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Yorodumi- PDB-4q5s: Thermus thermophilus RNA polymerase initially transcribing comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4q5s | ||||||
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Title | Thermus thermophilus RNA polymerase initially transcribing complex containing 6-mer RNA | ||||||
Components |
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Keywords | transcription/DNA/rna / transcription / transcription-DNA-rna complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) Thermus thermophilus HB8 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Murakami, K.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014 Title: Structural basis of transcription initiation by bacterial RNA polymerase holoenzyme. Authors: Basu, R.S. / Warner, B.A. / Molodtsov, V. / Pupov, D. / Esyunina, D. / Fernandez-Tornero, C. / Kulbachinskiy, A. / Murakami, K.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4q5s.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4q5s.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4q5s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4q5s_validation.pdf.gz | 896 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4q5s_full_validation.pdf.gz | 944.4 KB | Display | |
Data in XML | 4q5s_validation.xml.gz | 115.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4q5s_validation.cif.gz | 157.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/4q5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/4q5s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4q4zC 4q5a C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | 2alpha subunits, beta, beta-prime, omega subunits, SigA |
-Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 35056.164 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / References: UniProt: Q9Z9H6, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | | Mass: 125436.539 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / References: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | | Mass: 170997.391 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / References: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | | Mass: 11533.316 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / Strain: HB8 / References: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules GH
#6: DNA chain | Mass: 6713.330 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: template DNA |
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#7: DNA chain | Mass: 8421.432 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: non-template DNA |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules FI
#5: Protein | Mass: 48598.031 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: sigA, TTHA0532 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5SKW1 |
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#8: RNA chain | Mass: 1505.960 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 3 types, 4 molecules
#9: Chemical | ChemComp-MG / | ||
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#10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-ATP / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.7 Details: crystallization solution [100 mM Tris-HCl, pH 8.7, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, 10 mM Spermine tetra HCl and 10% PEG 4000], VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2013 |
Radiation | Monochromator: Rh coated Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. all: 273453 / Num. obs: 107824 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3→41.977 Å / SU ML: 0.62 / σ(F): 1.38 / Phase error: 36.25 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→41.977 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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