PDB-4q33: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q33

タイトル

Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and A110

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.885 Å

データ登録者

Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Gu, M. / Zhang, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D.R. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase from Clostridium perfringens Complexed with IMP and A110
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Mulligan, R. / Gu, M. / Zhang, M. / Mandapati, K. / Gollapalli, D.R. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q33.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q33.ent.gz	864.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/4q33	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q32S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vsv-d 5uze-d 4fo4-1 4ix2-2 4q32-d 4fo4-2 5ou3-1 4ix2-1 4ixh-d 5uxe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP04376

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

314 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.121, 89.247, 99.185
Angle α, β, γ (deg.)	70.82, 72.66, 79.30
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 38441.266 Da / 分子数: 8 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 株: ATCC 13124 / NCTC 8237 / Type A / 遺伝子: CPF_2558, guaB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic 参照: UniProt: Q0TN42, UniProt: A0A0H2YRZ7*PLUS, IMP dehydrogenase

#1: タンパク質

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH

分子量: 38441.266 Da / 分子数: 8 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / NCTC 8237 / Type A / 遺伝子: CPF_2558, guaB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic
参照: UniProt: Q0TN42, UniProt: A0A0H2YRZ7*PLUS, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 164分子

#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-2YA / 4-[(1R)-1-[1-(4-chlorophenyl)-1,2,3-triazol-4-yl]ethoxy]-1-oxidanyl-quinoline 分子量: 366.801 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₅ClN₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

配列の詳細	THE CBS DOMAIN (UNP RESIDUES 89-215 HAS BEEN REPLACED WITH A SER-GLY-GLY LINKER.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 5% Tacsimate, pH 7.0, 10% PEG5000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.885→50 Å / Num. all: 59658 / Num. obs: 59658 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 52.6 Å² / R_sym value: 0.132 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.885→2.95 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2981 / R_sym value: 0.749 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1593)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q32

4q32

解像度: 2.885→37.213 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: MIXED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 27.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	3014	5.06 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
all	0.188	59543	-	-
obs	0.188	59543	97.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.885→37.213 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20237	0	434	137	20808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	21102
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.836	28526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.957	7746
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	3294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3642

