+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qih | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of mycobacterial glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase Rv2419c complexes with VO3 | ||||||
要素 | Glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / glycosyl-3-phosphoglycerate / glycolysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, W.H. / Zheng, Q.Q. / Jiang, D.Q. / Zhang, W. / Zhang, Q.Q. / Jin, J. / Li, X. / Yang, H.T. / Shaw, N. / Rao, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014 タイトル: Mechanism of dephosphorylation of glucosyl-3-phosphoglycerate by a histidine phosphatase 著者: Zheng, Q. / Jiang, D. / Zhang, W. / Zhang, Q. / Zhao, Q. / Jin, J. / Li, X. / Yang, H. / Bartlam, M. / Shaw, N. / Zhou, W. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qih.cif.gz | 159.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4qih.ent.gz | 127.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qih.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qih_validation.pdf.gz | 446.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4qih_full_validation.pdf.gz | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qih_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qih_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qih | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24204.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: gpgP, MT2492, Rv2419c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P9WIC6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素, mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES sodium pH7.5, 10% 2-propanol, 20% w/v polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.03935 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月1日 詳細: Double crystal Monochromator with Si (111) numerical link type. Mirror 1: colli mating, Rh-coated silicon single crystal, flat shaped. Mirror 2: focusing, Rh-co ated silicon single crystal, Toroidal.roidal. |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, direct water cooling using micro-channel (1st crystal), indirect water cooling (2nd crystal) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.299→50 Å / Num. all: 23222 / Num. obs: 22409 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 46 |
反射 シェル | 解像度: 2.299→2.34 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 1128 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PZ9 解像度: 2.299→35.008 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.299→35.008 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
|