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万見
- PDB-7cka: The structure of Glycine max (Soybean) Heme oxygenase 1 -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cka
タイトルThe structure of Glycine max (Soybean) Heme oxygenase 1
要素Heme oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / photosynthesis / chloroplast / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase (decyclizing), plant / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxygenase (biliverdin-producing)
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Tohda, R. / Tanaka, H. / Kurisu, G.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06560 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of higher plant heme oxygenase-1 and its mechanism of interaction with ferredoxin.
著者: Tohda, R. / Tanaka, H. / Mutoh, R. / Zhang, X. / Lee, Y.H. / Konuma, T. / Ikegami, T. / Migita, C.T. / Kurisu, G.
履歴
登録2020年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9303
ポリマ－26,1221
非ポリマー8092
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.748, 45.649, 72.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 1


分子量: 26121.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: HO1 / プラスミド: pMW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q94FX1, UniProt: I1JW65*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: 60 mM Citric acid, 40 mM BIS-TRIS propane / pH 4.1, 16% w/v Polyethylene glycol 3350, 3.2%Dimethyl sulfoxide

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→37.05 Å / Num. obs: 107574 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.81 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9.78
反射 シェル解像度: 1.06→1.13 Å / 冗長度: 2.64 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 17057 / CC1/2: 0.752 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSMar 15, 2019データ削減
XDSMar 15, 2019データスケーリング
PHASER1.13位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.06→37.05 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1729 --
Rwork0.1594 --
obs-103110 97.1 %
原子変位パラメータBiso max: 109.02 Å2 / Biso min: 7.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→37.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1702 0 56 197 1955

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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