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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qb5
タイトルCrystal structure of a glyoxalase/bleomycin resistance protein from Albidiferax ferrireducens T118
要素Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能
2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Albidiferax ferrireducens T118 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Al Obaidi, N. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a glyoxalase/bleomycin resistance protein from Albidiferax ferrireducens T118
著者: Kumaran, D. / Almo, S.C. / Swaminathan, S.
履歴
登録2014年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
B: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
C: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
D: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0768
ポリマ－63,7254
非ポリマー3504
水4,432246
1
A: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
C: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8632
ポリマ－31,8632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10940 Å2
手法PISA
2
B: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
D: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2136
ポリマ－31,8632
非ポリマー3504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.949, 89.896, 131.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase


分子量: 15931.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Albidiferax ferrireducens T118 (バクテリア)
株: T118; DSM 15236; ATCC BAA-621 / 遺伝子: Rfer_4015 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3) / 参照: UniProt: Q21R90
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris, 5% Ethylene Glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si II / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 34745 / Num. obs: 34745 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2259 / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→39.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.218 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21129 1734 5 %RANDOM
Rwork0.17224 ---
obs0.17423 32952 96.83 %-
all-32952 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.902 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.18 Å2-0 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3632 0 19 246 3897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8911.9685069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89837908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3995484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.9723.5160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75615510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1561520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 86 -
Rwork0.164 1883 -
obs--75.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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