PDB-2vqz: Structure of the cap-binding domain of influenza virus polymerase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vqz

タイトル

Structure of the cap-binding domain of influenza virus polymerase subunit PB2 with bound m7GTP

要素

POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

キーワード

TRANSCRIPTION / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / PB2 SUBUNIT / INFLUENZA VIRUS / CAP-BINDING DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Guilligay, D. / Tarendeau, F. / Resa-Infante, P. / Coloma, R. / Crepin, T. / Sehr, P. / Lewis, J. / Ruigrok, R.W.H. / Ortin, J. / Hart, D.J. / Cusack, S.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Structural Basis for CAP Binding by Influenza Virus Polymerase Subunit Pb2.
著者: Guilligay, D. / Tarendeau, F. / Resa-Infante, P. / Coloma, R. / Crepin, T. / Sehr, P. / Lewis, J. / Ruigrok, R.W.H. / Ortin, J. / Hart, D.J. / Cusack, S.

履歴

登録	2008年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vqz.cif.gz	349.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vqz.ent.gz	289.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vqz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jdq
類似構造データ	1q1b-2 1q1b-1 2awo-1 3uc5-1 3ljy-d 2r87-1 3psk-d 2r85-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

B: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

D: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

E: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

F: POLYMERASE BASIC PROTEIN 2

ヘテロ分子

99.3 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.200, 94.440, 220.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	D
3	1	E
4	1	A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	PHE	PHE	B	B	323 - 330	6 - 13
2	1	PHE	PHE	PHE	PHE	D	C	323 - 330	6 - 13
3	1	PHE	PHE	PHE	PHE	E	D	323 - 330	6 - 13
4	1	PHE	PHE	PHE	PHE	A	A	323 - 330	6 - 13
1	2	THR	THR	ARG	ARG	B	B	333 - 340	16 - 23
2	2	THR	THR	ARG	ARG	D	C	333 - 340	16 - 23
3	2	THR	THR	ARG	ARG	E	D	333 - 340	16 - 23
4	2	THR	THR	ARG	ARG	A	A	333 - 340	16 - 23
1	3	GLN	GLN	LYS	LYS	B	B	350 - 368	33 - 51
2	3	GLN	GLN	LYS	LYS	D	C	350 - 368	33 - 51
3	3	GLN	GLN	LYS	LYS	E	D	350 - 368	33 - 51
4	3	GLN	GLN	LYS	LYS	A	A	350 - 368	33 - 51
1	4	ALA	ALA	LYS	LYS	B	B	370 - 389	53 - 72
2	4	ALA	ALA	LYS	LYS	D	C	370 - 389	53 - 72
3	4	ALA	ALA	LYS	LYS	E	D	370 - 389	53 - 72
4	4	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	370 - 389	53 - 72
1	5	SER	SER	GLU	GLU	B	B	393 - 407	76 - 90
2	5	SER	SER	GLU	GLU	D	C	393 - 407	76 - 90
3	5	SER	SER	GLU	GLU	E	D	393 - 407	76 - 90
4	5	SER	SER	GLU	GLU	A	A	393 - 407	76 - 90
1	6	ILE	ILE	PHE	PHE	B	B	411 - 420	94 - 103
2	6	ILE	ILE	PHE	PHE	D	C	411 - 420	94 - 103
3	6	ILE	ILE	PHE	PHE	E	D	411 - 420	94 - 103
4	6	ILE	ILE	PHE	PHE	A	A	411 - 420	94 - 103
1	7	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	428 - 434	111 - 117
2	7	LEU	LEU	LEU	LEU	D	C	428 - 434	111 - 117
3	7	LEU	LEU	LEU	LEU	E	D	428 - 434	111 - 117
4	7	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	428 - 434	111 - 117
1	8	LYS	LYS	ILE	ILE	B	B	443 - 451	126 - 134
2	8	LYS	LYS	ILE	ILE	D	C	443 - 451	126 - 134
3	8	LYS	LYS	ILE	ILE	E	D	443 - 451	126 - 134
4	8	LYS	LYS	ILE	ILE	A	A	443 - 451	126 - 134
1	9	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	455 - 482	138 - 165
2	9	ASP	ASP	LYS	LYS	D	C	455 - 482	138 - 165
3	9	ASP	ASP	LYS	LYS	E	D	455 - 482	138 - 165
4	9	ASP	ASP	LYS	LYS	A	A	455 - 482	138 - 165