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.885-2.93	0.3521	119	0.2813	2159	2278	82
2.93-2.978	0.3846	157	0.2852	2540	2697	98
2.978-3.0294	0.3503	154	0.2672	2573	2727	98
3.0294-3.0844	0.3184	131	0.2486	2576	2707	98
3.0844-3.1437	0.3356	138	0.2427	2588	2726	98
3.1437-3.2079	0.3305	147	0.2371	2584	2731	98
3.2079-3.2776	0.2987	129	0.2333	2577	2706	98
3.2776-3.3538	0.3043	125	0.2282	2583	2708	99
3.3538-3.4376	0.3054	146	0.2195	2636	2782	98
3.4376-3.5305	0.2831	124	0.2007	2591	2715	98
3.5305-3.6343	0.2976	141	0.1947	2578	2719	98
3.6343-3.7515	0.2668	125	0.1858	2595	2720	99
3.7515-3.8854	0.2366	136	0.1877	2603	2739	99
3.8854-4.0408	0.2413	156	0.1588	2600	2756	98
4.0408-4.2245	0.1978	142	0.1484	2588	2730	99
4.2245-4.4468	0.1855	121	0.1501	2604	2725	98
4.4468-4.7249	0.1877	136	0.1419	2613	2749	99
4.7249-5.0889	0.1813	129	0.1444	2570	2699	99
5.0889-5.5995	0.2219	135	0.1618	2615	2750	98
5.5995-6.4062	0.2327	136	0.1821	2591	2727	99
6.4062-8.0576	0.1833	142	0.1659	2587	2729	98
8.0576-37.2156	0.1977	145	0.1666	2578	2723	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7782	-6.0793	0.2849	5.1487	-1.1177	0.9521	-0.0892	-0.1321	0.2776	0.5208	0.176	-0.1535	0.365	-0.0778	-0.0764	0.5432	-0.0581	-0.0747	0.2977	-0.0344	0.2975	-5.4766	-10.977	13.007
2	5.5915	0.1733	1.0197	1.8019	0.2485	2.6617	0.1346	-0.1092	-0.6903	-0.0661	0.0366	0.378	0.7028	-0.3612	-0.1802	0.5877	-0.1306	-0.029	0.3116	-0.0113	0.6222	-31.5196	-23.7441	4.6589
3	9.5943	6.7028	1.7855	9.6095	-1.4465	3.2605	0.0669	-0.0673	0.4192	0.5456	-0.1126	1.1323	0.1483	-0.0794	0.0666	0.5705	-0.0792	0.0365	0.3149	-0.0413	0.4252	-35.7222	-12.3575	13.4597
4	4.5642	3.314	-3.2589	6.4134	-4.7971	4.4355	0.1214	-0.2648	-0.1959	0.6414	-0.2342	-0.1065	-0.1349	0.0083	0.1076	0.4685	-0.1153	0.0049	0.3205	-0.0299	0.4193	-23.0923	-9.5958	13.4462
5	3.988	-2.1718	0.1675	3.0099	1.6727	1.4999	0.0002	0.2403	0.7321	0.017	0.0366	0.4766	0.1148	0.1106	-0.0535	0.5536	-0.0513	-0.0992	0.2684	0.04	0.6996	-15.5657	-17.5107	9.129
6	4.3807	-2.4214	1.6805	4.1428	-0.9907	1.1744	0.2903	0.4759	-0.1991	-0.6877	-0.3602	0.471	0.2608	0.013	0.0375	0.6525	0.0012	-0.0385	0.3608	-0.0566	0.385	-20.7744	-18.5002	-8.0981
7	3.1439	1.7519	-1.7128	3.2285	-0.3645	2.6788	0.0937	0.1266	0.2086	-0.229	0.0791	0.2177	0.43	0.2805	-0.2168	0.4676	-0.0056	-0.1546	0.3404	0.0785	0.4461	-1.7976	-18.5616	3.4106
8	2.8704	1.84	-0.4703	5.1394	0.6293	2.1622	0.0065	0.2859	0.3817	0.0577	-0.0546	-0.2854	0.0645	-0.044	0.0522	0.3437	-0.0787	-0.1531	0.3965	0.0347	0.334	21.1219	-8.8214	7.2949
9	4.3293	1.2476	1.1535	3.6271	0.7416	3.4427	0.3754	0.3323	-0.7317	-0.2761	-0.0766	-0.2649	0.7034	0.4868	-0.3147	0.5694	0.1404	-0.0162	0.4226	-0.06	0.5729	22.6632	-33.5183	-3.2503
10	6.5074	-3.4406	-3.6286	6.5031	1.9962	5.1778	0.0426	-0.2409	-0.8541	-0.0354	-0.01	0.4256	0.8164	0.4305	-0.0628	0.6093	0.0436	-0.1544	0.3861	0.0224	0.4314	16.5925	-35.1752	11.3355
11	7.1427	-0.0285	3.3946	4.7399	-2.6941	3.3099	0.102	-0.4642	0.15	0.4929	0.0053	-0.4051	-0.0803	-0.3614	-0.0328	0.5414	0.0352	0.0394	0.3939	-0.0508	0.3158	10.8105	-19.2929	9.0704
12	3.0431	2.3575	2.0693	3.1756	2.5836	6.682	-0.3243	0.4064	0.2785	-0.8268	0.0843	0.0943	-0.1321	0.075	0.2418	0.5397	0.076	-0.0859	0.3822	0.0207	0.4983	16.3455	-19.6637	-7.0645
13	8.1172	7.3651	1.7221	9.1948	2.9979	2.1184	-0.0747	0.5327	-0.3503	-0.0455	0.2653	-0.0919	0.2135	0.2358	-0.2092	0.4542	0.1179	-0.0449	0.3374	0.0498	0.3236	16.0364	-20.0444	-7.7685
14	5.6819	-1.1779	1.3008	4.3457	-4.3024	5.2797	0.1602	0.4875	0.0162	-0.2854	-0.1061	0.2676	0.2479	0.1768	-0.1251	0.4176	-0.0333	-0.0872	0.3138	-0.0827	0.4466	18.5649	-2.7124	-2.0816
15	2.8632	-0.8726	0.3433	3.0067	-1.6084	1.9476	-0.3391	0.1376	0.2716	0.3698	0.0172	0.2007	-0.2907	0.1241	0.3127	0.5259	-0.0933	0.0259	0.2589	-0.1186	0.3451	-19.4438	11.3652	8.6843
16	3.6964	0.2642	-2.0755	5.9901	-1.5361	3.6993	-0.0957	0.3203	0.0629	-0.0842	-0.0189	0.3984	-0.5813	-0.0629	0.0867	0.5118	-0.0747	-0.1125	0.3225	-0.068	0.3612	-25.1352	29.0423	-9.7873
17	3.9037	-0.7572	1.7731	3.8995	-1.6275	3.3403	0.2135	0.145	0.596	-0.0366	-0.3215	0.2269	-0.5371	0.2743	0.1374	0.7047	-0.0565	-0.0867	0.3218	-0.0434	0.4305	-18.0654	37.1699	-4.6697
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精密化 TLSグループ

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16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 37 through 89 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 90 through 252 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 253 through 288 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 289 through 358 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 359 through 440 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 441 through 482 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 2 through 54 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 55 through 227 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 228 through 287 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 288 through 329 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 330 through 392 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 393 through 481 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 2 through 24 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 25 through 54 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 55 through 75 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 76 through 227 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 228 through 252 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 253 through 287 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 288 through 304 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 305 through 362 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 363 through 422 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 423 through 441 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 442 through 482 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 2 through 46 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 47 through 252 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 253 through 288 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 289 through 362 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 363 through 440 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 441 through 481 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 2 through 227 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 228 through 252 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 253 through 358 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 359 through 466 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 467 through 482 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 2 through 24 )
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52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 228 through 252 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 253 through 328 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 329 through 358 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 359 through 407 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 408 through 441 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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