PDB-4q75: Crystal structure of Nfs2, the plastidial cysteine desulfurase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q75

タイトル

Crystal structure of Nfs2, the plastidial cysteine desulfurase from Arabidopsis thaliana

要素

Cysteine desulfurase 2, chloroplastic

キーワード

TRANSFERASE / Cysteine desulfurase / AtSufE1 / Chloroplast

機能・相同性

機能・相同性情報

selenium compound metabolic process / selenocysteine lyase / iron incorporation into metallo-sulfur cluster / selenocysteine lyase activity / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / response to selenium ion / cysteine metabolic process / sulfur compound metabolic process / chloroplast stroma ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.709 Å

データ登録者

Roret, T. / Didierjean, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: X-ray structures of Nfs2, the plastidial cysteine desulfurase from Arabidopsis thaliana.
著者: Roret, T. / Pegeot, H. / Couturier, J. / Mulliert, G. / Rouhier, N. / Didierjean, C.

履歴

登録	2014年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q75.cif.gz	345.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q75.ent.gz	280.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4q75_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q75_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	4q75_validation.xml.gz	39.8 KB	表示
CIF形式データ	4q75_validation.cif.gz	60.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q76C 1t3iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kfz-1 6uy5-d 4q76-d 1c0n-1 6mrh-1 6kfy-1 3b1c-1 1v7x-d 2e24-d 1rw9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine desulfurase 2, chloroplastic

B: Cysteine desulfurase 2, chloroplastic

94.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.567, 68.205, 87.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cysteine desulfurase 2, chloroplastic / NIFS-like protein / Plastid sufS-like protein / Protein AtCpNifS / Selenocysteine lyase 分子量: 47209.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: NFS2, NIFS, At1g08490, T27G7.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q93WX6, cysteine desulfurase, selenocysteine lyase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Cysteine desulfurase 2, chloroplastic / NIFS-like protein / Plastid sufS-like protein / Protein AtCpNifS / Selenocysteine lyase

分子量: 47209.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: NFS2, NIFS, At1g08490, T27G7.17 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q93WX6, cysteine desulfurase, selenocysteine lyase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5 詳細: 20% PEG3000, 0.2M sodium chloride and 0.1M HEPES pH 7.5, microbatch under oil, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.978542 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月12日
放射	モノクロメーター: 2Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.709→45.853 Å / Num. all: 97828 / Num. obs: 97823 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.71→1.8 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.187 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 11087 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Xnemo		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T3I

1t3i

解像度: 1.709→45.853 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2326	4892	5 %	Scaling input intensities via French-Wilson Method
R_work	0.2025	-	-	-
all	0.204	97828	-	-
obs	0.204	97823	94.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.645 Å² / k_sol: 0.407 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8666 Å²	0 Å²	-0.7462 Å²
2-	-	-0.4169 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.2835 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.709→45.853 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6444	0	0	854	7298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.127	9065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.085	2389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1168

