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- PDB-4q4z: Thermus thermophilus RNA polymerase de novo transcription initiat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q4z
タイトルThermus thermophilus RNA polymerase de novo transcription initiation complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • DNA (25-MER)
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*A)-3')
  • RNA polymerase sigma factor SigA
キーワードtranscription/DNA / transcription / DNA and NTP / transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain ...Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2TM / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Murakami, K.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of transcription initiation by bacterial RNA polymerase holoenzyme.
著者: Basu, R.S. / Warner, B.A. / Molodtsov, V. / Pupov, D. / Esyunina, D. / Fernandez-Tornero, C. / Kulbachinskiy, A. / Murakami, K.S.
履歴
登録2014年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor SigA
G: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*A)-3')
H: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)443,00415
ポリマ－441,8128
非ポリマー1,1927
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54460 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area141770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.487, 102.159, 294.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q9Z9H6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 F

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor SigA


分子量: 48598.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: sigA, TTHA0532 / プラスミド: pET21a-SigA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKW1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 GH

#6: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*CP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量: 6713.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: template DNA
#7: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 8421.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: non-template DNA

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非ポリマー , 5種, 63分子

#8: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物 ChemComp-2TM / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine / CMPcPP / 5′-シチジルオキシホスホニルメチルホスホニルオキシホスホン酸


