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- PDB-4qev: Crystal structure of BRD2(BD2) mutant with ligand ME bound (METHY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qev
タイトルCrystal structure of BRD2(BD2) mutant with ligand ME bound (METHYL (2R)- 2-[(4S)-6-(4-CHLOROPHENYL)-8-METHOXY-1-METHYL-4H-[1,2,4]TRIAZOLO[4,3-A][1, 4]BENZODIAZEPIN-4-YL]PROPANOATE)
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードtranscription/transcription inhibitor / Bromodomain-containing protein 2 / KIAA9001 / RING3 / Transcription regulation / transcription-transcription inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-31O / NICKEL (II) ION / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tallant, C. / Baud, M. / Lin-Shiao, E. / Chirgadze, D.Y. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Chemical biology. A bump-and-hole approach to engineer controlled selectivity of BET bromodomain chemical probes.
著者: Baud, M.G. / Lin-Shiao, E. / Cardote, T. / Tallant, C. / Pschibul, A. / Chan, K.H. / Zengerle, M. / Garcia, J.R. / Kwan, T.T. / Ferguson, F.M. / Ciulli, A.
履歴
登録2014年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3235
ポリマ－13,3331
非ポリマー9904
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,64710
ポリマ－26,6672
非ポリマー1,9808
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
3
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子

A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,64710
ポリマ－26,6672
非ポリマー1,9808
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.516, 71.468, 32.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

NI

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 13333.330 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 344-455 / 変異: L383A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIC cloning / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / プラスミド: pNIC28-Bsa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P25440

-
非ポリマー , 5種, 73分子

#2: 化合物 ChemComp-31O / methyl (2R)-2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]propanoate


分子量: 424.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21ClN4O3
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Hepes, 0.2M Imidazole, 41% PEG400, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.1 Å / Num. all: 11758 / Num. obs: 11157 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value
1.8-1.833.720.46193.065660.2843
1.9-1.944.530.33573.915670.2442
2.03-2.084.990.21835.545510.1745
2.21-2.285.540.15588.045830.1142
2.58-2.727.390.11813.715900.0634
3.47-49.380.089523.755880.0389
7.86-328.760.062226.981780.0383

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2DVV

2dvv


解像度: 1.8→32.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 5.542 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22614 557 4.8 %RANDOM
Rwork0.18715 ---
obs0.18902 11157 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.444 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数907 0 59 69 1035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191006
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4792.0071352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7693.0062187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.925113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39623.450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27715169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.431157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02237
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 35 -
Rwork0.273 765 -
obs--95.01 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 62.5781 Å / Origin y: 2.8319 Å / Origin z: 64.935 Å
111213212223313233
T0.0008 Å20 Å2-0.0027 Å2-0.0014 Å2-0.0008 Å2--0.0443 Å2
L0.3721 °2-0.1065 °20.0518 °2-0.8665 °2-0.1488 °2--0.0871 °2
S0.0044 Å °-0.009 Å °0.0087 Å °-0.0098 Å °0.0115 Å °-0.0149 Å °0.0076 Å °0.0023 Å °-0.0159 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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