[日本語] English
万見
- PDB-4qb9: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis Eis in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qb9
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis Eis in complex with paromomycin
要素Enhanced intracellular survival protein
キーワードTRANSFERASE / GNAT fold / SCP fold / acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasmic vesicle / N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) ...N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PAROMOMYCIN / Enhanced intracellular survival protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.293 Å
データ登録者Kim, K.H. / Ahn, D.R. / Yoon, H.J. / Yang, J.K. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2014
タイトル: Structure of Mycobacterium smegmatis Eis in complex with paromomycin.
著者: Kim, K.H. / An, D.R. / Yoon, H.J. / Yang, J.K. / Suh, S.W.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Structure summary
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Enhanced intracellular survival protein
B: Enhanced intracellular survival protein
C: Enhanced intracellular survival protein
D: Enhanced intracellular survival protein
E: Enhanced intracellular survival protein
F: Enhanced intracellular survival protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,07218
ポリマ－276,8026
非ポリマー4,27012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27770 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area89400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.269, 126.536, 236.641
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Enhanced intracellular survival protein / Enhanced intracellular survival protein Eis


分子量: 46133.680 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: eis, MSMEG_3513, MSMEI_3433 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QY29
#2: 化合物
ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.293→30 Å / Num. obs: 49506 / Biso Wilson estimate: 58.15 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.293→14.989 Å / FOM work R set: 0.8347 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2336 2381 5.07 %RANDOM
Rwork0.1513 ---
obs0.1556 46928 95.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.24 Å2 / Biso mean: 48.97 Å2 / Biso min: 16.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.293→14.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18600 0 282 0 18882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01419362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.69426420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662956
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0686910
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.293-3.35950.30671370.19652400253789
3.3595-3.43170.27681450.20082495264093
3.4317-3.51050.3241390.18822518265793
3.5105-3.59710.3221350.19412512264793
3.5971-3.69290.26951270.17432523265093
3.6929-3.79990.25741380.16872523266194
3.7999-3.92040.23151180.16342540265893
3.9204-4.05790.25891270.15652569269694
4.0579-4.21690.22861540.14842586274096
4.2169-4.40420.20151410.13922623276496
4.4042-4.62990.22631260.13292660278697
4.6299-4.91030.18561520.12412699285199
4.9103-5.27410.21841660.13842686285299
5.2741-5.77710.26511290.153727562885100
5.7771-6.55120.2311430.154827752918100
6.5512-8.03630.20291500.150128022952100
8.0363-14.98940.17541540.11428803034100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る