970.2776-0.0503-0.05940.15760.00190.1692-6.779210.8168-35.1162
60.37890.23510.33190.33460.03650.62250.24990.4104-0.1393-0.779-0.11630.17630.28030.5234-0.03970.4162-0.0038-0.16760.07810.00530.3092-9.8396-5.1268-42.1997
7-0.1423-0.4097-0.14021.224-0.56060.2804-0.1140.05110.02770.11180.1520.1478-0.0806-0.0780.00540.14090.022-0.00160.109-0.01330.1761-6.57917.0277-17.8647
80.05090.0106-0.10880.02080.03630.57450.3278-0.1145-0.2601-0.39290.36740.3304-0.44040.36660.00430.24630.00060.02160.40760.140.4631-17.891711.8984-12.4735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 93 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 140 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 164 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 165 through 186 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 26 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 27 through 38 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 39 through 116 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 117 through 122 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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