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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qgo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NucA from Streptococcus agalactiae with no metal bound | ||||||
![]() | DNA-entry nuclease (Competence-specific nuclease) | ||||||
![]() | HYDROLASE / Beta beta alpha / nuclease | ||||||
機能・相同性 | Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pedersen, L.C. / Moon, A.F. / Gaudu, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of the virulence factor nuclease A from Streptococcus agalactiae. 著者: Moon, A.F. / Gaudu, P. / Pedersen, L.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25239.607 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 変異: H148A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SAIL_8320 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate and 0.2M NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日 |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 74966 / Num. obs: 74966 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 10.18 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.26 / % possible all: 91.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3OWA 解像度: 1.5→30.555 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 17.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.555 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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