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- PDB-4qhh: Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii tetrameric selecase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qhh
タイトルCrystal structure of Methanocaldococcus jannaschii tetrameric selecase
要素Uncharacterized protein MJ1213
キーワードHYDROLASE / Minigluzincin / Proteolytic enzyme
機能・相同性Peptidase M56 / BlaR1 peptidase M56 / Uncharacterized protein MJ1213
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lopez-pelegrin, M. / Cerda-costa, N. / Cintas-pedrola, A. / Herranz-trillo, F. / Bernado, P. / Peinado, J.R. / Arolas, J.L. / Gomis-ruth, F.X.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Multiple stable conformations account for reversible concentration-dependent oligomerization and autoinhibition of a metamorphic metallopeptidase
著者: Lopez-Pelegrin, M. / Cerda-Costa, N. / Cintas-Pedrola, A. / Herranz-Trillo, F. / Bernado, P. / Peinado, J.R. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2014年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ1213
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5607
ポリマ－13,1041
非ポリマー4576
水181
1
A: Uncharacterized protein MJ1213
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein MJ1213
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein MJ1213
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein MJ1213
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,24128
ポリマ－52,4144
非ポリマー1,82724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+4/31
Buried area9300 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.220, 102.220, 59.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

NA

21A-301-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein MJ1213


分子量: 13103.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1213 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58610
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 18-24%(w/v) polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.3 Å / Num. all: 3962 / Num. obs: 3962 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 114.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 3→49.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 32.4 / Num. unique all: 3962 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Dimeric selecase

解像度: 3→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9392 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8915 / SU R Cruickshank DPI: 1.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 489 12.37 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.2 3952 --
obs0.2 3952 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 126.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.8234 Å20 Å20 Å2
2--26.8234 Å20 Å2
3----53.6468 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.697 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数906 0 26 1 933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01940HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.131255HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d467SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes27HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes122HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it940HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion127SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1031SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.16 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 489 13.53 %
Rwork0.2 927 -
all0.2519 1072 -
obs-3952 99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1636-0.3128-1.46153.4880.98767.7343-0.03520.9011-0.527-0.85260.3221-0.32491.16290.1913-0.28680.08060.1096-0.02570.1115-0.1648-0.033427.745932.001124.2303
29.88412.0365-4.8844.2673-1.05390.76530.1276-0.5554-0.33430.6676-0.4263-0.27850.03320.26860.2987-0.15920.03070.12690.41170.0487-0.037346.11540.427833.3638
32.5547-2.23030.89610.0619-1.34350-0.15170.08090.19480.2012-0.083-0.3288-0.63420.34360.2347-0.0611-0.10780.14480.04810.00130.218538.912457.281537.4806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|76 A|201 - A|201 }A2 - 76
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|76 A|201 - A|201 }A201
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|77 - A|93 }A77 - 93
4X-RAY DIFFRACTION3{ A|94 - A|109 }A94 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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