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7088-1.7283	0.341	112	0.2967	2026	X-RAY DIFFRACTION	63
1.7283-1.7486	0.3214	118	0.2647	2339	X-RAY DIFFRACTION	71
1.7486-1.7699	0.3032	118	0.2711	2426	X-RAY DIFFRACTION	75
1.7699-1.7923	0.2748	142	0.2517	2654	X-RAY DIFFRACTION	82
1.7923-1.8159	0.2703	152	0.2417	2918	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8159-1.8408	0.2726	163	0.235	3112	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8408-1.8671	0.2534	142	0.2298	3118	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8671-1.895	0.2965	158	0.2317	3141	X-RAY DIFFRACTION	95
1.895-1.9246	0.2515	179	0.2234	3114	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9246-1.9561	0.2493	161	0.2175	3120	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9561-1.9899	0.2314	182	0.2241	3143	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9899-2.026	0.2572	186	0.211	3134	X-RAY DIFFRACTION	97
2.026-2.065	0.2492	154	0.2133	3175	X-RAY DIFFRACTION	98
2.065-2.1072	0.2435	168	0.2095	3189	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1072-2.153	0.2322	194	0.2043	3227	X-RAY DIFFRACTION	99
2.153-2.2031	0.2335	185	0.2034	3219	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2031-2.2581	0.257	182	0.2024	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2581-2.3192	0.215	185	0.1951	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3192-2.3874	0.236	164	0.2013	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3874-2.4645	0.2504	171	0.2024	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4645-2.5526	0.237	159	0.2107	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5526-2.6548	0.2369	165	0.204	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6548-2.7756	0.2262	173	0.1963	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7756-2.9219	0.2359	183	0.1925	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9219-3.1049	0.1926	171	0.1852	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1049-3.3446	0.2513	163	0.1938	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3446-3.681	0.213	156	0.1872	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.681-4.2134	0.1754	164	0.165	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2134-5.3071	0.1851	174	0.1714	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3071-45.8697	0.2852	168	0.251	3270	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8605	-0.2943	-0.0608	1.146	0.9091	1.7793	0.03	-0.0512	0.0179	0.1016	-0.0384	-0.0843	0.0912	0.0185	0.0069	0.0808	-0.0022	0.0007	0.0708	0.0248	0.0956	31.1322	-0.9084	25.6249
2	0.881	0.1737	-0.0729	0.2882	-0.2469	0.7	-0.055	0.0222	-0.1188	0.161	-0.115	0.115	0.2669	-0.1228	0.102	0.1819	-0.0457	0.0369	0.0966	-0.0253	0.1486	20.5478	-12.4336	25.3563
3	0.1867	0.0495	0.0615	0.4188	0.2471	0.2178	-0.0152	-0.1153	-0.0808	0.17	-0.3115	0.4846	0.2201	-0.4687	-0.0487	0.108	-0.1308	0.1212	0.287	-0.1386	0.2648	5.5277	-3.726	33.8664
4	0.18	-0.0052	0.0407	0.6849	0.2694	0.1102	-0.055	-0.1533	0.0167	0.3562	-0.073	0.1449	0.2112	-0.0128	-0.0365	0.2419	-0.0161	0.0336	0.1475	-0.0078	0.0842	23.761	3.3956	45.3333
5	1.2831	0.2435	-0.1578	1.9576	0.3803	1.5517	0.0294	-0.0454	0.2797	-0.0904	-0.0744	0.3644	-0.2778	-0.0909	0.0448	0.1856	-0.0006	-0.0223	0.1802	-0.0824	0.1787	22.0617	23.4682	42.4202
6	0.7784	-0.1733	-0.1951	1.2596	0.2518	0.8675	0.014	-0.0788	0.1595	0.0741	-0.1241	0.1473	-0.0903	-0.0706	0.0946	0.1236	-0.01	-0.0163	0.1443	-0.0582	0.1147	22.8383	18.6045	43.1735
7	0.802	0.2554	0.2715	0.6892	0.4926	1.3774	-0.0041	-0.0154	0.0991	-0.1215	-0.0504	-0.0506	-0.2099	-0.0101	0.0686	0.1019	0.0035	-0.0095	0.0743	0.0175	0.1017	29.5307	7.2083	17.8096
8	0.3971	-0.095	-0.0402	0.5339	0.2563	0.4822	-0.051	0.2472	0.0249	-0.4564	-0.1876	0.2911	-0.3783	-0.3063	-0.2016	0.1278	0.1487	-0.1417	0.138	-0.0432	0.1263	13.079	2.3222	2.9534
9	0.6206	-0.4121	0.1373	1.0368	0.2901	0.7385	-0.0085	0.1153	-0.1441	-0.0936	-0.0912	0.1738	0.069	-0.0184	0.0574	0.1187	0.0066	0.0155	0.1286	-0.045	0.1404	26.4381	-19.7833	-1.8414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ( resseq 37:71 )	A	37 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ( resseq 72:114 )	A	72 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and ( resseq 115:290 )	A	115 - 290
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and ( resseq 291:352 )	A	291 - 352
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and ( resseq 353:372 )	A	353 - 372
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and ( resseq 373:429 )	A	373 - 429
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and ( resseq 37:94 )	B	37 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and ( resseq 95:353 )	B	95 - 353
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and ( resseq 354:429 )	B	354 - 429

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