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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q6z | ||||||
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タイトル | LpoB C-terminal domain from Escherichia coli | ||||||
![]() | Penicillin-binding protein activator LpoB | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / mixed alpha-beta / Lipoprotein / Activator of PBP1b / PBP1b / lipidation / outer-membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() periplasmic side of cell outer membrane / enzyme regulator activity / peptidoglycan biosynthetic process / regulation of cell shape 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | King, D.T. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into the Lipoprotein Outer Membrane Regulator of Penicillin-binding Protein 1B. 著者: King, D.T. / Lameignere, E. / Strynadka, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 78 - 212 / Label seq-ID: 1 - 135
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14235.036 Da / 分子数: 2 / 断片: LpoB C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 2M ammonium sulfate , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator (DCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→68.54 Å / Num. all: 7758 / Num. obs: 7727 / % possible obs: 99.6 % |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.961 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→68.54 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 6604 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.22 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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