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- PDB-2fhj: Crystal structure of formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fhj
タイトルCrystal structure of formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase in complex with its coenzymes
要素(Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / tetrahydromethanopterin / methanofuran / C1 metabolism / formyltransferase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase / formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / one-carbon metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #520 / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, C-terminal / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, N-terminal / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, ferredoxin-like superfamily / Formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin formyltransferase / FTR, proximal lobe / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H4Z / : / Chem-MFN / Chem-PE3 / Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Acharya, P. / Warkentin, E. / Thauer, R.K. / Shima, S. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The structure of formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase in complex with its coenzymes
著者: Acharya, P. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Thauer, R.K. / Shima, S.
履歴
登録2005年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
B: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
C: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
D: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,84131
ポリマ－126,7624
非ポリマー7,07927
水8,125451
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27880 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area35730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.000, 74.150, 103.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
12C
22D
32C
42D
52C
62D
72C
82D
92C
102D
112C
122D
132C
142D
152C
162D
172C
182D
192C
202D
212C
222D
232C
242D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETASNASN2AA1 - 41 - 4
211METMETASNASN2BB1 - 41 - 4
321GLYGLYPROPRO1AA5 - 635 - 63
421GLYGLYPROPRO1BB5 - 635 - 63
531GLUGLUGLYGLY1AA65 - 12865 - 128
631GLUGLUGLYGLY1BB65 - 12865 - 128
741GLYGLYALAALA1AA130 - 208130 - 208
841GLYGLYALAALA1BB130 - 208130 - 208
951ASNASNPHEPHE1AA234 - 296234 - 296
1051ASNASNPHEPHE1BB234 - 296234 - 296
1161ALAALATHRTHR1AA226 - 230226 - 230
1261ALAALATHRTHR1BB226 - 230226 - 230
112METMETASNASN5CC1 - 41 - 4
212METMETASNASN5DD1 - 41 - 4
322GLYGLYALAALA1CC5 - 335 - 33
422GLYGLYALAALA1DD5 - 335 - 33
532ILEILEILEILE1CC35 - 4835 - 48
632ILEILEILEILE1DD35 - 4835 - 48
742CYSCYSGLUGLU1CC50 - 6450 - 64
842CYSCYSGLUGLU1DD50 - 6450 - 64
952THRTHRMETMET1CC66 - 10966 - 109
1052THRTHRMETMET1DD66 - 10966 - 109
1162LYSLYSGLYGLY1CC114 - 121114 - 121
1262LYSLYSGLYGLY1DD114 - 121114 - 121
1372LYSLYSGLUGLU1CC123 - 136123 - 136
1472LYSLYSGLUGLU1DD123 - 136123 - 136
1582GLYGLYALAALA1CC139 - 208139 - 208
1682GLYGLYALAALA1DD139 - 208139 - 208
1792LEULEUILEILE1CC236 - 264236 - 264
1892LEULEUILEILE1DD236 - 264236 - 264
19102ALAALAGLYGLY1CC266 - 279266 - 279
20102ALAALAGLYGLY1DD266 - 279266 - 279
21112ILEILEPHEPHE2CC290 - 296290 - 296
22112ILEILEPHEPHE2DD290 - 296290 - 296
23122ALAALATHRTHR1CC226 - 230226 - 230
24122ALAALATHRTHR1DD226 - 230226 - 230

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase / E.C.2.3.1.101 / H4MPT formyltransferase


分子量: 31686.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: FTR / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q49610, formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase
#2: タンパク質 Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase / E.C.2.3.1.101 / H4MPT formyltransferase


分子量: 31702.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS D 58 hydroxylated / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: FTR / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q49610, formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 478分子

#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-MFN / N-[4,5,7-TRICARBOXYHEPTANOYL]-L-GAMMA-GLUTAMYL-N-{2-[4-({5-[(FORMYLAMINO)METHYL]-3-FURYL}METHOXY)PHENYL]ETHYL}-D-GLUTAMINE


分子量: 776.741 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H44N4O16
#5: 化合物 ChemComp-H4Z / 5-(4-{[1-(2-AMINO-5-FORMYL-7-METHYL-4-OXO-3,4,5,6,7,8-HEXAHYDROPTERIDIN-6-YL)ETHYL]AMINO}PHENYL)-5-DEOXY-1-O-{5-O-[(1,3-DICARBOXYPROPOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]PENTOFURANOSYL}PENTITOL


分子量: 804.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H45N6O17P
#6: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12-18 % PEG 8000, 20 % glycerol, 0.5 M KCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月14日
放射モノクロメーター: Si111 or Si311 crystals, LN2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→104 Å / Num. all: 77164 / Num. obs: 75995 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 7.93
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Num. unique all: 9923 / Num. unique obs: 9923 / Rsym value: 0.413 / % possible all: 91.7

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.351 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.667
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
XSCALEデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1FTR

1ftr


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.699 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3870 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.221 75995 --
obs0.221 75995 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.712 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.91 Å20 Å21.84 Å2
2---2.9 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8950 0 417 451 9818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0229551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.028170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.613212901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.77319127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3115.0171211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.87626.02407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.148151455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4271524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.22393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.29060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.24756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.25479
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1810.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1361.55944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3711.52475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85629507
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4543.53656
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.22353390
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3724TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A28MEDIUM POSITIONAL0.060.5
1A3724TIGHT THERMAL0.080.5
1A28MEDIUM THERMAL0.192
2C3279TIGHT POSITIONAL0.040.05
2C97MEDIUM POSITIONAL0.060.5
2C33LOOSE POSITIONAL0.085
2C3279TIGHT THERMAL0.10.5
2C97MEDIUM THERMAL0.322
2C33LOOSE THERMAL1.0910
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 289 -
Rwork0.34 5228 -
obs-5517 94.57 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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