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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qfh | ||||||
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タイトル | Structure of a glucose-6-phosphate isomerase from Trypanosoma cruzi | ||||||
![]() | Glucose-6-phosphate isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / SSGCID / glucose-6-phosphate isomerase / Trypanosoma cruzi / Human American trypanosomiasis / Chagas disease / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a glucose-6-phosphate isomerase from Trypanosoma cruzi 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Lucaks, C. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 502.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 410.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2o2cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69480.062 Da / 分子数: 2 / 断片: TrcrA.17127.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506529.508, TcC31.19 / プラスミド: TrcrA.17127.a.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O61113, UniProt: Q4E5N1*PLUS, glucose-6-phosphate isomerase #2: 糖 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus screen, a8: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD; 30mM of each MgCl2, CaCl2; 0.1 M MOPS/HEPES-Na, TrcrA.17127.a.B1.PS01519 at 25.0 mg/ml with 2.5mM glucose-6- ...詳細: Morpheus screen, a8: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD; 30mM of each MgCl2, CaCl2; 0.1 M MOPS/HEPES-Na, TrcrA.17127.a.B1.PS01519 at 25.0 mg/ml with 2.5mM glucose-6-phosphate; tray 251762a8, puck rjo4-3; cryo: direct, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 109888 / Num. obs: 108344 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.86 % / Biso Wilson estimate: 16.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 13.67 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2o2c 解像度: 1.8→29.191 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: isotropic TLS / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6434 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.191 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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