ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ収集 PHENIXモデル構築 HKL-3000位相決定 PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング PHENIX位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.898→35.833 Å / SU ML : 0.18 / Isotropic thermal model : mixed / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 位相誤差 : 24.59 / 立体化学のターゲット値 : MLHL詳細 : number of total reflections include anomalous Friedel pairsRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.209 3245 5.04 % random Rwork 0.176 - - - obs 0.177 64362 91.84 % - all - 64362 - -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso mean : 26.6 Å2 精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.898→35.833 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3071 0 75 237 3383
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.007 3260 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.009 4396 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d12.71 1247 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.069 515 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.004 561
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (7 x 23) 大きな表を隠す 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection obs % reflection obs (%)1.8982-1.9265 0.3191 106 0.2764 1869 1975 64 1.9265-1.9566 0.3621 100 0.2656 2124 2224 74 1.9566-1.9887 0.2312 118 0.2366 2240 2358 76 1.9887-2.023 0.2753 112 0.2336 2235 2347 79 2.023-2.0598 0.2293 129 0.2216 2466 2595 83 2.0598-2.0994 0.2174 147 0.218 2439 2586 86 2.0994-2.1422 0.3176 144 0.1949 2606 2750 90 2.1422-2.1888 0.211 138 0.1926 2674 2812 92 2.1888-2.2397 0.2122 154 0.1856 2746 2900 95 2.2397-2.2957 0.1874 148 0.1838 2806 2954 97 2.2957-2.3578 0.2235 132 0.1838 2934 3066 99 2.3578-2.4271 0.2212 153 0.1813 2821 2974 99 2.4271-2.5054 0.2099 121 0.1734 2953 3074 99 2.5054-2.595 0.2044 167 0.167 2822 2989 99 2.595-2.6988 0.1821 148 0.1694 2856 3014 99 2.6988-2.8216 0.2083 135 0.1679 2905 3040 99 2.8216-2.9703 0.2098 175 0.1696 2854 3029 99 2.9703-3.1563 0.2055 175 0.1722 2871 3046 99 3.1563-3.3998 0.2158 168 0.1667 2801 2969 98 3.3998-3.7416 0.1834 137 0.1456 2797 2934 96 3.7416-4.2823 0.1868 153 0.143 2700 2853 95 4.2823-5.3923 0.1758 140 0.1623 2830 2970 97 5.3923-35.8397 0.2253 145 0.1946 2768 2913 96
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.7883 0.0188 -0.3534 2.6178 0.0463 0.9874 0.0315 0.1201 0.2407 -0.2623 0.0405 0.217 -0.0769 -0.1929 0.0068 0.0726 -0.0029 -0.0807 0.154 0.0311 0.1736 -21.0259 119.3925 7.4866 2 1.2891 -0.2375 0.2189 0.9647 0.0141 0.8561 -0.1142 0.1101 -0.1163 -0.1319 0.0258 -0.0449 0.1668 0.0505 0.0516 0.1495 -0.0091 0.0447 0.0691 -0.0092 0.0744 -5.2082 92.359 13.3128 3 2.762 -0.0588 -0.4074 2.899 -0.1407 3.2543 -0.0367 -0.2247 0.1257 -0.097 0.1963 -0.8382 -0.6782 0.8028 -0.0195 0.2493 -0.0856 0.0645 0.2604 -0.0678 0.3417 19.0982 104.0072 26.4643
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 3 through 152 )2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 153 through 312 )3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'A' and (resid 313 through 415 )