分子量: 481.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N3O13P3
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: crystallization solution [100 mM Tris-HCl, 200 mM KCl, 50 mM MgCl2, 10 mM Spermine tetra HCl and 10% PEG 4000], pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月5日
放射モノクロメーター: Rh coated Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 260182 / Num. obs: 111819 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→29.781 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 1686 1.57 %
Rwork0.2556 --
obs0.2559 107568 89.48 %
all-260182 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27740 886 65 56 28747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00529306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9339836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.53611385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0664483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045061
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.98530.37911100.3867059X-RAY DIFFRACTION72
2.9853-3.08150.41091260.37727779X-RAY DIFFRACTION79
3.0815-3.19150.42221250.36578275X-RAY DIFFRACTION84
3.1915-3.31920.37361420.34498506X-RAY DIFFRACTION87
3.3192-3.470.37941330.3198777X-RAY DIFFRACTION90
3.47-3.65270.32371470.29988871X-RAY DIFFRACTION90
3.6527-3.8810.26141410.26969045X-RAY DIFFRACTION92
3.881-4.180.24231400.24429157X-RAY DIFFRACTION93
4.18-4.59920.25551460.22179437X-RAY DIFFRACTION95
4.5992-5.26160.24361560.21139470X-RAY DIFFRACTION96
5.2616-6.6170.23041550.22839626X-RAY DIFFRACTION97
6.617-29.78210.19791650.18529880X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0029-0.01770.0091-0.0083-0.00260.01830.11320.1488-0.0750.02840.39160.1110.110.1033-00.78660.11630.01390.9338-0.04390.4464185.530614.3614140.1795
20.00810.04340.0184-0.00420.00950.02910.0731-0.0385-0.03950.18840.05510.240.07070.138400.46630.0572-0.10481.2048-0.10390.2692188.201510.8974134.4262
30.0365-0.06230.1615-0.08610.00590.0990.40610.43570.29580.1805-0.15580.15990.40410.8159-0-1.6533-1.2801-1.53020.7901-0.9606-0.7216204.328313.7749114.4808
40.10770.03070.0277-0.0148-0.02030.0545-0.1467-0.40680.07790.1577-0.4527-0.24740.21880.18690-0.1437-0.4347-0.57041.7551-0.36690.0088214.511310.0301115.4749
50.02890.0267-0.02430.0082-0.01040.0157-0.0057-0.1603-0.0273-0.0187-0.0197-0.0928-0.12590.1114-00.3396-0.0775-0.1291.3209-0.09410.5925223.79436.487117.8745
60.02770.01650.0088-0.004-0.00240.0080.1612-0.18150.1260.06860.1974-0.1594-0.0896-0.011300.1235-0.4826-0.51981.5527-0.33780.189217.565110.4401124.7758
70.03810.1262-0.01860.0822-0.03690.03660.3325-0.0669-0.1205-0.0093-0.1424-0.1191-0.08310.139500.5847-0.0263-0.12971.5579-0.12260.309221.727.9305113.162
80.00680.008-0.00720.00690.00970.01860.08150.04870.09-0.12980.1647-0.3707-0.06510.011500.1342-0.4947-0.16761.4155-0.31570.5767209.577919.5532107.3569
90.0182-0.01410.03260.01640.01780.02270.24960.0096-0.03660.10020.1501-0.16020.09180.070100.0414-0.7513-0.21481.2351-0.27110.3846211.101515.6325109.7675
100.03680.10670.05040.0910.01670.0502-0.2089-0.0174-0.23610.17450.15510.1326-0.09970.0898-00.4651-0.13470.00620.8288-0.00430.5294180.69258.3866133.6486
110.2590.0562-0.108-0.0114-0.11540.1315-0.1871-0.28530.2084-0.12220.3379-0.0197-0.31580.469500.6628-0.2064-0.05440.8911-0.14760.492189.854422.3264126.09
120.00910.0426-0.00280.0691-0.02970.04320.08360.0967-0.2728-0.11120.2492-0.65590.14360.293101.1242-0.13730.21720.6104-0.20290.9139187.394634.3857114.3899
130.1128-0.18510.19930.18160.1480.2519-0.0382-0.01470.1233-0.31720.42370.2245-0.7426-0.3632-00.8383-0.08910.25170.5088-0.27170.3997165.122723.6936124.6281
140.20260.0162-0.02040.1598-0.05820.20050.154-0.26640.220.0776-0.11890.1562-0.7486-0.5055-00.87490.13140.15270.7498-0.0560.5421148.593426.688132.6105
150.096-0.00920.05080.126-0.18210.0718-0.19160.20330.4882-0.490.06-0.7518-0.55090.5478-01.0896-0.3520.18540.0492-0.56860.3307178.95227.4794120.7595
160.97530.07290.12740.7511-0.23980.2364-0.17390.136-0.21950.13450.2-0.17560.34280.6453-00.47370.1843-0.02360.6109-0.02650.6085217.4145-20.575371.726
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31-0.0055-0.0038-0.00220.0123-0.00850.0018-0.0419-0.06850.19270.07620.0358-0.19730.01440.0191-01.1174-0.27990.33730.2279-0.20160.7286182.673743.271192.39
32-0.00930.01220.0190.05210.0349-0.00250.12650.03910.1493-0.16610.04420.0709-0.0536-0.1641-01.2613-0.12280.1046-0.6765-0.48850.4731168.490444.232379.9927
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340.0879-0.13030.180.1368-0.07570.14080.28010.72431.1482-0.091-0.10510.6949-0.39050.19100.80660.03030.13151.6511-0.19820.3452210.41174.493913.2081
350.6467-0.04970.1730.95630.25560.18810.19720.2962-0.114-0.0178-0.1449-0.1992-0.0750.1927-00.376-0.0051-0.00760.9378-0.04320.4414218.46961.363740.2471
36-0.11420.2145-0.04820.01910.0532-0.1299-0.01960.15860.8514-0.3825-0.1650.0571-0.60990.114901.6293-0.37210.00270.7429-0.04381.6416214.270853.452767.7577
37-0.01550.0867-0.0399-0.01310.04760.01160.20080.2093-0.6906-0.42940.44090.44390.2943-0.303600.8402-0.1608-0.07771.0066-0.19851.129173.0993-9.66445.7748
380.018-0.04190.01540.0950.01780.01130.3128-0.0714-0.2421-0.18770.0057-0.16490.05660.4166-00.5428-0.2845-0.00470.8987-0.03790.6692190.7315.309672.3945
390.1165-0.09540.16140.17890.15270.0940.15530.0299-0.0380.5165-0.12160.09470.12640.2663-00.74-0.04070.08410.9366-0.07690.7661208.6336-14.460939.6144
400.04540.00290.00770.0208-0.05380.0144-0.32220.2389-0.8631-0.7534-0.1492-0.02660.4284-0.087501.2436-0.07720.23771.1812-0.41171.4429172.7177-9.430745.8917
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 31 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 95 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 96 through 113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 114 through 127 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 128 through 147 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 148 through 161 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 162 through 173 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 174 through 191 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 192 through 234 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 2 through 16 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 17 through 68 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 69 through 173 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 174 through 228 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 136 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 137 through 301 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 302 through 567 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 568 through 733 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 734 through 798 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 799 through 1118 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 3 through 154 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 155 through 356 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 357 through 582 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 583 through 729 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 730 through 1136 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 1137 through 1502 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 2 through 15 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 16 through 32 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 33 through 53 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 54 through 59 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 60 through 81 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 82 through 95 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 78 through 167 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 168 through 340 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 341 through 423 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 3 through 12 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 13 through 20 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 1 through 15 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 16 through 25 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る