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.03383, -0.98769, 0.15271), (0.98823, -0.01025, 0.15261), (-0.14916, 0.15608, 0.97642)	36.57726, -34.4912, 5.48464
3	given	(0.01201, 0.98432, -0.17597), (-0.98182, 0.04495, 0.18443), (0.18945, 0.17056, 0.96696)	34.76315, 34.62057, -6.8038
4	given	(-0.99985, 0.01703, 0.00014), (-0.01605, -0.94478, 0.3273), (0.0057, 0.32725, 0.94492)	70.41152, 0.54119, -0.09479
5	given	(0.50069, -0.62346, 0.60051), (0.41085, 0.78177, 0.46909), (-0.76191, 0.01185, 0.64757)	38.3766, -26.32042, -9.00428

#1: タンパク質	POLYMERASE BASIC PROTEIN 2 / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT P3 / PB2 CAP-BINDING DOMAIN 分子量: 19316.877 Da / 分子数: 5 / 断片: CAP-BINDING DOMAIN, RESIDUES 318-483 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) 株: A/VICTORIA/3/1975(H3N2) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: P31345
#2: 化合物	ChemComp-MGT / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7,8-ジヒドロ-7-メチルグアノシン5′-三りん酸分子量: 539.223 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₀N₅O₁₄P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 389 TO LYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 389 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ARG 389 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ARG 389 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ARG 389 TO LYS
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE (MGT): CO-CRYSTALLISED SELENOMETHIONINE (MSE): ...7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE (MGT): CO-CRYSTALLISED SELENOMETHIONINE (MSE): SELENOMETHIONATED FOR STRUCTURE DETERMINATION
配列の詳細	MUTATION R389K IN OUR SEQUENCE COMPARED TO DATABASE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 1 MICROLITRE OF PROTEIN SOLUTION AT 11 MG PER ML IN 50 MM TRIS-HCL (PH 8.0), 200 MM NACL, 2 MM DTT, 5 MM M7GTP WITH AN EQUAL VOLUME OF A SOLUTION CONTAINING 0.1 M CITRIC ACID PH 4.6, 1.6-1.8 M SODIUM FORMATE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 40785 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.48 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.59
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.38 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→29.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 13.245 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	2165	5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.189	40781	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6413	0	165	272	6850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6764
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.987	9116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.379	23.199	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.121	15	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.647	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	4496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.333	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.728	1.5	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.124	2	6577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.095	3	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.232	4.5	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 965 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	tight positional	0.05	0.05
2	D	tight positional	0.04	0.05
3	E	tight positional	0.05	0.05
4	A	tight positional	0.06	0.05
1	B	tight thermal	1.46	5
2	D	tight thermal	1.42	5
3	E	tight thermal	1.17	5
4	A	tight thermal	1.46	5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.312	148
R_work	0.25	2984

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3533	0.0348	-0.0773	1.7075	0.5035	2.2571	0.0055	0.1725	0.1938	-0.0821	0.0154	-0.0549	0.0216	0.1221	-0.0208	-0.155	0.0176	-0.0298	-0.1929	0.0184	-0.1067	35.141	19.855	-23.497
2	1.9172	0.0348	-0.2423	2.6126	-0.186	3.626	-0.0729	0.1999	-0.0806	-0.0771	0.0269	0.2153	0.1325	-0.3438	0.046	-0.1896	-0.0381	-0.0171	-0.1182	-0.0637	-0.0978	12.475	-3.558	-19.412
3	2.5312	-0.2516	-0.0723	3.583	0.1658	2.7686	0.0281	0.3485	-0.0276	-0.3438	-0.1013	-0.1815	0.0548	-0.1509	0.0732	-0.2007	0.0008	0.035	-0.1084	-0.0105	-0.1629	58.884	-3.426	-19.48
4	3.7194	0.6274	0.2948	2.4929	1.0025	2.9822	-0.0484	0.3196	-0.2371	-0.1986	0.0864	-0.0561	0.1208	0.1243	-0.038	-0.0768	-0.0233	0.0636	-0.2139	-0.0476	-0.0804	35.657	-25.932	-15.28
5	2.4339	0.4947	-0.0699	4.7601	1.5231	4.8718	-0.0489	0.5805	-0.1649	-0.2269	0.0375	-0.0293	0.2872	0.3181	0.0114	0.0277	0.0164	-0.0146	0.2406	-0.0766	-0.1217	29.655	-7.617	-50.496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	320 - 483
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	320 - 483
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1
5	X-RAY DIFFRACTION	3	D	319 - 483
6	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1
7	X-RAY DIFFRACTION	4	E	320 - 483
8	X-RAY DIFFRACTION	4	E	1
9	X-RAY DIFFRACTION	5	F	322 - 483
10	X-RAY DIFFRACTION	5	F	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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