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- PDB-2hln: L-asparaginase from Erwinia carotovora in complex with glutamic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hln
タイトルL-asparaginase from Erwinia carotovora in complex with glutamic acid
要素L-asparaginase
キーワードHYDROLASE / L-asparaginase / Erwinia carotovora
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine metabolic process / asparaginase / asparaginase activity
類似検索 - 分子機能
L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. ...L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-asparaginase
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kravchenko, O.V. / Kislitsin, Y.A. / Popov, A.N. / Nikonov, S.V. / Kuranova, I.P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Three-dimensional structures of L-asparaginase from Erwinia carotovora complexed with aspartate and glutamate.
著者: Kravchenko, O.V. / Kislitsin, Y.A. / Popov, A.N. / Nikonov, S.V. / Kuranova, I.P.
履歴
登録2006年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年2月24日Group: Database references
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase
B: L-asparaginase
E: L-asparaginase
F: L-asparaginase
C: L-asparaginase
D: L-asparaginase
G: L-asparaginase
H: L-asparaginase
I: L-asparaginase
J: L-asparaginase
K: L-asparaginase
L: L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,95432
ポリマ－414,33912
非ポリマー2,61520
水33,8321878
1
A: L-asparaginase
B: L-asparaginase
E: L-asparaginase
F: L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,91410
ポリマ－138,1134
非ポリマー8016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16530 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area38670 Å2
手法PISA
2
C: L-asparaginase
D: L-asparaginase
G: L-asparaginase
H: L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,91410
ポリマ－138,1134
非ポリマー8016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15570 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area38680 Å2
手法PISA
3
I: L-asparaginase
J: L-asparaginase
K: L-asparaginase
L: L-asparaginase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,12612
ポリマ－138,1134
非ポリマー1,0138
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16630 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area38690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.107, 123.675, 197.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is tetramer. There are 3 biological units in the asymmetric unit. The biological unit 1 consists of chains A,B,E,F. The biological unit 2 consists of chains C,D,G,H. The biological unit 3 consists of chains I,J,K,L.

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要素

#1: タンパク質
L-asparaginase


分子量: 34528.266 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
遺伝子: lanS / プラスミド: pACYCLANS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7WWK9, asparaginase
#2: 化合物
ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1% sodium cacodilate, 8% PEG MME 5000, 0.06% octylglucoside, 0.08M glutamic acid, 0.02% sodium azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.99
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月24日 / 詳細: bent mirror
放射モノクロメーター: double crystal focussing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 180862 / Num. obs: 180862 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5910 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1ZCF

1zcf


解像度: 2.2→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 7.208 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26744 9022 5 %RANDOM
Rwork0.21958 ---
all0.222 170479 --
obs0.22198 170479 91.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.258 Å0.385 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27624 0 176 1878 29678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02228271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9191.98738365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.98753696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.89924.1841042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg7.576154800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.75615171
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.24620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0220779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1740.314554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.519890
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.53339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1371.518930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.732229748
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.772310376
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.8054.58605
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 631 -
Rwork0.309 12427 -
obs--90.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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