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- PDB-4qda: Crystal structure of mutant Thioesterase PA1618 (E64A) from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qda
タイトルCrystal structure of mutant Thioesterase PA1618 (E64A) from Pseudomonas aeruginosa
要素Thioesterase PA1618
キーワードHYDROLASE / Hotdog Fold / Thioesterase / Coenzyme A / acyl carrier protein / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative esterase PA1618
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.299 Å
データ登録者Ji, T. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Design and Use of an Ester Analog of CoA to Trap the Michaelis Complex in a Thioesterase
著者: Latham, J.A. / Ji, T. / Matthews, K. / Allen, K.N. / Dunaway-Mariano, D.
履歴
登録2014年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase PA1618
B: Thioesterase PA1618
C: Thioesterase PA1618
D: Thioesterase PA1618
E: Thioesterase PA1618
F: Thioesterase PA1618


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4136
ポリマ－99,4136
非ポリマー00
水4,288238
1
A: Thioesterase PA1618

A: Thioesterase PA1618


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1382
ポリマ－33,1382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area2390 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13050 Å2
手法PISA
2
B: Thioesterase PA1618

B: Thioesterase PA1618


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1382
ポリマ－33,1382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area2510 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12770 Å2
手法PISA
3
C: Thioesterase PA1618
D: Thioesterase PA1618


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1382
ポリマ－33,1382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
4
E: Thioesterase PA1618
F: Thioesterase PA1618


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1382
ポリマ－33,1382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.723, 202.605, 91.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Thioesterase PA1618


分子量: 16568.777 Da / 分子数: 6 / 変異: E64A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA1618 / プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9I3A4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40% PEG200, 0.1 M Sodium Acetate Trihydrate, 8 mM beta-mercaptoethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→101.3 Å / Num. obs: 40635 / % possible obs: 97.57 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.299→67.93 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 33.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 1996 4.92 %random
Rwork0.2199 ---
obs0.2224 40576 97.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.299→67.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6186 0 0 238 6424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086420
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1038718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7912304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051128
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2987-2.35620.31571410.2592755X-RAY DIFFRACTION99
2.3562-2.41990.29781430.24312787X-RAY DIFFRACTION99
2.4199-2.49110.31661420.22832742X-RAY DIFFRACTION99
2.4911-2.57150.31841420.22592744X-RAY DIFFRACTION98
2.5715-2.66340.31371410.23052718X-RAY DIFFRACTION97
2.6634-2.77010.30121410.23752741X-RAY DIFFRACTION97
2.7701-2.89620.33331400.23862689X-RAY DIFFRACTION95
2.8962-3.04890.27161380.23472672X-RAY DIFFRACTION96
3.0489-3.23990.25961400.2282700X-RAY DIFFRACTION96
3.2399-3.490.2611450.2142785X-RAY DIFFRACTION98
3.49-3.84120.26411460.19842811X-RAY DIFFRACTION98
3.8412-4.39690.23091420.19562760X-RAY DIFFRACTION97
4.3969-5.53930.22761450.1992813X-RAY DIFFRACTION98
5.5393-67.95990.30951500.25332863X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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