PDB-4q3t: Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q3t

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni arginase in complex with inhibitor NOHA

要素

Arginase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / arginase-deacetylase fold / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

arginase / arginine catabolic process to ornithine / arginase activity / urea cycle / manganese ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / PHASER / 解像度: 2.142 Å

データ登録者

Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Arginase, a Potential Drug Target for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Hai, Y. / Edwards, J.E. / Van Zandt, M.C. / Hoffmann, K.F. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2014年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月6日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q3t.cif.gz	282.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q3t.ent.gz	226.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4q3t_validation.pdf.gz	497 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4q3t_full_validation.pdf.gz	515.3 KB	表示
XML形式データ	4q3t_validation.xml.gz	54.3 KB	表示
CIF形式データ	4q3t_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q3pSC 4q3qC 4q3rC 4q3sC 4q3uC 4q3vC 4q40C 4q41C 4q42C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q3v-1 4q3u-1 4q3u-3 4q41-1 4q3p-3 4q3s-1 4q3p-2 4q3v-3 4q41-2 4q3s-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arginase

B: Arginase

C: Arginase

D: Arginase

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

A: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

B: Arginase

ヘテロ分子

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3

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

C: Arginase

ヘテロ分子

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128 kDa, 3 ポリマー
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4

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

D: Arginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	177.762, 177.762, 177.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-629- HOH
2	1	B-673- HOH

#1: タンパク質	Arginase 分子量: 42267.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: Smp_059980 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6WVP6, arginase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-HAR / N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE / N^G-ヒドロキシ-L-アルギニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 190.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄N₄O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 10% w/v PEG10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月26日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.14→50 Å / Num. all: 102500 / Num. obs: 102397 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.14-2.22	5.2	0.883	2	10123	0.883	99.6
2.22-2.31	5.3	0.698	2.6	10159	0.698	99.7
2.31-2.41	5.4	0.555	3.3	10098	0.555	99.8
2.41-2.54	5.5	0.423	4.5	10240	0.423	99.9
2.54-2.71	5.6	0.327	5.8	10157	0.327	100
2.7-2.9	5.8	0.236	8.2	10210	0.236	100
2.9-3.2	6	0.165	12	10229	0.165	100
3.2-3.66	6.2	0.112	18.1	10279	0.112	100
3.66-4.61	6.7	0.092	22.5	10321	0.092	100
4.61-50	6.8	0.067	26.6	10581	0.067	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: PHASER
開始モデル: PDB ENTRY 4Q3P

4q3p

解像度: 2.142→49.302 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	5117	5 %	RANDOM
R_work	0.1761	-	-	-
obs	0.1778	102353	99.89 %	-
all	-	102362	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.142→49.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10230	0	96	607	10933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	14281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.006	3919
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1646
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1857

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.142-2.1665	0.2925	168	0.2481	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1665-2.192	0.2877	169	0.2405	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.2187	0.2952	196	0.2283	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2187-2.2468	0.26	179	0.2277	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2468-2.2764	0.2644	139	0.2123	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2764-2.3076	0.2456	170	0.212	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3076-2.3405	0.2636	196	0.2153	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3405-2.3755	0.2297	177	0.2018	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3755-2.4126	0.2581	155	0.2022	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4126-2.4521	0.2552	166	0.1992	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4521-2.4944	0.2419	165	0.1892	3221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4944-2.5398	0.2461	178	0.1948	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5398-2.5886	0.2568	165	0.1987	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5886-2.6415	0.2439	166	0.1922	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6415-2.6989	0.2187	180	0.1849	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6989-2.7617	0.2249	189	0.1771	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7617-2.8307	0.202	175	0.1666	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8307-2.9073	0.2364	163	0.1851	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9073-2.9928	0.234	173	0.1835	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9928-3.0894	0.2213	135	0.181	3237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0894-3.1998	0.2133	143	0.1819	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1998-3.3279	0.2192	171	0.1814	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3279-3.4793	0.2159	168	0.1697	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4793-3.6627	0.2024	181	0.1633	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6627-3.8921	0.1721	174	0.1503	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8921-4.1924	0.1606	174	0.1427	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1924-4.614	0.1376	169	0.1299	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
4.614-5.281	0.1585	193	0.1442	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
5.281-6.651	0.1853	159	0.174	3335	X-RAY DIFFRACTION	100
6.651-49.3153	0.1943	181	0.1775	3421	X-RAY DIFFRACTION	100

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