PDB-4qbo: VRR_NUC domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qbo

タイトル

VRR_NUC domain

要素

Nuclease

キーワード

HYDROLASE / nuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus phage P9 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Smerdon, S.J. / Pennell, S. / Li, J.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: FAN1 activity on asymmetric repair intermediates is mediated by an atypical monomeric virus-type replication-repair nuclease domain.
著者: Pennell, S. / Declais, A.C. / Li, J. / Haire, L.F. / Berg, W. / Saldanha, J.W. / Taylor, I.A. / Rouse, J. / Lilley, D.M. / Smerdon, S.J.

履歴

登録	2014年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qbo.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qbo.ent.gz	62.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qbo_validation.pdf.gz	421.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qbo_full_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示
XML形式データ	4qbo_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	4qbo_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/4qbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/4qbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qblC 4qbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2z0r-6 2n7a-d 4cou-d 4coy-d 2z0r-2 2z0r-1 4wde-1 1gdf-d 2z0r-4 2vga-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nuclease

ヘテロ分子

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nuclease

ヘテロ分子

A: Nuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.854, 60.517, 81.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HOH
2	1	A-344- HOH

#1: タンパク質	Nuclease 分子量: 10415.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus phage P9 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7J283
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M sodium citrate, 20% w/v PEG3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年2月25日
放射	モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→15 Å / Num. all: 27534 / Num. obs: 27396 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→14.995 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1799	1378	5.04 %	5%
R_work	0.1717	-	-	-
obs	0.1721	27354	99.46 %	-
all	-	27502	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 63.587 Å² / k_sol: 0.473 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1897 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3406 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.5304 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→14.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	727	0	1	155	883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.274	1139
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.4	341
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	121
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	146

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3465	0.3072	151	0.3307	2501	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3465-1.4003	0.2837	128	0.2669	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4003-1.464	0.2328	125	0.2142	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
1.464-1.5411	0.2118	132	0.1691	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5411-1.6376	0.1873	142	0.1589	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6376-1.7638	0.1628	141	0.1515	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7638-1.941	0.1754	129	0.1428	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.941-2.2211	0.1574	159	0.1468	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2211-2.7954	0.1678	140	0.1517	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7954-14.9958	0.1743	131	0.185	2677	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1347	2.8867	-1.1201	3.0886	-0.6897	1.3446	0.0454	0.0253	0.0843	0.0479	-0.0286	0.1371	-0.0238	-0.1796	0.0016	0.1285	0.0003	0.0091	0.1521	-0.0012	0.0924	1.5103	-11.7985	15.8916
2	1.883	0.8956	1.7343	1.8448	1.3202	3.9814	0.1598	-0.1288	-0.1198	0.0021	-0.082	0.078	0.1325	-0.2832	-0.0715	0.1371	-0.0001	-0.0154	0.1435	0.0099	0.1385	2.1846	-3.4315	3.0173
3	6.3776	1.8321	-1.2965	4.2321	-0.8642	3.5959	-0.0862	-0.0705	0.1359	0.0881	0.0821	-0.4727	0.0772	-0.0208	0.0498	0.1158	0.0087	-0.0064	0.079	-0.0137	0.1467	10.9451	-0.8395	6.6698
4	1.514	0.3933	0.162	0.6046	0.1019	1.2214	0.0739	-0.1124	-0.2478	0.1246	-0.0348	-0.0811	0.1291	-0.1085	-0.0082	0.1283	-0.0168	-0.0036	0.1162	0.0153	0.1343	4.7175	-13.9525	4.4099
5	5.5448	4.0764	-1.7571	3.3209	-1.6676	1.0329	-0.0734	0.0973	-0.1096	-0.2115	0.0694	-0.1387	-0.054	-0.009	-0.0252	0.1386	-0.0144	0.0087	0.109	-0.0256	0.1293	6.8187	-12.168	-6.7369
6	1.9021	0.615	-1.1647	1.693	-0.5545	2.5857	-0.0231	-0.1322	0.0446	0.0214	0.0266	-0.0983	0.1144	0.1527	0.0512	0.0914	0.0175	0.0028	0.1047	-0.005	0.1139	14.0958	-11.2454	8.9037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 4:19)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 20:37)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 38:44)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 45:59)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 60:72)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 73:90)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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