PDB-4q7l: Structure of NBD288 of TM287/288

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q7l

タイトル

Structure of NBD288 of TM287/288

要素

Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / ABC-tpye Nucleotide Binding Domain (NBD)

機能・相同性

機能・相同性情報

ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Bukowska, M.A. / Hohl, M. / Gruetter, M.G. / Seeger, M.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: A Transporter Motor Taken Apart: Flexibility in the Nucleotide Binding Domains of a Heterodimeric ABC Exporter.
著者: Bukowska, M.A. / Hohl, M. / Geertsma, E.R. / Hurlimann, L.M. / Grutter, M.G. / Seeger, M.A.

履歴

登録	2014年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q7l.cif.gz	312.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q7l.ent.gz	257.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q7l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q7l_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q7l_full_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示
XML形式データ	4q7l_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	4q7l_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q7l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q7kC 4q7mC 3qf4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ad2-d 2fgj-2 2fgk-3 5vop-1 5x4l-1 1pbq-1 2qgq-5 3qwn-8 1j88-4 4xg2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (8) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

C: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

ヘテロ分子

86.7 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.930, 95.930, 88.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288 分子量: 28878.289 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 353-598 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_0288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYC4
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris-HAOAc pH 7.5, 200 mM MgCl2, 8 % PEG550 MME, 8 % PEG20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月28日
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→47.965 Å / Num. all: 37961 / Num. obs: 37661 / % possible obs: 99.21 % / Observed criterion σ(F): -3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1678)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→47.965 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2363	1885	5.01 %	random
R_work	0.1931	-	-	-
obs	0.1952	37661	99.21 %	-
all	-	37961	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5898	0	1	218	6117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6049
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.853	8156
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.55	2287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.033	943
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3501-2.4136	0.3491	147	0.2886	2785	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4136-2.4846	0.3198	143	0.2562	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4846-2.5648	0.3467	146	0.2454	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5648-2.6565	0.292	145	0.2376	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6565-2.7628	0.2913	146	0.2341	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7628-2.8885	0.3067	144	0.2371	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8885-3.0408	0.2899	146	0.2301	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0408-3.2313	0.264	144	0.2146	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2313-3.4807	0.241	146	0.2117	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4807-3.8309	0.2773	142	0.205	2685	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8309-4.3849	0.2006	144	0.1666	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3849-5.5232	0.1619	146	0.1393	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5232-47.975	0.1793	146	0.1531	2757	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5027	-0.0633	0.1375	2.6712	-0.0166	3.3986	0.0751	-0.0815	0.0531	-0.0953	-0.1329	0.2038	-0.4612	-0.2012	0.0275	0.2944	0.0498	-0.0005	0.2336	-0.026	0.2351	-51.4726	98.8375	-8.3166
2	8.1196	-1.8516	-0.7955	4.6248	1.164	4.7552	0.4975	1.125	0.0232	-0.2956	-0.0618	-0.3532	-0.3137	0.1052	-0.3417	0.4293	0.0926	0.0655	0.5459	0.0035	0.4831	-29.0028	89.0468	-25.9915
3	7.408	-2.7182	-2.0593	3.3779	1.3803	4.2821	0.0881	-0.3409	-0.4741	0.2595	0.1183	-0.5217	0.5351	0.7734	-0.1831	0.449	0.1071	-0.0402	0.3932	0.0086	0.4589	-32.0749	91.0307	-12.1837
4	3.447	-1.1041	1.447	5.0745	-2.3516	4.5389	-0.0839	-0.1449	-0.2479	0.0177	0.1522	-0.2257	0.1881	-0.0494	0.0034	0.2967	-0.0185	-0.0246	0.2925	0.0088	0.2275	-42.2515	84.2614	3.8737
5	3.6307	1.1828	-1.9736	3.3942	0.2413	5.2453	-0.1919	-0.5092	-0.2673	0.0294	-0.0681	-0.2477	0.1725	0.1001	0.2457	0.5	0.0305	-0.0048	0.4722	0.0168	0.3654	-8.8201	98.916	24.7058
6	1.54	-0.2704	-0.862	7.7384	-3.3854	2.1202	-0.1804	-0.0794	0.5701	-0.5004	0.3652	-0.0119	0.0939	-0.1793	-0.1434	0.5227	-0.0181	-0.1178	0.5654	-0.1191	0.6093	-16.519	117.6738	9.9973
7	2.5633	1.1083	-0.1638	3.3809	1.4832	5.2996	-0.0685	0.0033	-0.1496	-0.0131	-0.0341	0.0738	-0.3224	0.3362	0.1829	0.4418	0.0144	-0.016	0.5488	-0.0649	0.41	-6.1295	112.9615	35.4241
8	3.5904	3.6595	-0.0564	4.2596	0.4132	2.0631	-0.1658	0.9713	0.6582	0.0128	0.2177	0.2865	-0.2759	0.8043	0.5514	0.9532	-0.1839	0.1917	1.1166	0.0425	1.109	2.8954	123.0203	28.3658
9	2.5507	0.7082	0.0533	5.4444	-1.9899	3.3298	0.0265	0.0519	-0.149	0.0271	-0.3761	-0.4061	0.0951	0.5789	0.2839	0.2741	-0.0218	0.0392	0.4409	0.0964	0.314	-31.37	135.5605	-33.1989
10	5.9132	1.5196	3.3245	4.8842	0.7664	5.8655	-0.0246	0.7351	-0.8073	-0.4183	0.235	0.3355	0.1667	0.7463	-0.2123	0.4816	-0.0022	0.0792	0.5475	-0.0272	0.556	-48.6856	121.9808	-52.0568
11	4.4821	2.8188	2.9181	4.0865	0.41	4.2633	0.1542	-0.5478	-0.4637	0.2147	0.1206	0.6289	0.2334	-0.6789	-0.3272	0.4621	0.0305	0.0852	0.5403	0.0405	0.6063	-47.2106	121.0694	-38.4833
12	4.3726	0.9732	-1.6311	4.7513	-0.9334	4.627	0.1274	-0.3886	0.0248	0.0836	-0.1181	0.1278	-0.1513	-0.1044	0.1441	0.3563	-0.019	0.0071	0.3991	0.0399	0.2651	-46.3149	131.8934	-20.2868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 352:435)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 436:501)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 502:544)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 545:605)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 352:413)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 414:542)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 543:591)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 592:605)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 352:427)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 428:502)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 503:543)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 544:593)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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